PDB-6ryl: WUS-HD bound to TAAT DNA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ryl

タイトル

WUS-HD bound to TAAT DNA

要素

DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*C)-3')
DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*G)-3')
Protein WUSCHEL

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Homeodomain Transcription factor

機能・相同性

機能・相同性情報

stomium development / anther development / axillary shoot meristem initiation / stem cell population maintenance / cell differentiation / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity / regulation of DNA-templated transcription / nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.63 Å

データ登録者

Sloan, J.J. / Wild, K. / Sinning, I.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the complex DNA binding behavior of the plant stem cell regulator WUSCHEL.
著者: Sloan, J. / Hakenjos, J.P. / Gebert, M. / Ermakova, O. / Gumiero, A. / Stier, G. / Wild, K. / Sinning, I. / Lohmann, J.U.

履歴

登録	2019年6月10日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年5月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6ryl_full_validation.pdf.gz	498.8 KB	表示
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CIF形式データ	6ryl_validation.cif.gz	19.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/6ryl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ry/6ryl	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6ry3SC 6rydC 6ryiC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
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類似性 (1)
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DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase)
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ジンクフィンガー (Zinc Fingers)
類似性 (1)
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RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase)
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トポイソメラーゼ (Topoisomerase)
類似性 (1)
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ビタミンD受容体 (Vitamin D Receptor)
類似性 (1)
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DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
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アクチノマイシン (Actinomycin)
類似性 (1)
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類似性 (1)
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ヌクレオソーム (Nucleosome)
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類似性 (1)
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類似性 (1)
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20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Protein WUSCHEL

B: Protein WUSCHEL

C: Protein WUSCHEL

D: Protein WUSCHEL

E: Protein WUSCHEL

F: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*C)-3')

G: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*G)-3')

H: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*C)-3')

I: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*G)-3')

64.3 kDa, 9 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Protein WUSCHEL

B: Protein WUSCHEL

C: Protein WUSCHEL

F: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*C)-3')

G: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*G)-3')

登録者が定義した集合体
根拠: assay for oligomerization
36.6 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Protein WUSCHEL

E: Protein WUSCHEL

H: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*AP*AP*CP*CP*CP*AP*TP*TP*AP*AP*CP*AP*C)-3')

I: DNA (5'-D(P*GP*TP*GP*TP*TP*AP*AP*TP*GP*GP*GP*TP*TP*GP*TP*G)-3')

登録者が定義した集合体
27.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	82.663, 45.914, 87.535
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 102.880, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	(chain I and (resseq 2:13 or resseq 15:16))
2	1	(chain G and (resseq 2:13 or resseq 15:16))
1	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...
2	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...
3	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...
4	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...
5	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...
1	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...
2	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain I and (resseq 2:13 or resseq 15:16))	I	2 - 13
1	2	1	(chain I and (resseq 2:13 or resseq 15:16))	I	15 - 16
2	1	1	(chain G and (resseq 2:13 or resseq 15:16))	G	2 - 13
2	2	1	(chain G and (resseq 2:13 or resseq 15:16))	G	15 - 16
1	1	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	39 - 43
1	2	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	45 - 46
1	3	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	1
1	4	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	73
1	5	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	76
1	6	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	76 - 77
1	7	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	80 - 88
1	8	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	90 - 93
1	9	2	(chain A and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	A	95
2	1	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	39 - 43
2	2	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	45 - 46
2	3	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	48 - 66
2	4	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	69 - 71
2	5	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	73
2	6	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	76 - 77
2	7	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	80 - 88
2	8	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	90 - 93
2	9	2	(chain B and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	B	95
3	1	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	39 - 43
3	2	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	45 - 46
3	3	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	48 - 66
3	4	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	69 - 71
3	5	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	73
3	6	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	76 - 77
3	7	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	80 - 88
3	8	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	90 - 93
3	9	2	(chain C and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	C	95
4	1	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	39 - 43
4	2	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	45 - 46
4	3	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	48 - 66
4	4	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	69 - 71
4	5	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	73
4	6	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	76 - 77
4	7	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	80 - 88
4	8	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	90 - 93
4	9	2	(chain D and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	D	95
5	1	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	39 - 43
5	2	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	45 - 46
5	3	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	48 - 66
5	4	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	69 - 71
5	5	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	73
5	6	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	76 - 77
5	7	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	80 - 88
5	8	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	90 - 93
5	9	2	(chain E and (resseq 39:43 or resseq 45:46 or resseq...	E	95
1	1	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 8
1	2	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	9
1	3	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	4	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	5	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	6	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	7	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	8	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	9	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	10	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	11	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	12	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	13	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	14	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
1	15	3	(chain F and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	F	1 - 16
2	1	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 8
2	2	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	9
2	3	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	4	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	5	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	6	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	7	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	8	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	9	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	10	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	11	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	12	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	13	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	14	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	15	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16
2	16	3	(chain H and (resseq 1:8 or (resid 9 and (name...	H	1 - 16

