PDB-6rup: Human mitochondrial single-stranded DNA binding protein, SSBP1, a...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rup

タイトル

Human mitochondrial single-stranded DNA binding protein, SSBP1, at 2.1 A resolution - elucidated sequence

要素

SER-SER-SER-SER
Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial

キーワード

DNA BINDING PROTEIN / Single-stranded DNA binding protein / mitochondria / mtDNA / mtDNA replication / mitochondrial RNA granules

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of mitochondrial DNA replication / positive regulation of helicase activity / Strand-asynchronous mitochondrial DNA replication / mitochondrial genome maintenance / mitochondrial nucleoid / Mitochondrial protein degradation / enzyme activator activity / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / DNA-templated DNA replication / single-stranded DNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.1 Å

データ登録者

Tarres-Sole, A. / Chakraborty, A. / Spelbrink, H.N. / Delettre, C. / Sola, M.

資金援助

スペイン, 1件

引用

ジャーナル: J.Clin.Invest. / 年: 2020
タイトル: Dominant mutations in mtDNA maintenance gene SSBP1 cause optic atrophy and foveopathy.
著者: Piro-Megy, C. / Sarzi, E. / Tarres-Sole, A. / Pequignot, M. / Hensen, F. / Quiles, M. / Manes, G. / Chakraborty, A. / Senechal, A. / Bocquet, B. / Cazevieille, C. / Roubertie, A. / Muller, A. ...

履歴

登録	2019年5月28日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年10月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年1月15日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rup.cif.gz	107.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rup.ent.gz	82.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rup.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6rup ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ru/6rup	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3ullS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3ull-1 2ayr-1 6chz-1 1qkt-1 2efb-1 2bhj-d 2ouz-1 2rve-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial

B: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial

C: SER-SER-SER-SER

ヘテロ分子

33.4 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial

B: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial

C: SER-SER-SER-SER

ヘテロ分子

A: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial

B: Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial

C: SER-SER-SER-SER

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
66.8 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	51.040, 51.040, 182.340
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-202- MG

#1: タンパク質	Single-stranded DNA-binding protein, mitochondrial / MtSSB / PWP1-interacting protein 17 分子量: 16489.557 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SSBP1, SSBP / プラスミド: pCRI7a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / Variant (発現宿主): codon+ / 参照: UniProt: Q04837
#2: タンパク質・ペプチド	SER-SER-SER-SER 分子量: 366.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 95 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 6.5 詳細: 11 % PEG1500, 0.1 M cacodylate pH 6.5, 0.2 M magnesium chloride. cryoprotectant solution included

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.9795 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 R CdTe 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.1→45.58 Å / Num. obs: 14943 / % possible obs: 99.5 % / Observed criterion σ(I): 1.09 / 冗長度: 11 % / B_iso Wilson estimate: 52.63 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_rim(I) all: 0.096 / Net I/σ(I): 16.28
反射シェル	解像度: 2.1→2.23 Å / 冗長度: 11.2 % / Num. unique obs: 2342 / CC_1/2: 0.542 / R_rim(I) all: 0.245 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.2	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3ULL

3ull

解像度: 2.1→45.58 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.228 / SU R_free Blow DPI: 0.19 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.185

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.249	776	5.22 %	RANDOM
R_work	0.2	-	-	-
obs	0.202	14874	99.6 %	-

原子変位パラメータ

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-2.0427 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.0427 Å²	0 Å²
3-	-	-	4.0853 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.1→45.58 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1764	0	2	95	1861

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数	Restraint function	Weight
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	0.008	1791	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	0.98	2417	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d		842	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes		39	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes		261	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it		1791	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd		0	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion	6.83
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion	2.87
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion		235	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance		1	HARMONIC	1
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact		2100	SEMIHARMONIC	4

