PDB-6rw0: Crystal structure of ANGEL2, a 2',3'-cyclic phosphatase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rw0

タイトル

Crystal structure of ANGEL2, a 2',3'-cyclic phosphatase

要素

Protein angel homolog 2

キーワード

RNA BINDING PROTEIN / phosphatase / CCR4d

機能・相同性

機能・相同性情報

3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of mitotic cell cycle / Cajal body / mRNA 3'-UTR binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.45 Å

データ登録者

Kroupova, A. / Jinek, M.

引用

ジャーナル: Science / 年: 2020
タイトル: ANGEL2 is a member of the CCR4 family of deadenylases with 2',3'-cyclic phosphatase activity.
著者: Pinto, P.H. / Kroupova, A. / Schleiffer, A. / Mechtler, K. / Jinek, M. / Weitzer, S. / Martinez, J.

履歴

登録	2019年6月3日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年5月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月12日	Group: Database references / Derived calculations カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rw0.cif.gz	227.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rw0.ent.gz	182.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rw0_validation.pdf.gz	437.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rw0_full_validation.pdf.gz	437.8 KB	表示
XML形式データ	6rw0_validation.xml.gz	18.9 KB	表示
CIF形式データ	6rw0_validation.cif.gz	29.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/6rw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rw/6rw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6rvzC 4zkfS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1ald-d 6rvz-d 6c2z-d 6fzd-d 6xo3-d 1kli-d 6c2h-d 4hoo-2 3iad-2 1tvw-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (3) #19 - 2001年7月アクチン (Actin) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Protein angel homolog 2

ヘテロ分子

48.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	98.401, 98.401, 93.342
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	152
Space group name H-M	P3₁21

#1: タンパク質	Protein angel homolog 2 分子量: 48475.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SNA - expression tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANGEL2, KIAA0759L 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q5VTE6
#2: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.69 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5 詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 7.5, 0.1 M Potassium-Sodium Tartrate, 20% (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.45→49.2 Å / Num. obs: 92567 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / R_sym value: 0.092 / Net I/σ(I): 20.63
反射シェル	解像度: 1.45→1.5 Å / Num. unique obs: 9133

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.15.2)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZKF

4zkf

解像度: 1.45→49.2 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.29

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1558	4628	5 %
R_work	0.1322	-	-
obs	0.1333	92566	99.98 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.45→49.2 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2794	0	9	443	3246

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2916
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.325	3959
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	15	1091
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.093	432
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	513

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.45-1.4665	0.2975	156	0.3037	2875	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4665-1.4837	0.2659	150	0.2396	2905	X-RAY DIFFRACTION	100
1.4837-1.5018	0.2574	153	0.2241	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5018-1.5208	0.2431	154	0.2035	2936	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5208-1.5409	0.2526	152	0.1876	2898	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5409-1.562	0.2132	156	0.1767	2922	X-RAY DIFFRACTION	100
1.562-1.5843	0.2156	149	0.1605	2867	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5843-1.6079	0.1802	151	0.1506	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6079-1.6331	0.1861	151	0.1402	2876	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6331-1.6598	0.196	154	0.1372	2923	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6598-1.6885	0.1932	152	0.1346	2909	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6885-1.7192	0.1787	156	0.1327	2894	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7192-1.7522	0.1554	151	0.1217	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7522-1.788	0.1523	156	0.1218	2935	X-RAY DIFFRACTION	100
1.788-1.8269	0.1345	154	0.1159	2902	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8269-1.8694	0.17	152	0.1153	2925	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8694-1.9161	0.158	152	0.114	2919	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9161-1.9679	0.1301	156	0.1078	2916	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9679-2.0258	0.1473	157	0.1107	2945	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0258-2.0912	0.1399	150	0.1111	2932	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0912-2.166	0.1414	153	0.1076	2913	X-RAY DIFFRACTION	100
2.166-2.2527	0.138	158	0.1061	2921	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2527-2.3552	0.1237	153	0.1055	2931	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3552-2.4794	0.1353	158	0.1111	2964	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4794-2.6347	0.1421	154	0.1142	2942	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6347-2.8381	0.1502	155	0.1212	2954	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8381-3.1237	0.1479	156	0.126	2963	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1237-3.5756	0.1375	157	0.121	2988	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5756-4.5044	0.1301	158	0.1255	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5044-49.2288	0.1916	164	0.1863	3122	X-RAY DIFFRACTION	100

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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