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3

#1: タンパク質	Protein WUSCHEL / AtWUS / Plant growth activator 6 分子量: 8949.188 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: WUS, PGA6, At2g17950, T27K22.18 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9SB92
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(PCPAPCPAPAPCPCPCPAPTPTPAPAPCPAPC)-3') 分子量: 4780.148 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(PGPTPGPTPTPAPAPTPGPGPGPTPTPGPTPG)-3') 分子量: 5015.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成由来: (合成) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.29 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1 M CHES (pH 9.5), 20% PEG 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年9月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.63→45.92 Å / Num. obs: 19403 / % possible obs: 99.38 % / 冗長度: 4.5 % / R_pim(I) all: 0.03845 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 2.63→2.724 Å / Num. unique obs: 1907 / CC_1/2: 0.552

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10.1_2155	精密化
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6RY3

6ry3

解像度: 2.63→41.752 Å / SU ML: 0.45 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.23

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2636	985	5.1 %
R_work	0.2372	-	-
obs	0.2385	19330	99.41 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 229.69 Å² / B_iso mean: 105.5645 Å² / B_iso min: 43.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.63→41.752 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2735	1312	0	0	4047
残基数	-	-	-	-	380

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	4270
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	6015
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	642
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	539
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	25.331	2342

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Refine-ID	Rms	タイプ
1	1	I	268	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL
1	2	G	268	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL
2	1	A	967	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL
2	2	B	967	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL
2	3	C	967	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL
2	4	D	967	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL
2	5	E	967	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL
3	1	F	314	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL
3	2	H	314	X-RAY DIFFRACTION	18.241	TORSIONAL

