PDB-6rwc: crystal structure of chicken beta-microseminoprotein-like 3 (MSMB3)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rwc

タイトル

crystal structure of chicken beta-microseminoprotein-like 3 (MSMB3)

要素

chicken beta-microseminoprotein-like 3

キーワード

UNKNOWN FUNCTION / beta-microseminoprotein / chicken egg white

機能・相同性

N-terminal domain of TfIIb - #590 / N-terminal domain of TfIIb / Single Sheet / Mainly Beta / CITRIC ACID

機能・相同性情報

生物種

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.143 Å

データ登録者

Coste, F. / Rehault-godbert, S.

引用

ジャーナル: Febs Open Bio / 年: 2021
タイトル: Three-dimensional structures of avian beta-microseminoproteins: insight from the chicken egg-specific beta-microseminoprotein 3 paralog
著者: Coste, F. / Moreau, T. / Labas, V. / Chesse, M. / Bregeon, M. / Meudal, H. / Loth, K. / Castaing, B. / Guyot, N. / Rehault-Godbert, S.

履歴

登録	2019年6月4日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年7月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年7月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.3	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rwc.cif.gz	83.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rwc.ent.gz	62.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rwc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/6rwc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/6rwc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ix0S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3bj4-d 1hrf-d 3gxe-2 2iz4-d 5v2r-d 1r4e-d 6h0i-d 4c8w-1 4s1x-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: chicken beta-microseminoprotein-like 3

B: chicken beta-microseminoprotein-like 3

ヘテロ分子

20.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: chicken beta-microseminoprotein-like 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: chicken beta-microseminoprotein-like 3

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
10 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	47.176, 101.047, 36.907
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	chicken beta-microseminoprotein-like 3 分子量: 9941.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 組織: white egg

-
非ポリマー , 5種, 52分子

#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₂₂O₆ / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 46 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.59 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.7 / 詳細: Phosphate/citrate buffer, Li2SO4, PEG1000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 0.97903 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月4日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97903 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.14→42.75 Å / Num. obs: 10095 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 5.6 % / B_iso Wilson estimate: 38.05 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.082 / Net I/σ(I): 12
反射シェル	解像度: 2.14→2.18 Å / R_merge(I) obs: 0.536 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 446 / CC_1/2: 0.724 / % possible all: 91.6

-
位相決定

位相決定	手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定
PHENIX	1.12_2829	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ix0

3ix0

解像度: 2.143→42.747 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.16

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2429	470	4.66 %
R_work	0.2207	-	-
obs	0.2218	10093	98.77 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 114 Å² / B_iso mean: 47.4207 Å² / B_iso min: 20.86 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.143→42.747 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1283	0	48	46	1377
B_iso mean	-	-	73.41	44.45	-
残基数	-	-	-	-	168

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	1360
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.42	1839
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.045	199
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	224
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.924	833

