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- PDB-6rum: Crystal structure of GFP-LAMA-G97 - a GFP enhancer nanobody with ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rum
タイトルCrystal structure of GFP-LAMA-G97 - a GFP enhancer nanobody with cpDHFR insertion and TMP and NADPH
要素GFP-LAMA-G97 a GFP enhancer nanobody with cpDHFR insertion
キーワードPROTEIN BINDING / LAMA / nanobody / circular permutant of DHFR / TMP / NADPH
機能・相同性
機能・相同性情報


methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity ...methotrexate binding / dihydrofolic acid binding / 10-formyltetrahydrofolate biosynthetic process / response to methotrexate / NADP+ binding / folic acid biosynthetic process / folic acid binding / dihydrofolate metabolic process / dihydrofolate reductase / dihydrofolate reductase activity / folic acid metabolic process / NADPH binding / tetrahydrofolate biosynthetic process / one-carbon metabolic process / NADP binding / response to xenobiotic stimulus / response to antibiotic / cytosol
類似検索 - 分子機能
Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / Immunoglobulins ...Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate Reductase, subunit A / Dihydrofolate reductase conserved site / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain signature. / Dihydrofolate reductase (DHFR) domain profile. / Dihydrofolate reductase domain / Dihydrofolate reductase / Dihydrofolate reductase-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-NDP / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / TRIMETHOPRIM / Dihydrofolate reductase
類似検索 - 構成要素
生物種lama glama (ラマ)
Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Farrants, H. / Tarnawski, M. / Mueller, T.G. / Otsuka, S. / Hiblot, J. / Koch, B. / Kueblbeck, M. / Kraeusslich, H.-G. / Ellenberg, J. / Johnsson, K.
引用ジャーナル: Nat.Methods / 年: 2020
タイトル: Chemogenetic Control of Nanobodies.
著者: Farrants, H. / Tarnawski, M. / Muller, T.G. / Otsuka, S. / Hiblot, J. / Koch, B. / Kueblbeck, M. / Krausslich, H.G. / Ellenberg, J. / Johnsson, K.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: GFP-LAMA-G97 a GFP enhancer nanobody with cpDHFR insertion
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,4278
ポリマ－30,9851
非ポリマー1,4427
水5,314295
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-30 kcal/mol
Surface area13080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)47.890, 56.580, 53.290
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 94.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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抗体 , 1種, 1分子 A

#1: 抗体 GFP-LAMA-G97 a GFP enhancer nanobody with cpDHFR insertion


分子量: 30984.646 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) lama glama (ラマ), (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
遺伝子: folA, tmrA, b0048, JW0047 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ABQ4, dihydrofolate reductase

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非ポリマー , 6種, 302分子

#2: 化合物 ChemComp-TOP / TRIMETHOPRIM / トリメトプリム


分子量: 290.318 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H18N4O3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-NDP / NADPH DIHYDRO-NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE PHOSPHATE / NADPH


分子量: 745.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H30N7O17P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 0.1 M MES pH 6.0, 20% (w/v) PEG 6000, 1.0 M lithium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.99999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月19日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.99999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 37239 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.054 / Net I/σ(I): 13.23
反射 シェル解像度: 1.6→1.7 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.49 / Mean I/σ(I) obs: 2.43 / Num. unique obs: 6123 / % possible all: 98.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14rc1_3177: ???)精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UII, 5H8D

5uii

5h8d


解像度: 1.6→47.715 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2275 1862 5 %
Rwork0.183 --
obs0.1852 37239 99.11 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→47.715 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2167 0 92 295 2554
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0062338
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9573183
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.4151864
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.061329
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006411
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.6-1.64330.3251410.26412682X-RAY DIFFRACTION98
1.6433-1.69160.2721420.23782694X-RAY DIFFRACTION99
1.6916-1.74620.27761410.23122691X-RAY DIFFRACTION99
1.7462-1.80860.30631450.21822753X-RAY DIFFRACTION99
1.8086-1.88110.26861420.20322701X-RAY DIFFRACTION99
1.8811-1.96670.20721430.17822716X-RAY DIFFRACTION100
1.9667-2.07040.21011430.17042719X-RAY DIFFRACTION99
2.0704-2.20010.22261440.17392724X-RAY DIFFRACTION100
2.2001-2.36990.20671430.18212716X-RAY DIFFRACTION99
2.3699-2.60840.24911430.18922726X-RAY DIFFRACTION99
2.6084-2.98580.26931450.19452760X-RAY DIFFRACTION99
2.9858-3.76160.22271440.16732724X-RAY DIFFRACTION99
3.7616-47.73580.18361460.16482771X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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