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.6301-2.7687	0.3924	156	0.3636	2556	2712	99
2.7687-2.9421	0.3792	141	0.3359	2603	2744	100
2.9421-3.1692	0.3497	120	0.3095	2617	2737	100
3.1692-3.488	0.3029	155	0.2577	2570	2725	98
3.488-3.9924	0.2703	131	0.2415	2634	2765	100
3.9924-5.0286	0.2313	123	0.217	2664	2787	100
5.0286-41.7577	0.2303	159	0.207	2701	2860	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5077	0.8773	-0.8078	3.7608	0.4465	2.2439	-0.1811	-0.1627	1.7463	0.138	0.2632	1.3182	-0.8778	-1.8757	-0.2482	0.7951	0.3307	-0.1751	1.6341	-0.1146	1.2849	-34.3494	12.8845	-10.1882
2	4.2167	2.1385	-1.0497	3.4353	-0.9613	2.6288	-0.0464	-1.9756	-0.7142	1.1395	0.0873	-1.1557	0.9024	-0.3892	0.2411	1.4124	0.189	-0.1784	1.8011	0.1439	1.2345	-33.5641	10.7004	0.1219
3	2.6339	0.8428	1.3797	5.4354	-2.9926	2.8872	-0.5645	0.0752	-0.3837	-0.9279	0.4632	-0.5736	0.568	-1.9497	-0.2368	0.7499	0.1433	-0.2166	1.2059	-0.2186	1.1601	-28.4168	6.4377	-14.9991
4	3.956	-1.592	-1.4069	4.0402	0.0944	5.109	-0.1633	-0.2124	-0.3838	-0.2492	-0.1827	0.6774	0.1383	-0.3636	0.3663	0.6095	-0.0756	0.0323	0.571	-0.0171	0.5806	-9.9401	-5.8415	4.1466
5	4.2414	-0.0289	0.4779	5.1941	-1.8845	6.2618	0.4132	-0.5615	-0.0948	0.0388	-0.0226	0.578	-0.0295	-0.0985	-0.3348	0.5362	0.0654	0.0205	0.5272	0.019	0.6242	-13.1401	-2.9502	1.235
6	9.2342	-2.8603	-0.4149	6.9862	2.0129	4.9818	-0.0731	0.0864	-0.8939	-0.8269	-0.0048	0.0605	-0.4312	0.2413	0.0149	0.6724	0.1416	-0.0141	0.535	0.092	0.5056	-3.1315	11.7075	-25.1087
7	5.9963	1.2265	3.4217	6.1435	-1.1949	8.152	-0.6597	-0.0522	2.1851	-0.276	0.7491	0.56	0.07	0.4414	-0.4821	1.2602	0.147	0.2131	0.5548	-0.0527	0.4874	-0.5911	22.1006	-24.0278
8	8.0571	1.7053	3.156	6.8558	1.9208	4.7645	1.2913	1.3762	1.1285	0.5104	0.5988	-0.4747	-1.3682	-0.3283	-0.3082	1.3604	0.3558	-0.0211	1.0644	0.0009	0.9701	-9.9534	20.9924	-22.7771
9	2.2646	-0.1443	0.3159	6.7153	-0.1446	3.9873	-0.3292	0.0417	-0.2186	-0.6608	0.4663	0.0637	0.296	0.7092	0.1179	0.8387	0.1793	0.0909	0.6537	0.0352	0.4506	1.029	6.5151	-17.7478
10	1.3436	-0.7042	-0.4487	2.4283	0.6905	2.7842	-0.6921	-1.005	-0.0727	-0.0535	0.8773	1.7619	-0.5617	-1.4116	-0.283	0.9177	0.1371	-0.1689	1.3864	0.2478	1.4327	-22.7936	9.7392	-51.3638
11	0.011	0.2685	-0.6702	5.6382	-0.4747	4.69	0.5581	-0.7921	-1.1133	-0.9916	-0.0279	0.4102	0.3327	0.4155	-0.528	0.9838	-0.0724	-0.4522	1.4578	0.231	1.3003	-15.8712	6.5197	-59.9045
12	3.468	0.3651	0.1399	5.1628	1.798	2.1026	-0.4961	0.2143	-0.3822	-0.3199	0.5757	0.2648	-0.0006	-0.0574	-0.1903	0.5428	-0.0715	-0.0185	0.5532	-0.0749	0.6941	-2.4016	-5.0352	-39.8363
13	6.7186	1.3198	0.2289	5.2452	0.9993	7.481	0.2017	0.152	0.4165	0.0348	-0.1727	0.975	0.0999	-0.6256	-0.1336	0.5686	0.1203	0.1246	0.6884	0.031	0.7897	-8.9542	1.0535	-36.1264
14	4.4519	-2.9004	-0.3937	5.6985	-0.5555	1.9038	-0.2595	-0.5169	-0.0123	-1.2269	0.8289	-0.3987	0.0318	0.2675	-0.3909	0.718	0.0122	-0.0513	0.9389	-0.0838	0.7143	-2.5565	-6.6252	-49.9501
15	6.6884	-0.2284	5.2699	6.3185	0.1048	6.1798	-1.1432	1.5912	-0.0915	-1.6746	0.4433	1.3179	-1.3588	-0.1429	0.9439	1.2352	-0.0904	-0.5338	1.7708	-0.1085	1.6053	-34.6525	-1.1591	-17.6521
16	4.1614	-0.6204	0.9931	4.8941	-1.5069	3.2852	0.0909	0.3395	-0.5266	-0.5241	0.1573	0.249	0.2038	0.036	-0.0637	0.7505	0.2958	-0.0407	0.6289	0.0073	0.7135	-9.934	2.7662	-10.5527
17	4.9158	2.0205	1.7052	4.7724	-0.4938	4.3841	-0.3471	0.1442	-0.017	-0.4343	0.2248	0.3925	-0.6113	-0.1923	0.2367	0.7104	0.1375	0.0568	0.6128	-0.0759	0.5714	-7.3266	3.8655	-10.1531
18	4.515	-0.0893	1.1523	3.8883	0.7271	0.8275	-1.6865	0.6959	-1.9252	-1.0431	0.7936	0.641	0.4325	-2.1146	0.4718	1.3349	-0.2094	-0.337	1.635	-0.0727	1.6716	-31.4348	-7.8157	-17.7584
19	6.6219	0.4872	1.3519	3.226	-0.8582	3.632	-0.354	0.7494	-0.0654	-1.4875	0.6938	1.265	-0.1304	0.2267	-0.2231	1.0037	-0.2645	-0.295	1.5719	-0.0495	1.2323	-12.8465	-2.6781	-61.6432
20	8.0403	1.5832	0.514	5.8154	2.1829	2.2777	-0.7828	1.2162	-0.1393	-0.8237	1.1655	-0.3317	-0.8695	0.9873	-0.6867	0.6577	-0.2051	0.0495	0.9015	-0.0401	0.6849	8.6951	7.5203	-50.0697
21	5.3562	-2.1471	2.9399	6.4027	0.4023	4.8577	-0.9841	-0.3761	-0.028	-2.1321	0.0221	-0.2205	-0.2098	0.0939	0.5872	0.7868	-0.1004	0.0045	0.6788	-0.0492	0.755	14.5367	2.8494	-50.9189
22	3.5865	0.5389	-0.6619	-0.45	0.3913	3.7524	-0.689	0.9229	-0.6974	-0.8005	1.0106	0.8736	-0.0886	-0.0845	-0.4355	0.9851	-0.3008	-0.3157	1.2392	0.0894	1.06	-10.8861	-2.0805	-60.5551

