PDB-6rxd: Crystal Structure of Bifidobacterium longum Multiple Inositol Pol...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rxd

タイトル

Crystal Structure of Bifidobacterium longum Multiple Inositol Polyphosphate Phosphatase Apo Form

要素

Histidine acid phosphatase

キーワード

HYDROLASE / phytase / histidine phosphatase / MINPP / Bifidobacterium

機能・相同性

inositol phosphate phosphatase activity / Histidine phosphatase superfamily, clade-2 / Histidine phosphatase superfamily (branch 2) / acid phosphatase activity / Histidine phosphatase superfamily / membrane / metal ion binding / Histidine acid phosphatase

機能・相同性情報

生物種

Bifidobacterium longum subsp. infantis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Li, A.W.H. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Snapshots during the catalytic cycle of a histidine acid phytase reveal an induced-fit structural mechanism.
著者: Acquistapace, I.M. / Zi Etek, M.A. / Li, A.W.H. / Salmon, M. / Kuhn, I. / Bedford, M.R. / Brearley, C.A. / Hemmings, A.M.

履歴

登録	2019年6月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年1月27日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2021年2月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rxd.cif.gz	428.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rxd.ent.gz	347.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rxd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rxd_validation.pdf.gz	435.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rxd_full_validation.pdf.gz	440.1 KB	表示
XML形式データ	6rxd_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	6rxd_validation.cif.gz	75.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rx/6rxd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rxeC 6rxfC 6rxgC 4fdtS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6rxf-2 1ud5-d 3ite-2 1bpl-d 6k6l-d 4pp9-d 6rxg-2 1e3z-d 5v9j-d 2yxt-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#225 - 2018年9月フィターゼ (Phytase) 類似性 (4) #257 - 2021年5月胎児ヘモグロビン (Fetal Hemoglobin) 類似性 (1) #50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Histidine acid phosphatase

B: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

112 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
56.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Histidine acid phosphatase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
56.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	54.660, 72.940, 88.160
Angle α, β, γ (deg.)	71.61, 72.10, 77.17
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Histidine acid phosphatase 分子量: 56078.223 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Bifidobacterium longum subsp. infantis (strain ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12) (バクテリア) 株: ATCC 15697 / DSM 20088 / JCM 1222 / NCTC 11817 / S12 / 遺伝子: Blon_0263 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta 2 (DE3) pLysS / 参照: UniProt: B7GTV0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.11 % / 解説: Needle
結晶化	温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES, 0.01 M zinc chloride, 18 % PEG 6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年8月1日
放射	モノクロメーター: Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→46.53 Å / Num. obs: 141139 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 2.2 % / R_merge(I) obs: 0.059 / Net I/σ(I): 19.7
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 2.1 % / R_merge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 6851 / % possible all: 94.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.8_1069	精密化
xia2		データ削減
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4FDT

4fdt

解像度: 1.65→46.528 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.97 / 位相誤差: 17.76

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1771	7078	5.02 %
R_work	0.1532	-	-
obs	0.1544	141114	96.31 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→46.528 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	7812	0	4	1287	9103

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	8263
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.008	11253
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.759	3083
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	1164
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	1526

