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- PDB-6rw0: Crystal structure of ANGEL2, a 2',3'-cyclic phosphatase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rw0
タイトルCrystal structure of ANGEL2, a 2',3'-cyclic phosphatase
要素Protein angel homolog 2
キーワードRNA BINDING PROTEIN / phosphatase / CCR4d
機能・相同性
機能・相同性情報


3'-UTR-mediated mRNA stabilization / negative regulation of mitotic cell cycle / Cajal body / mRNA 3'-UTR binding / 3'-5'-RNA exonuclease activity / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein angel homolog 2, N-terminal / Protein angel homolog 2 N-terminal / Endonuclease/exonuclease/phosphatase / Endonuclease/Exonuclease/phosphatase family / Endonuclease/exonuclease/phosphatase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Protein angel homolog 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.45 Å
データ登録者Kroupova, A. / Jinek, M.
引用ジャーナル: Science / : 2020
タイトル: ANGEL2 is a member of the CCR4 family of deadenylases with 2',3'-cyclic phosphatase activity.
著者: Pinto, P.H. / Kroupova, A. / Schleiffer, A. / Mechtler, K. / Jinek, M. / Weitzer, S. / Martinez, J.
履歴
登録2019年6月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein angel homolog 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,6705
ポリマ-48,4751
非ポリマー1954
7,981443
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
Buried area690 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area15550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)98.401, 98.401, 93.342
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121

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要素

#1: タンパク質 Protein angel homolog 2


分子量: 48475.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: SNA - expression tag / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ANGEL2, KIAA0759L
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q5VTE6
#2: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : Mg
#3: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : K
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 443 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.69 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.29 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M BIS-TRIS propane, pH 7.5, 0.1 M Potassium-Sodium Tartrate, 20% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06DA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→49.2 Å / Num. obs: 92567 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.8 % / Rsym value: 0.092 / Net I/σ(I): 20.63
反射 シェル解像度: 1.45→1.5 Å / Num. unique obs: 9133

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15.2)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZKF
解像度: 1.45→49.2 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 14.29
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1558 4628 5 %
Rwork0.1322 --
obs0.1333 92566 99.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.45→49.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2794 0 9 443 3246
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0112916
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3253959
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d151091
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.093432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009513
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.45-1.46650.29751560.30372875X-RAY DIFFRACTION100
1.4665-1.48370.26591500.23962905X-RAY DIFFRACTION100
1.4837-1.50180.25741530.22412894X-RAY DIFFRACTION100
1.5018-1.52080.24311540.20352936X-RAY DIFFRACTION100
1.5208-1.54090.25261520.18762898X-RAY DIFFRACTION100
1.5409-1.5620.21321560.17672922X-RAY DIFFRACTION100
1.562-1.58430.21561490.16052867X-RAY DIFFRACTION100
1.5843-1.60790.18021510.15062954X-RAY DIFFRACTION100
1.6079-1.63310.18611510.14022876X-RAY DIFFRACTION100
1.6331-1.65980.1961540.13722923X-RAY DIFFRACTION100
1.6598-1.68850.19321520.13462909X-RAY DIFFRACTION100
1.6885-1.71920.17871560.13272894X-RAY DIFFRACTION100
1.7192-1.75220.15541510.12172902X-RAY DIFFRACTION100
1.7522-1.7880.15231560.12182935X-RAY DIFFRACTION100
1.788-1.82690.13451540.11592902X-RAY DIFFRACTION100
1.8269-1.86940.171520.11532925X-RAY DIFFRACTION100
1.8694-1.91610.1581520.1142919X-RAY DIFFRACTION100
1.9161-1.96790.13011560.10782916X-RAY DIFFRACTION100
1.9679-2.02580.14731570.11072945X-RAY DIFFRACTION100
2.0258-2.09120.13991500.11112932X-RAY DIFFRACTION100
2.0912-2.1660.14141530.10762913X-RAY DIFFRACTION100
2.166-2.25270.1381580.10612921X-RAY DIFFRACTION100
2.2527-2.35520.12371530.10552931X-RAY DIFFRACTION100
2.3552-2.47940.13531580.11112964X-RAY DIFFRACTION100
2.4794-2.63470.14211540.11422942X-RAY DIFFRACTION100
2.6347-2.83810.15021550.12122954X-RAY DIFFRACTION100
2.8381-3.12370.14791560.1262963X-RAY DIFFRACTION100
3.1237-3.57560.13751570.1212988X-RAY DIFFRACTION100
3.5756-4.50440.13011580.12553011X-RAY DIFFRACTION100
4.5044-49.22880.19161640.18633122X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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