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万見
- PDB-6s10: NMR solution structure of a ProQ homolog from Legionella pneumophila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6s10
タイトルNMR solution structure of a ProQ homolog from Legionella pneumophila
要素RNA chaperone ProQ
キーワードRNA BINDING PROTEIN / ProQ / sRNA
機能・相同性
機能・相同性情報


RNA strand-exchange activity / RNA strand annealing activity / post-transcriptional regulation of gene expression / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RNA chaperone ProQ / ProQ/FinO domain superfamily / ProQ/FINO family / ProQ/FinO domain / ProQ/FINO family
類似検索 - ドメイン・相同性
ProQ-like, activator of ProP osmoprotectant transporter / ProQ-like, activator of ProP osmoprotectant transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (バクテリア)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Immer, C. / Hacker, C. / Woehnert, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)CRC902 ドイツ
引用ジャーナル: Rna / 年: 2020
タイトル: Solution structure and RNA-binding of a minimal ProQ-homolog from Legionella pneumophila (Lpp1663).
著者: Immer, C. / Hacker, C. / Wohnert, J.
履歴
登録2019年6月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年10月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年11月25日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.42024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA chaperone ProQ


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,1711
ポリマ－14,1711
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area9470 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 RNA chaperone ProQ


分子量: 14170.932 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (バクテリア)
遺伝子: proQ_1, proQ_2, ERS240541_00599, NCTC12024_01603 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: A0A131MWN1, UniProt: Q5ZUU4*PLUS

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
122isotropic32D 1H-13C HSQC aromatic
132isotropic13D HNCO
142isotropic13D HCACO
152isotropic13D HN(CA)CB
162isotropic13D HBHA(CO)NH
172isotropic13D (H)CCH-TOCSY
182isotropic13D H(CCO)NH
192isotropic13D C(CO)NH
1101isotropic23D 1H-15N NOESY
1112isotropic33D 1H-13C NOESY aliphatic
1122isotropic33D 1H-13C NOESY aromatic
1132isotropic32D 1H-13C HSQC aliphatic
1143isotropic12D 1H-15N HSQC
1154isotropic12D 1H-15N HSQC
1165isotropic12D 1H-15N HSQC
1175isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
1186isotropic13D 1H-13C NOESY aliphatic

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution1400 uM [U-15N] Lpp1663, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O15N_Lpp166390% H2O/10% D2O
solution2400 uM [U-13C; U-15N] Lpp1663, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O13C15N_Lpp166390% H2O/10% D2O
solution3400 uM [U-15N]-Lys Lpp1663, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O15N_Lys90% H2O/10% D2O
solution4400 uM [U-15N]-Tyr Lpp1663, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O15N_Tyr90% H2O/10% D2O
solution5400 uM [U-15N]-Phe; [U-13C]-Pro Lpp1663, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 50 uM DSS, 90% H2O/10% D2O15N_Phe_13C_Pro90% H2O/10% D2O
solution6400 uM [U-13C; U-15N] Lpp1663, 50 mM sodium phosphate, 100 mM sodium chloride, 2 mM beta-mercaptoethanol, 50 uM DSS, 100% D2O13C_15N_Lpp1663_D20100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
400 uMLpp1663[U-15N]1
50 mMsodium phosphatenatural abundance1
100 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance1
50 uMDSSnatural abundance1
400 uMLpp1663[U-13C; U-15N]2
50 mMsodium phosphatenatural abundance2
100 mMsodium chloridenatural abundance2
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance2
50 uMDSSnatural abundance2
400 uMLpp1663[U-15N]-Lys3
50 mMsodium phosphatenatural abundance3
100 mMsodium chloridenatural abundance3
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance3
50 uMDSSnatural abundance3
400 uMLpp1663[U-15N]-Tyr4
50 mMsodium phosphatenatural abundance4
100 mMsodium chloridenatural abundance4
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance4
50 uMDSSnatural abundance4
400 uMLpp1663[U-15N]-Phe; [U-13C]-Pro5
50 mMsodium phosphatenatural abundance5
100 mMsodium chloridenatural abundance5
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance5
50 uMDSSnatural abundance5
400 uMLpp1663[U-13C; U-15N]6
50 mMsodium phosphatenatural abundance6
100 mMsodium chloridenatural abundance6
2 mMbeta-mercaptoethanolnatural abundance6
50 uMDSSnatural abundance6
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: conditions / pH: 6.5 / 圧: AMBIENT atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE7002
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8003

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解析

NMR software
名称開発者分類
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrich精密化
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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