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- PDB-6rv8: Crystal Structure of Glucuronoyl Esterase from Cerrena unicolor c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rv8
タイトルCrystal Structure of Glucuronoyl Esterase from Cerrena unicolor covalent complex with the aldouronic acid UXXR
要素4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
キーワードHYDROLASE / CE15 / esterase / alpha/beta-hydrolase / ligand-bound
機能・相同性
機能・相同性情報


(4-O-methyl)-D-glucuronate-lignin esterase / lignin catabolic process / cellulose binding / carboxylic ester hydrolase activity / carbohydrate metabolic process / extracellular region
類似検索 - 分子機能
: / Glucuronyl esterase, fungi / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...: / Glucuronyl esterase, fungi / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain signature. / Cellulose-binding domain, fungal / Cellulose-binding domain superfamily / Fungal cellulose binding domain / CBM1 (carbohydrate binding type-1) domain profile. / Fungal-type cellulose-binding domain / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
4beta-beta-xylobiose / alpha-D-mannopyranose / 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Cerrena unicolor (ミダレアミタケ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
Model detailsS270A variant in complex with the aldouronic acid Um4X
データ登録者Ernst, H.A. / Mosbech, C. / Langkilde, A. / Westh, P. / Meyer, A. / Agger, J.W. / Larsen, S.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: The structural basis of fungal glucuronoyl esterase activity on natural substrates.
著者: Ernst, H.A. / Mosbech, C. / Langkilde, A.E. / Westh, P. / Meyer, A.S. / Agger, J.W. / Larsen, S.
履歴
登録2019年5月31日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.pdbx_synonyms / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag
改定 2.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
B: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,99911
ポリマ－101,8852
非ポリマー2,1149
水10,431579
1
A: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)51,8686
ポリマ－50,9431
非ポリマー9265
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)52,1315
ポリマ－50,9431
非ポリマー1,1884
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)84.750, 84.750, 261.062
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-850-

HOH

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 4-O-methyl-glucuronoyl methylesterase / Glucuronoyl esterase / GE


分子量: 50942.543 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Cerrena unicolor (ミダレアミタケ)
プラスミド: pPICZ-alpha / 発現宿主: Komagataella pastoris (菌類) / Variant (発現宿主): X-33
参照: UniProt: A0A0A7EQR3, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; カルボン酸エステル加水分解酵素

-
糖 , 4種, 8分子

#2: 多糖 4-O-methyl-alpha-D-glucopyranuronic acid-(1-2)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose-(1-4)-Xylitol


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 606.526 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[h212h][a212h-1b_1-5][a2122A-1a_1-5_4*OC]/1-2-2-3/a4-b1_b4-c1_c2-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][<C5O4>]{[(1+1)][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{[(2+1)][a-D-Glcp4Me]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-xylopyranose-(1-4)-beta-D-xylopyranose / 4beta-beta-xylobiose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 282.245 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: 4beta-beta-xylobiose
記述子タイププログラム
DXylpb1-4DXylpb1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a212h-1b_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Xylp]{[(4+1)][b-D-Xylp]{}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#6: 糖
ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

-
非ポリマー , 2種, 580分子

#5: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 579 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M bis-tris pH 5.5, 17% w/v PEG10000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→44.45 Å / Num. obs: 85042 / % possible obs: 95.5 % / 冗長度: 24.2 % / Biso Wilson estimate: 24.61 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.103 / Net I/σ(I): 24 / Num. measured all: 2056826 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.8-1.8317.71.1585527131310.7620.2721.1932.767.9
9.52-44.4520.10.0351498974710.0080.03662.699.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RTV

6rtv


解像度: 1.85→44.45 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.69
Rfactor反射数%反射
Rfree0.181 3997 4.98 %
Rwork0.1494 --
obs0.1509 80245 97.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 95.98 Å2 / Biso mean: 27.3344 Å2 / Biso min: 14.17 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.85→44.45 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5740 0 240 579 6559
Biso mean--53.98 34.16 -
残基数----762
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 29

