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- PDB-6ruj: Factor inhibiting HIF-1 alpha in complex with consensus ankyrin r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ruj
タイトルFactor inhibiting HIF-1 alpha in complex with consensus ankyrin repeat domain-(d)3-hydroxy-Leu peptide
要素
  • CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN-(D)3-hydroxy-Leu
  • Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
キーワードOXIDOREDUCTASE / 2-OG-dependent dioxygenase
機能・相同性
機能・相同性情報


hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity ...hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase / : / [protein]-asparagine 3-dioxygenase activity / peptidyl-histidine dioxygenase activity / peptidyl-aspartic acid 3-dioxygenase activity / Cellular response to hypoxia / carboxylic acid binding / positive regulation of vasculogenesis / ankyrin repeat binding / oxygen sensor activity / Notch binding / negative regulation of Notch signaling pathway / NF-kappaB binding / positive regulation of myoblast differentiation / ferrous iron binding / transcription corepressor activity / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / zinc ion binding / nucleoplasm / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / Jelly Rolls / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins ...Clavaminate synthase-like / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor, domain II / Cupin-like domain 8 / Cupin-like domain / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / Jelly Rolls / JmjC domain / JmjC domain profile. / RmlC-like jelly roll fold / Helix Hairpins / Jelly Rolls / Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
N-OXALYLGLYCINE / Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.42 Å
データ登録者Nakashima, Y. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
引用ジャーナル: Commun Chem / 年: 2020
タイトル: A human protein hydroxylase that accepts D-residues
著者: Choi, H. / Hardy, A. / Leissing, T.M. / Chowdhury, R. / Ge, W. / Markoulides, M. / Scotti, J.S. / Thorbjornsrud, H. / Nakashima, Y. / Kang, D. / Hong, S. / Lee, J. / Park, H. / McDonough, M.A. / Schofield, C.J.
履歴
登録2019年5月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN-(D)3-hydroxy-Leu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4537
ポリマ－41,9522
非ポリマー5015
水1,67593
1
A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN-(D)3-hydroxy-Leu
ヘテロ分子

A: Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor
B: CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN-(D)3-hydroxy-Leu
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,90614
ポリマ－83,9044
非ポリマー1,00110
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z1
Buried area9270 Å2
ΔGint-201 kcal/mol
Surface area31600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.401, 86.401, 147.263
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

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タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Hypoxia-inducible factor 1-alpha inhibitor / Factor inhibiting HIF-1 / FIH-1 / Hypoxia-inducible factor asparagine hydroxylase


分子量: 40328.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HIF1AN, FIH1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9NWT6, hypoxia-inducible factor-asparagine dioxygenase, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む
#2: タンパク質・ペプチド CONSENSUS ANKYRIN REPEAT DOMAIN-(D)3-hydroxy-Leu


分子量: 1623.887 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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非ポリマー , 4種, 98分子

#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-OGA / N-OXALYLGLYCINE / N-オキサリルグリシン


分子量: 147.086 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H5NO5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 阻害剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.25 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1.6M AMMONIUM SULPHATE, 6% PEG 400, 0.1M HEPES, pH 7.5, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.97942 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97942 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.42→73.63 Å / Num. obs: 22013 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.8 % / Biso Wilson estimate: 60.458 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 2.42→2.46 Å / 冗長度: 13.4 % / Rmerge(I) obs: 2.367 / Mean I/σ(I) obs: 1 / Num. unique obs: 1051 / CC1/2: 0.557 / Rpim(I) all: 0.668 / Rrim(I) all: 2.461 / % possible all: 98.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1H2K

1h2k


解像度: 2.42→56.042 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 31.64
Rfactor反射数%反射
Rfree0.257 1048 4.78 %
Rwork0.2089 --
obs0.2112 21927 99.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.42→56.042 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2875 0 26 93 2994
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0132978
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.2364057
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5921739
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.057420
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008537
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4203-2.54790.37711570.34432900X-RAY DIFFRACTION99
2.5479-2.70760.35641400.31082914X-RAY DIFFRACTION100
2.7076-2.91660.36591420.28242927X-RAY DIFFRACTION100
2.9166-3.21010.33061530.25882962X-RAY DIFFRACTION100
3.2101-3.67450.24751540.2152953X-RAY DIFFRACTION100
3.6745-4.62920.21541450.16823030X-RAY DIFFRACTION100
4.6292-56.05660.22821570.18313193X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.17390.38930.00191.11020.006-0.0081-0.15680.98530.956-0.228-0.2292-0.0923-0.21520.14980.23050.60950.0498-0.05180.99710.34741.0028-10.380932.1612-23.5093
24.4237-0.83161.95363.73390.05532.4195-0.2777-0.83880.38360.51350.23660.3118-0.4145-0.49060.01770.49180.12030.09820.830.160.6283-22.689326.2585-4.5279
35.1705-1.91842.26281.975-1.0972.16520.0461-0.24170.0720.12250.14770.2494-0.0296-0.2923-0.17820.42490.01840.02490.59470.10150.454-13.005118.0029-8.2561
47.67615.92235.75185.21195.56416.28380.9550.8185-0.45430.3788-0.79010.64381.78752.3916-0.16820.8965-0.0177-0.25450.95360.03510.6821-7.5022-5.195-6.8427
55.13271.06530.77018.9282-1.32464.86310.1731-0.8941-0.90570.6213-0.56221.39240.84170.13920.32420.9933-0.0594-0.01261.08530.20711.2751-15.59369.9793-3.8716
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 49 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 50 through 137 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 138 through 349 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 790 through 796 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 797 through 804 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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