PDB-1wlv: Crystal structure of TT0310 protein from Thermus thermophilus HB8

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 1wlv

タイトル

Crystal structure of TT0310 protein from Thermus thermophilus HB8

要素

phenylacetic acid degradation protein PaaI

キーワード

STRUCTURAL GENOMICS / UNKNOWN FUNCTION / Thioesterase / Hot dog fold / Phenylacetic acid degradation / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative / RSGI

機能・相同性

機能・相同性情報

acyl-CoA hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus HB8 (バクテリア)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 1.9 Å

データ登録者

Kunishima, N. / Sugahara, M. / Miyano, M. / RIKEN Structural Genomics/Proteomics Initiative (RSGI)

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2005
タイトル: A Novel Induced-fit Reaction Mechanism of Asymmetric Hot Dog Thioesterase PaaI
著者: Kunishima, N. / Asada, Y. / Sugahara, M. / Ishijima, J. / Nodake, Y. / Sugahara, M. / Miyano, M. / Kuramitsu, S. / Yokoyama, S. / Sugahara, M.

履歴

登録	2004年6月29日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2005年7月5日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2008年4月30日	Group: Version format compliance
改定 1.2	2011年7月13日	Group: Version format compliance
改定 1.3	2024年3月13日	Group: Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_site Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	1wlv.cif.gz	199.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb1wlv.ent.gz	160.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	1wlv.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	1wlv_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	1wlv_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	1wlv_validation.xml.gz	42.5 KB	表示
CIF形式データ	1wlv_validation.cif.gz	59.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/1wlv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wl/1wlv	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1j1yC 1wluC 1wm6C 1wn3C C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1wn3-2 2dsl-1 1wm6-1 2rfy-2 4v1z-d 1467 4xnn-2 2rfw-4 4zzp-2 6tig-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索
その他のデータベース	TargetDB: ttk003000310.4

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#90 - 2007年6月脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase) 類似性 (1) #146 - 2012年2月アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics) 類似性 (1) #93 - 2007年9月クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1) #39 - 2003年3月 lac転写抑制因子 (lac Repressor) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#90 - 2007年6月
脂肪酸合成酵素 (Fatty Acid Synthase)
類似性 (1)
#146 - 2012年2月
アミノグリコシド系抗生物質 (Aminoglycoside Antibiotics)
類似性 (1)
#93 - 2007年9月
クエン酸合成酵素 (Citrate Synthase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#216 - 2017年12月
生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic)
類似性 (1)
#39 - 2003年3月
lac転写抑制因子 (lac Repressor)
類似性 (1)

登録構造単位

A: phenylacetic acid degradation protein PaaI

B: phenylacetic acid degradation protein PaaI

C: phenylacetic acid degradation protein PaaI

D: phenylacetic acid degradation protein PaaI

E: phenylacetic acid degradation protein PaaI

F: phenylacetic acid degradation protein PaaI

G: phenylacetic acid degradation protein PaaI

H: phenylacetic acid degradation protein PaaI

ヘテロ分子

117 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: phenylacetic acid degradation protein PaaI

B: phenylacetic acid degradation protein PaaI

C: phenylacetic acid degradation protein PaaI

D: phenylacetic acid degradation protein PaaI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.7 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

E: phenylacetic acid degradation protein PaaI

F: phenylacetic acid degradation protein PaaI

G: phenylacetic acid degradation protein PaaI

H: phenylacetic acid degradation protein PaaI

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
58.8 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	87.090, 82.583, 59.390
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 92.16, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

詳細

The biological assembly is a tetramer for instance composed of A, B, C and D subunits in the asymmetric unit.

#1: タンパク質	phenylacetic acid degradation protein PaaI / PaaI protein 分子量: 14280.224 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus HB8 (バクテリア) 生物種: Thermus thermophilus / 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / プラスミド: pET11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5SJP3
#2: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 化合物	ChemComp-COA / COENZYME A / CoA 分子量: 767.534 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₃₆N₇O₁₆P₃S
#4: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 686 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 2

-
試料調製

結晶

マシュー密度: 1.87 Å³/Da / 溶媒含有率: 33.7 %

結晶化

温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 5.2
詳細: Isopropanol, coenzyme A, acetate-NaOH, pH 5.2, Microbatch, temperature 295.0K

結晶化

*PLUS

温度: 22 ℃ / 手法: batch method

溶液の組成

*PLUS

ID	濃度	一般名	Crystal-ID	Sol-ID	化学式	詳細
1	30.0 mg/ml	protein	1	1
2	50 mM		1	1	NaCl
3	5 mM		1	1	CoA-SH
4	27.5 %	isopropanol	1	1
5	0.1 M	acetate-NaOH	1	1		pH5.2

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS V / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2002年5月2日 / 詳細: Mirror
放射	モノクロメーター: Ni filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 66249 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 7.2 % / B_iso Wilson estimate: 22.6 Å² / R_merge(I) obs: 0.086 / Net I/σ(I): 11.7
反射シェル	解像度: 1.9→1.97 Å / 冗長度: 7 % / R_merge(I) obs: 0.351 / Mean I/σ(I) obs: 5.6 / Num. unique all: 13103 / % possible all: 100
反射	PLUS 冗長度*: 7.2 %
反射シェル	PLUS % possible obs: 100 % / 冗長度: 7 % / Mean I/σ(I) obs*: 5.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
AMoRE		位相決定
CNS	1.1	精密化
HKL-2000		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 1.9→30 Å / R_factor R_free error: 0.003 / Isotropic thermal model: RESTRAINED / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / 立体化学のターゲット値: Engh & Huber

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19	3355	5.1 %	random
R_work	0.17	-	-	-
obs	0.17	66249	99.8 %	-

溶媒の処理

溶媒モデル: FLAT MODEL / B_sol: 55.2018 Å² / k_sol: 0.384366 e/Å³

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.9 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.48 Å²	0 Å²	1.59 Å²
2-	-	-0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.03 Å²

Refine analyze

	Free	Obs
Luzzati coordinate error	0.2 Å	0.17 Å
Luzzati d res low	-	5 Å
Luzzati sigma a	0.15 Å	0.1 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.9→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6937	0	198	686	7821

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d	0.005
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_bond_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg	1.2
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_na
X-RAY DIFFRACTION	c_angle_deg_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d	25.3
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d	3.49
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_na
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d_prot
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.26	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.81	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.21	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.31	2.5

LS精密化シェル

解像度: 1.9→1.97 Å / R_factor R_free error: 0.014 / Total num. of bins used: 10

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	313	4.8 %
R_work	0.212	6256	-
obs	-	-	99.1 %

精密化

*PLUS

最高解像度: 1.9 Å / % reflection R_free: 5 % / R_factor obs: 0.17 / R_factor R_free: 0.19 / R_factor R_work: 0.17

溶媒の処理

*PLUS

原子変位パラメータ

*PLUS

拘束条件

*PLUS

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_dihedral_angle_deg	25.3
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_d
X-RAY DIFFRACTION	c_improper_angle_deg	3.49
X-RAY DIFFRACTION	c_mcbond_it	1.26	1.5
X-RAY DIFFRACTION	c_scbond_it	2.21	2
X-RAY DIFFRACTION	c_mcangle_it	1.81	2
X-RAY DIFFRACTION	c_scangle_it	3.31	2.5

LS精密化シェル

*PLUS

Num. reflection R_work: 6569 / R_factor obs: 0.212

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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