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.1428-2.4529	0.2876	134	0.2544	3076	3210	96
2.4529-3.0903	0.3147	155	0.2607	3206	3361	100
3.0903-42.7552	0.2151	181	0.1994	3341	3522	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.6491	-0.1496	6.1617	5.9655	1.3652	6.0652	-0.6287	-1.0512	0.5213	0.659	0.3051	-0.0576	-1.7588	-0.433	0.5031	0.5904	0.0235	-0.0114	0.4282	-0.1426	0.5339	51.5118	43.0115	33.1817
2	4.7509	0.3928	4.5642	1.1885	0.3317	4.5936	0.0882	-0.8558	0.5792	0.4235	-0.1533	0.0085	0.0718	-0.3731	-0.0237	0.3984	0.0229	-0.0752	0.4147	-0.02	0.3143	48.572	34.6099	34.9238
3	9.092	-1.2906	3.0951	8.9664	0.9984	8.2616	0.2842	0.5296	0.6321	0.1166	-0.2259	-0.3133	-0.0298	0.8123	0.039	0.3296	0.004	-0.0537	0.2775	-0.009	0.3063	50.9469	37.989	28.6527
4	7.9862	4.6141	6.8976	2.9408	3.7672	6.4307	-0.3275	0.2101	-0.0596	-0.3629	0.1198	0.2502	-0.4267	-0.146	0.1185	0.2612	-0.026	-0.0208	0.2456	0.014	0.2424	27.52	31.135	17.6317
5	8.1815	-0.5383	6.2842	1.0489	1.1101	7.0725	0.2372	-0.1031	-0.566	-0.1693	0.0123	-0.2506	0.3294	-0.036	-0.3311	0.3169	-0.0545	0	0.2262	0.0543	0.3241	30.8521	26.3355	22.672
6	8.2168	-2.1869	-1.3214	9.8604	0.2323	6.2138	-0.0521	-0.5848	-0.2237	-0.2599	-0.0895	0.076	-0.4319	0.9988	0.0847	0.3648	-0.102	-0.0836	0.3469	-0.0037	0.2031	25.3313	24.0425	14.1046
7	6.6548	2.7243	-1.1794	5.2343	-4.8797	7.2314	0.6703	-0.4059	-1.2517	0.9941	-1.3775	-0.7271	-1.0813	2.0695	0.8098	0.5142	-0.2191	0.0824	0.5169	-0.0483	0.6239	41.1611	50.9869	23.5856
8	7.3548	4.6783	4.5457	9.812	-3.1321	8.099	0.4523	1.5121	-0.4597	-1.6289	0.721	-2.0002	-0.7596	2.0033	-0.7587	0.7517	-0.0161	0.1558	0.5241	-0.119	0.5324	38.3545	56.1851	10.6605
9	3.9776	-0.1506	-0.5875	1.0019	2.6371	7.6569	-0.4327	0.0678	0.2439	-1.1585	0.3467	-0.9167	-0.0863	-0.2215	0.039	0.3775	-0.0088	0.0236	0.2697	0.024	0.4225	32.2513	50.0641	15.8805
10	3.3024	-3.5554	0.9608	5.1778	0.7428	2.6216	0.0132	-0.5552	-0.2105	1.2025	0.459	-0.5005	-1.0238	0.2241	-0.3251	0.531	-0.0064	0.0207	0.2274	-0.0303	0.422	35.6218	53.6876	20.7359
11	7.4416	3.8635	-4.6732	3.652	-4.2211	6.08	-0.0815	-0.525	0.2439	0.6027	-0.008	0.4515	-0.1695	0.2041	0.0432	0.3548	0.0385	-0.0404	0.292	0.0329	0.283	27.4132	31.1163	30.9289
12	8.5156	3.2249	-4.0948	7.0625	-4.7852	3.7594	0.2988	-0.0846	1.5587	-0.1227	0.2534	0.9187	-0.3645	-0.0038	-0.8042	0.4859	0.0177	-0.102	0.2397	-0.0129	0.4652	23.8079	35.8724	25.1124
13	5.9705	-0.6275	3.6173	2.9634	2.8039	9.5581	-0.4513	-0.8701	-0.0271	-0.5861	0.075	0.1302	-0.3477	-1.1663	0.2955	0.4409	0.0531	0.0661	0.5235	0.0403	0.3315	20.2365	30.2232	34.3448

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 16 )	A	1 - 16
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 17 through 30 )	A	17 - 30
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 31 through 44 )	A	31 - 44
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 45 through 62 )	A	45 - 62
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 63 through 72 )	A	63 - 72
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 73 through 84 )	A	73 - 84
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 6 )	B	1 - 6
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 7 through 19 )	B	7 - 19
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 20 through 30 )	B	20 - 30
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 31 through 44 )	B	31 - 44
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 45 through 62 )	B	45 - 62
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 63 through 72 )	B	63 - 72
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 73 through 84 )	B	73 - 84

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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