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- PDB-3i71: Ethanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutK C-t... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 3i71
タイトルEthanolamine Utilization Microcompartment Shell Subunit, EutK C-terminal domain
要素Ethanolamine utilization protein eutK
キーワードUNKNOWN FUNCTION / helix-turn-helix
機能・相同性
機能・相同性情報


ethanolamine degradation polyhedral organelle / ethanolamine catabolic process / response to X-ray / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
EutK-Ctail domain / Ethanolamine utilization protein EutK C-terminus / EutK-Ctail domain profile. / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain ...EutK-Ctail domain / Ethanolamine utilization protein EutK C-terminus / EutK-Ctail domain profile. / Bacterial microcompartments protein, conserved site / Bacterial microcompartment (BMC) domain signature. / CcmK/CsoS1, bacterial microcompartment domain / : / Bacterial microcompartment (BMC) domain profile. / BMC domain / Bacterial microcompartment domain / BMC / CcmK-like superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / Arc Repressor Mutant, subunit A / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / Bacterial microcompartment shell protein EutK
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1 Å
データ登録者Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
引用ジャーナル: Science / 年: 2010
タイトル: Structure and Mechanisms of a Protein-Based Organelle in Escherichia coli.
著者: Tanaka, S. / Sawaya, M.R. / Yeates, T.O.
履歴
登録2009年7月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02010年1月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12011年7月13日Group: Advisory / Version format compliance
改定 1.22017年11月1日Group: Refinement description / カテゴリ: software
改定 1.32024年2月21日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_ref_seq_dif / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ethanolamine utilization protein eutK
B: Ethanolamine utilization protein eutK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,8804
ポリマ－15,5022
非ポリマー3782
水1,00956
1
A: Ethanolamine utilization protein eutK
B: Ethanolamine utilization protein eutK
ヘテロ分子

A: Ethanolamine utilization protein eutK
B: Ethanolamine utilization protein eutK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,7608
ポリマ－31,0034
非ポリマー7564
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area7850 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area13180 Å2
手法PISA
2


  • 登録構造と同一
  • ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2900 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area7620 Å2
手法PISA
3
A: Ethanolamine utilization protein eutK
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,1293
ポリマ－7,7511
非ポリマー3782
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
B: Ethanolamine utilization protein eutK

B: Ethanolamine utilization protein eutK


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)15,5022
ポリマ－15,5022
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_554-y,-x,-z-1/61
Buried area1800 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area9160 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)65.345, 65.345, 146.772
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

-
要素

#1: タンパク質 Ethanolamine utilization protein eutK


分子量: 7750.819 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 108-166 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: b2438, eutK, JW2431, yffI / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)Gold / 参照: UniProt: P76540
#2: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.84 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.4
詳細: 0.1M sodium citrate, 20.4% PEG4000, 16% isopropanol, pH 5.4, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP, temperature 298K

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9717 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2009年6月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9717 Å / 相対比: 1
Reflection冗長度: 20.8 % / Av σ(I) over netI: 40.55 / 数: 308327 / Rmerge(I) obs: 0.09 / Χ2: 1.03 / D res high: 2.35 Å / D res low: 80 Å / Num. obs: 14853 / % possible obs: 99.9
Diffraction reflection shell
最高解像度 (Å)最低解像度 (Å)% possible obs (%)IDRmerge(I) obsChi squaredRedundancy
5.068099.410.0481.01721.9
4.025.0610010.0591.02222.1
3.514.0210010.0680.97921.1
3.193.5110010.0871.04420.8
2.963.1910010.121.05920.6
2.792.9610010.1571.04720.4
2.652.7910010.2221.03320.3
2.532.6510010.3091.04720.2
2.432.5310010.371.04520.1
2.352.4310010.481.02720.1
反射解像度: 2.1→90 Å / Num. obs: 11489 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 19.7 % / Rmerge(I) obs: 0.07 / Χ2: 1.031 / Net I/σ(I): 13.4
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allΧ2Diffraction-ID% possible all
2.1-2.1820.30.32611130.9991100
2.18-2.2620.40.27411161.041100
2.26-2.3720.40.20710991.0561100
2.37-2.4920.40.16611151.0651100
2.49-2.6520.30.13311231.0371100
2.65-2.8520.20.10611371.0441100
2.85-3.14200.0911490.9921100
3.14-3.5919.60.07911481.0781100
3.59-4.5218.90.05811891.0451100
4.52-9017.40.04513000.959199.3