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 39 through 62 )	A	39 - 62
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 63 through 80 )	A	63 - 80
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 81 through 99 )	A	81 - 99
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 37 through 62 )	B	37 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 63 through 100 )	B	63 - 100
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'C' and (resid 37 through 62 )	C	37 - 62
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'C' and (resid 63 through 74 )	C	63 - 74
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'C' and (resid 75 through 80 )	C	75 - 80
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'C' and (resid 81 through 100 )	C	81 - 100
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'D' and (resid 37 through 80 )	D	37 - 80
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'D' and (resid 81 through 99 )	D	81 - 99
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'E' and (resid 37 through 62 )	E	37 - 62
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'E' and (resid 63 through 80 )	E	63 - 80
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'E' and (resid 81 through 100 )	E	81 - 100
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'F' and (resid 1 through 5 )	F	1 - 5
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'F' and (resid 6 through 16 )	F	6 - 16
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'G' and (resid 1 through 10 )	G	1 - 10
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'G' and (resid 11 through 16 )	G	11 - 16
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'H' and (resid 1 through 10 )	H	1 - 10
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'H' and (resid 11 through 16 )	H	11 - 16
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'I' and (resid 1 through 5 )	I	1 - 5
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'I' and (resid 6 through 16 )	I	6 - 16

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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万見 (Yorodumi)