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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6s0y | ||||||
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タイトル | Nanobody targeting influenza A matrix protein 2 ectodomain (M2e) | ||||||
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![]() | ANTIVIRAL PROTEIN / Influenza A / Fc gamma Receptor IV / M2 matrix protein / nanobody | ||||||
機能・相同性 | ![]() : / : / proton transmembrane transporter activity / protein complex oligomerization / monoatomic ion channel activity / membrane => GO:0016020 / host cell plasma membrane / virion membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Van Molle, I. / De Vlieger, D. / Schepens, B. / Remaut, H. / Saelens, X. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Selective Engagement of Fc gamma RIV by a M2e-Specific Single Domain Antibody Construct Protects Against Influenza A Virus Infection. 著者: De Vlieger, D. / Hoffmann, K. / Van Molle, I. / Nerinckx, W. / Van Hoecke, L. / Ballegeer, M. / Creytens, S. / Remaut, H. / Hengel, H. / Schepens, B. / Saelens, X. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 67.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 49 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 439.1 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 439.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 18.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5hggS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 13171.665 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: タンパク質・ペプチド | 分子量: 2642.940 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) ![]() 参照: UniProt: B2VLW8 #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.15 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 30% ethanol, 10% PEG6000, 100 mM Na acetate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年7月16日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97965 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→53.06 Å / Num. obs: 27557 / % possible obs: 99.97 % / 冗長度: 13 % / CC1/2: 0.998 / Rpim(I) all: 0.044 / Χ2: 99.8 / Net I/σ(I): 11 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 13.2 % / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 1359 / CC1/2: 0.571 / Rpim(I) all: 0.666 / Χ2: 57.1 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5HGG 解像度: 1.81→47.38 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.944 / SU B: 3.22 / SU ML: 0.095 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.123 / ESU R Free: 0.12 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 27.74 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.81→47.38 Å
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拘束条件 |
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