-
位相決定

位相決定手法: 単一同系置換・異常分散
Phasing MADD res high: 2.35 Å / D res low: 20 Å / FOM : 0.396 / FOM acentric: 0.376 / FOM centric: 0.455 / 反射: 6979 / Reflection acentric: 5227 / Reflection centric: 1752
Phasing MAD setR cullis acentric: 0.88 / R cullis centric: 0.93 / 最高解像度: 2.35 Å / 最低解像度: 20 Å / Loc acentric: 15 / Loc centric: 24.4 / Power acentric: 1.43 / Power centric: 1.17 / Reflection acentric: 5227 / Reflection centric: 1752
Phasing MAD set shell

ID: 1

解像度 (Å)R cullis acentricR cullis centricLoc acentricLoc centricPower acentricPower centricReflection acentricReflection centric
10.32-201.091.4749.864.31.981.424193
6.95-10.321.361.1537.848.32.191.47142123
5.24-6.951.130.9428.434.92.171.64298170
4.21-5.240.84120.828.61.971.2510223
3.51-4.210.760.6917.722.41.451.1793274
3.02-3.510.80.7914.317.81.150.791131316
2.64-3.020.860.8210.112.70.890.661510381
2.35-2.640.920.9810.90.690.46802172
Phasing MAD set site
IDAtom type symbolB isoFract xFract yFract zOccupancy
1I-68.080.3610.7750.0360.243
2I-66.9470.3040.9260.0480.244
3I-73.0040.5781.0190.0690.213
4I-66.670.3230.9790.0060.24
5I-76.130.3691.1720.0930.201
6I-77.2210.1930.7790.0840.203
7I-79.3550.2430.6850.0370.193
8I-77.7710.4520.8480.1620.195
9I-250.5450.3950.50
10I-91.7490.590.8920.3720.149
11I-79.410.40.5050.1180.196
Phasing MAD shell
解像度 (Å)FOM FOM acentricFOM centric反射Reflection acentricReflection centric
10.32-200.4250.4980.3941344193
6.95-10.320.5180.5790.449265142123
5.24-6.950.5430.5420.545468298170
4.21-5.240.5350.5540.492733510223
3.51-4.210.4970.4730.5641067793274
3.02-3.510.4030.3890.45414471131316
2.64-3.020.3110.2910.38918911510381
2.35-2.640.2280.2070.324974802172
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 6959
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.28-10056.10.783505
4.92-6.2849.20.886506
4.28-4.9251.40.914501
3.86-4.2843.40.926509
3.57-3.8650.60.907501
3.35-3.57540.912501
3.17-3.3550.10.79512
3.03-3.1758.70.825505
2.91-3.0351.80.847502
2.81-2.9167.30.816503
2.71-2.8167.10.793502
2.63-2.7167.50.776511
2.35-2.6367.70.697901

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
MLPHARE位相決定
直接法6.1位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.005データ抽出
ADSCQuantumデータ収集
精密化構造決定の手法: 単一同系置換・異常分散 / 解像度: 2.1→44.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.933 / WRfactor Rfree: 0.241 / WRfactor Rwork: 0.221 / Occupancy max: 1 / Occupancy min: 0.5 / FOM work R set: 0.848 / SU B: 7.588 / SU ML: 0.094 / SU R Cruickshank DPI: 0.164 / SU Rfree: 0.147 / TLS residual ADP flag: LIKELY RESIDUAL / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.164 / ESU R Free: 0.146 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS; U VALUES: RESIDUAL ONLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.23 546 4.8 %RANDOM
Rwork0.206 ---
obs0.207 11420 99.76 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 95.21 Å2 / Biso mean: 38.226 Å2 / Biso min: 15.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.01 Å20.51 Å20 Å2
2--1.01 Å20 Å2
3----1.52 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.1→44.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数886 0 26 56 968
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.021924
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.02658
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4352.0031243
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.81831582
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.5675112
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.28821.28239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.65315162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.4561512
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2136
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.021016
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02198
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.1381.5568
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6581.5234
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.9062897
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.3213356
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it8.8344.5346
LS精密化 シェル解像度: 2.1→2.157 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.252 41 -
Rwork0.2 768 -
all-809 -
obs--99.14 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 27.578 Å / Origin y: -11.1134 Å / Origin z: 6.1857 Å
111213212223313233
T0.0708 Å20.0398 Å20.0065 Å2-0.0399 Å20.0168 Å2--0.03 Å2
L0.6397 °2-0.0076 °20.3893 °2-1.3146 °2-0.3057 °2--1.8672 °2
S-0.0907 Å °-0.0321 Å °-0.0668 Å °0.1518 Å °0.1845 Å °0.0274 Å °-0.0372 Å °-0.1044 Å °-0.0938 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A109 - 165
2X-RAY DIFFRACTION1B108 - 165

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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