LS精密化シェル

解像度: 2.1→2.27 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.254	174	5.94 %
R_work	0.219	2753	-
all	0.221	2927	-
obs	-	-	97.99 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.2919	0.5408	-0.1549	2.7778	0.8002	2.2189	0.0456	0.0453	-0.2441	-0.2415	-0.0355	-0.1045	0.2714	-0.1048	-0.0102	-0.0684	0.0062	0.0056	-0.2623	0.0163	-0.2598	22.1462	20.3624	32.628
2	0.2766	0.1239	-0.7764	1.1784	0.8132	0.1494	0.0048	0.0803	-0.0514	0.0039	-0.0197	-0.0592	0.0281	0.1233	0.0148	0.2005	0.1151	0.152	0.0184	-0.1091	0.2704	32.6485	13.9474	20.67
3	1.7058	2.0984	-0.0584	4.514	-1.1808	2.4121	-0.008	0.0198	0.0664	0.0913	0.0524	0.1198	0.032	-0.1219	-0.0444	0.3005	0.152	0.0718	-0.0464	0.152	-0.0318	2.0932	37.9565	34.2432
4	0	0.7652	-2.2255	0.5785	0.0248	0.3765	-0.0061	0.0613	0.073	0.076	0.0074	-0.126	-0.115	0.0921	-0.0013	0.3006	0.098	0.152	0.2993	0.152	-0.2931	33.2623	32.5316	16.0411
5	0	0.0114	0.1129	0.039	-0.0848	0.005	-0.0015	-0.0172	-0.009	0.0065	0.0009	-0.0164	-0.0074	0.0051	0.0006	0.1368	-0.1484	-0.0261	-0.1518	0.0422	0.1163	10.1518	12.3649	38.1696
6	1.7818	-0.0327	0.6943	2.705	0.7785	2.0257	-0.0349	-0.068	0.2568	-0.3336	-0.0802	-0.2645	-0.5407	0.1121	0.1151	-0.0385	-0.0168	0.0131	-0.2913	0.013	-0.268	25.2939	41.635	35.6207
7	0	-0.0473	2.463	2.3568	2.8366	0.0202	0.0242	-0.0248	0.0418	0.1191	0.0588	-0.0471	-0.0231	0.0136	-0.083	0.075	0.0598	-0.152	0.1336	-0.0962	0.0463	-0.8449	27.6214	31.457
8	0.6514	-0.9594	1.7125	1.1074	0.3325	0	0.0041	0.0181	0.0081	0.0101	-0.0511	-0.0573	-0.0308	-0.0678	0.0469	0.304	0.1199	-0.152	0.1085	0.1082	-0.304	12.9914	49.5573	26.3304
9	0.7058	2.0591	0.8324	2.2463	-0.3372	2.3347	-0.0253	-0.0719	-0.1618	-0.0716	0.1713	-0.5203	0.1979	0.4518	-0.1461	0.2139	0.0058	0.0488	-0.016	-0.0856	0.1093	26.2098	30.9561	32.0869
10	0	-1.1704	-0.0623	0.9757	0.854	1.5183	-0.0087	0.1978	-0.1928	-0.0638	-0.0115	0.0277	0.0341	0.0616	0.0202	0.2765	0.152	0.0778	0.2708	0.125	-0.2491	20.7705	36.5667	12.0461
11	0	0.413	-0.1719	0	0.096	0	-0.0037	-0.0035	0.0056	0.0272	0.0077	-0.0178	-0.0083	0.0355	-0.0041	-0.0241	-0.1303	-0.0858	0.0236	-0.0215	0.1426	34.5345	44.0336	47.2084

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{ A\|25 - A\|45 A\|54 - A\|62 A\|81 - A\|117 A\|129 - A\|140}
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{ A\|46 - A\|53 }
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{ A\|63 - A\|80 }
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{ A\|118 - A\|128 }
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{ A\|141 }
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{ B\|28 - B\|47 B\|53 - B\|62 B\|83 - B\|119 B\|127 - B\|139}
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{ B\|19 - B\|27 }
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{ B\|48 - B\|52 }
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{ B\|63 - B\|82 C\|1 - C\|4 }
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{ B\|120 - B\|126 }
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{ B\|140 - B\|141 }

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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