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.6688	0.2485	219	0.2338	4395	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6688-1.6884	0.2778	226	0.225	4358	X-RAY DIFFRACTION	95
1.6884-1.709	0.225	223	0.218	4445	X-RAY DIFFRACTION	95
1.709-1.7306	0.2484	224	0.2086	4496	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7306-1.7534	0.2652	240	0.213	4391	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7534-1.7774	0.2574	234	0.2051	4428	X-RAY DIFFRACTION	95
1.7774-1.8028	0.2316	214	0.1888	4473	X-RAY DIFFRACTION	95
1.8028-1.8297	0.2003	217	0.1845	4464	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8297-1.8583	0.2086	240	0.173	4412	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8583-1.8888	0.2159	249	0.1853	4450	X-RAY DIFFRACTION	96
1.8888-1.9213	0.2292	238	0.1933	4424	X-RAY DIFFRACTION	95
1.9213-1.9563	0.2037	238	0.1765	4441	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9563-1.9939	0.1967	239	0.1686	4356	X-RAY DIFFRACTION	96
1.9939-2.0346	0.2039	250	0.161	4512	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0346-2.0788	0.1964	232	0.1616	4466	X-RAY DIFFRACTION	96
2.0788-2.1272	0.1811	242	0.1542	4489	X-RAY DIFFRACTION	97
2.1272-2.1804	0.1762	222	0.1509	4483	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1804-2.2393	0.1776	260	0.1465	4418	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2393-2.3052	0.1988	254	0.1518	4484	X-RAY DIFFRACTION	96
2.3052-2.3796	0.1779	241	0.1447	4545	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3796-2.4647	0.1648	204	0.1447	4498	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4647-2.5634	0.1896	238	0.1437	4501	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5634-2.68	0.1685	253	0.1464	4556	X-RAY DIFFRACTION	98
2.68-2.8213	0.1675	273	0.1439	4482	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8213-2.998	0.176	225	0.1521	4535	X-RAY DIFFRACTION	98
2.998-3.2295	0.1914	247	0.1509	4515	X-RAY DIFFRACTION	97
3.2295-3.5543	0.1543	233	0.1402	4484	X-RAY DIFFRACTION	97
3.5543-4.0684	0.1407	259	0.1302	4499	X-RAY DIFFRACTION	98
4.0684-5.1247	0.1275	219	0.1234	4507	X-RAY DIFFRACTION	97
5.1247-46.547	0.1638	225	0.1571	4529	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.5248	0.2236	-0.336	0.3212	-0.1544	0.4471	-0.0908	0.1542	-0.0678	-0.0555	0.0643	-0.0128	0.0474	-0.1495	-0.007	0.0935	-0.0063	-0.0145	0.131	-0.005	0.0979	-3.9047	-1.1536	-4.7679
2	0.3906	0.0876	-0.2114	0.2422	-0.1	0.1538	-0.0262	-0.0649	-0.1311	0.0344	0.0623	-0.0043	0.0803	0.022	-0	0.1204	0.0229	-0.0012	0.1218	0.0245	0.1451	-14.956	-11.5975	18.7337
3	0.3596	0.2222	-0.2815	0.306	-0.0752	0.275	-0.015	0.0311	-0.0203	-0.002	0.0162	-0.0222	-0.0121	-0.041	0.0006	0.0891	0.0156	-0.0145	0.1107	-0.0025	0.1192	2.2055	1.3883	4.812
4	0.2442	0.128	0.0248	0.2476	0.067	0.3584	-0.0766	0.0271	-0.1023	-0.0635	0.0467	-0.0986	-0.0806	0.0526	-0.0024	0.1135	-0.0138	0.0041	0.1308	0.0066	0.1268	18.8407	13.1045	-12.8833
5	0.1267	0.0085	-0.329	0.4793	-0.0125	0.5576	0.0182	-0.0052	0.0787	-0.0224	0.052	-0.0645	0.0458	-0.0728	0.0843	0.1086	0.0015	-0.0035	0.113	0.0041	0.1342	9.9894	35.5064	12.6173
6	0.1498	0.1343	-0.3058	0.5482	-0.1358	0.4569	0.1032	-0.0213	0.0658	0.0982	-0.0079	-0.005	-0.1249	0.0635	0.015	0.1389	-0.0058	-0.0203	0.1335	-0.0144	0.1141	8.9315	34.6225	26.155
7	0.3143	0.0939	-0.2634	0.4063	0.0055	0.5407	0.031	-0.1724	0.2829	0.1211	0.1823	-0.1921	0.069	0.0914	0.3444	0.1282	0.0359	-0.0275	0.1476	-0.086	0.2342	22.2353	40.1038	9.5123
8	0.2761	-0.0333	-0.3193	0.3465	0.267	0.5029	0.0039	-0.0202	-0.0474	0.1315	-0.0337	0.0184	0.0495	0.0133	-0.0017	0.1598	-0.0111	-0.0032	0.1122	0.0039	0.1047	3.9875	19.1493	29.7104

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 7 through 234 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 235 through 300 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 301 through 444 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 445 through 515 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 95 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 96 through 258 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 259 through 335 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 336 through 515 )

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新型コロナ情報

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