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.85-1.87180.2555910.21882025211676
1.8718-1.89460.24011140.1962166228082
1.8946-1.91860.191150.1912372248789
1.9186-1.94380.23861520.18442505265796
1.9438-1.97050.2111350.16592621275697
1.9705-1.99860.21551360.15452553268998
1.9986-2.02840.19561420.15082623276599
2.0284-2.06010.20871500.15322616276699
2.0601-2.09390.21541400.15032620276099
2.0939-2.130.19151370.1462659279699
2.13-2.16870.17581300.14822632276299
2.1687-2.21050.161270.14272665279299
2.2105-2.25560.17611500.15212652280299
2.2556-2.30460.17121460.148726422788100
2.3046-2.35820.17891270.151126742801100
2.3582-2.41720.17331440.146426452789100
2.4172-2.48250.18851380.151726692807100
2.4825-2.55560.19531380.148326762814100
2.5556-2.63810.19971350.153626852820100
2.6381-2.73230.18881420.155527022844100
2.7323-2.84170.19511360.158626752811100
2.8417-2.9710.1981390.167326892828100
2.971-3.12760.19641610.1626932854100
3.1276-3.32350.18161380.162227302868100
3.3235-3.580.18821430.152327282871100
3.58-3.94010.17681270.136427682895100
3.9401-4.50980.15361550.123227592914100
4.5098-5.680.13771560.12828152971100
5.68-44.46620.17251530.152429893142100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.75320.4448-0.80924.0153-0.11412.87370.0833-0.44350.12170.2185-0.101-0.0968-0.21920.00320.00150.2648-0.0288-0.05280.2607-0.00470.167370.272749.488826.9122
22.51690.14320.2912.29790.21561.4882-0.0155-0.2589-0.03230.24290.0424-0.0803-0.0146-0.06640.00060.2167-0.0123-0.01420.1763-0.01390.161663.891544.595230.7042
30.484-0.1754-0.00860.88140.02690.4341-0.00080.0051-0.03540.064-0.01810.191-0.0051-0.06020.01640.222-0.00280.00760.1591-0.00530.191745.3747.658515.8531
40.56820.03980.01190.3264-0.2840.81150.00980.0337-0.0770.0287-0.0321-0.01680.05450.02250.02310.21280.0068-0.00360.1471-0.00480.18859.413439.948412.7079
50.57220.32350.09860.6935-0.16960.5512-0.0123-0.0297-0.14110.0617-0.0228-0.0090.12240.06110.06150.24670.02620.0020.1430.00080.222364.551631.244516.4809
62.91950.1984-1.00464.29540.39093.229-0.1081-0.47570.31870.08550.0328-0.0996-0.32450.00010.02620.26190.0155-0.06640.2764-0.06390.222547.29577.06431.0683
72.4753-0.32720.62991.2392-0.30930.8354-0.0856-0.2720.14940.19560.0680.0837-0.1716-0.26890.00820.22840.0350.02140.2347-0.05510.187931.0257.204931.6415
81.5523-0.7315-0.49961.35270.1942.4651-0.01350.03390.13190.04740.01040.2774-0.0418-0.43980.04090.17950.0341-0.00220.3635-0.00930.295812.35154.132421.3053
91.54860.4418-0.17171.63690.68331.6830.01870.08470.2579-0.13960.00080.2784-0.3413-0.28540.00020.28430.0711-0.05050.23050.00630.316226.279517.629614.878
102.7126-0.4042-0.38211.0876-0.05750.7728-0.0688-0.11550.02960.09080.05730.1988-0.0606-0.19130.01210.18360.01590.00170.196-0.00490.183728.19892.448320.5607
110.82270.02050.25480.91820.14081.2409-0.0187-0.01210.0160.0264-0.03170.0504-0.0143-0.0910.0450.17370.0060.00430.1553-0.01220.17336.9343-1.637418.5214
122.6888-0.58820.24322.58530.31152.1725-0.0131-0.211-0.3580.11070.00570.24180.381-0.32170.04740.2374-0.07590.04030.30620.01580.356322.23-14.963924.2545
131.0510.01250.34611.13460.21832.1082-0.0099-0.0256-0.03230.05250.0267-0.0480.09640.0508-0.01390.18480.0133-0.00730.14120.00820.165244.579-10.64923.2071
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 80 through 99 )A80 - 99
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 100 through 128 )A100 - 128
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 129 through 317 )A129 - 317
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 318 through 422 )A318 - 422
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 423 through 460 )A423 - 460
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 80 through 99 )B80 - 99
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 100 through 149 )B100 - 149
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 150 through 205 )B150 - 205
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 206 through 235 )B206 - 235
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 236 through 317 )B236 - 317
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 318 through 408 )B318 - 408
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 409 through 432 )B409 - 432
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 433 through 460 )B433 - 460

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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