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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rxf | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Bifidobacterium longum Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase Phosphohistidine Intermediate | ||||||
![]() | (Histidine acid phosphatase) x 2 | ||||||
![]() | HYDROLASE / phytase / histidine phosphatase / MINPP / Bifidobacterium | ||||||
機能・相同性 | inositol phosphate phosphatase activity / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / acid phosphatase activity / Histidine phosphatase superfamily / membrane / metal ion binding / Histidine acid phosphatase![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Acquistapace, I.M. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Snapshots during the catalytic cycle of a histidine acid phytase reveal an induced-fit structural mechanism. 著者: Acquistapace, I.M. / Zi Etek, M.A. / Li, A.W.H. / Salmon, M. / Kuhn, I. / Bedford, M.R. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 220.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 169.7 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 7.4 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 7.4 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 39.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 55.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 56494.695 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Blon_0263 Variant: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
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#2: タンパク質 | 分子量: 56573.672 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: Blon_0263 Variant: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 プラスミド: pET28a / 発現宿主: ![]() ![]() | ||||
#3: 化合物 | ChemComp-ZN / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.24 % / 解説: needle |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 0.01 M zinc chloride, 18 % PEG 6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月30日 |
放射 | モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9763 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.397→68.86 Å / Num. obs: 46820 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.233 / Net I/σ(I): 2.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.397→2.48 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 4365 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 6RXD 解像度: 2.397→52.774 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.397→52.774 Å
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