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- PDB-6ru6: Crystal structure of Casein Kinase I delta (CK1d) in complex with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ru6
タイトルCrystal structure of Casein Kinase I delta (CK1d) in complex with monophosphorylated p63 PAD1P peptide
要素
  • Casein kinase I isoform delta
  • Tumor protein 63
キーワードTRANSFERASE / CK1 delta / CK1delta / CSNK1D / TP63 / p63 / kinase substrate complex / Structural Genomics / Structural Genomics Consortium / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation ...ectoderm and mesoderm interaction / epidermal cell division / cloacal septation / positive regulation of somatic stem cell population maintenance / prostatic bud formation / negative regulation of mesoderm development / female genitalia morphogenesis / positive regulation of non-canonical Wnt signaling pathway / establishment of planar polarity / positive regulation of keratinocyte proliferation / negative regulation of keratinocyte differentiation / squamous basal epithelial stem cell differentiation involved in prostate gland acinus development / polarized epithelial cell differentiation / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / proximal/distal pattern formation / protein localization to Golgi apparatus / positive regulation of fibroblast apoptotic process / positive regulation of cell cycle G1/S phase transition / WW domain binding / skin morphogenesis / cranial skeletal system development / midbrain dopaminergic neuron differentiation / COPII vesicle coating / sympathetic nervous system development / microtubule nucleation / post-anal tail morphogenesis / tau-protein kinase / non-motile cilium assembly / protein localization to cilium / embryonic forelimb morphogenesis / embryonic hindlimb morphogenesis / protein localization to centrosome / COPII-mediated vesicle transport / TP53 Regulates Transcription of Death Receptors and Ligands / Activation of PUMA and translocation to mitochondria / Regulation of TP53 Activity through Association with Co-factors / hair follicle morphogenesis / tau-protein kinase activity / positive regulation of Notch signaling pathway / regulation of epidermal cell division / TP53 regulates transcription of several additional cell death genes whose specific roles in p53-dependent apoptosis remain uncertain / positive regulation of stem cell proliferation / epithelial cell development / TP53 Regulates Transcription of Caspase Activators and Caspases / Golgi organization / odontogenesis of dentin-containing tooth / negative regulation of cellular senescence / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / keratinocyte proliferation / intrinsic apoptotic signaling pathway in response to DNA damage by p53 class mediator / Major pathway of rRNA processing in the nucleolus and cytosol / spindle assembly / establishment of skin barrier / Pyroptosis / positive regulation of osteoblast differentiation / keratinocyte differentiation / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / MDM2/MDM4 family protein binding / Notch signaling pathway / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / AURKA Activation by TPX2 / cellular response to nerve growth factor stimulus / ciliary basal body / stem cell proliferation / skeletal system development / determination of adult lifespan / promoter-specific chromatin binding / TP53 Regulates Metabolic Genes / positive regulation of apoptotic signaling pathway / protein tetramerization / RNA polymerase II transcription regulatory region sequence-specific DNA binding / circadian regulation of gene expression / spindle microtubule / regulation of circadian rhythm / Wnt signaling pathway / spindle / endocytosis / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / cellular senescence / Circadian Clock / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / positive regulation of canonical Wnt signaling pathway / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / neuron apoptotic process / transcription by RNA polymerase II / damaged DNA binding / non-specific serine/threonine protein kinase / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / protein kinase activity / chromatin remodeling / cadherin binding / positive regulation of protein phosphorylation / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity
類似検索 - 分子機能
Tumour protein p63, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) ...Tumour protein p63, SAM domain / p53 family signature. / p53, tetramerisation domain / P53 tetramerisation motif / p53, DNA-binding domain / P53 DNA-binding domain / p53 tumour suppressor family / p53-like tetramerisation domain superfamily / p53/RUNT-type transcription factor, DNA-binding domain superfamily / SAM domain (Sterile alpha motif) / p53-like transcription factor, DNA-binding / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Transferase(Phosphotransferase) domain 1 / Transferase(Phosphotransferase); domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Phosphorylase Kinase; domain 1 / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / Casein kinase I isoform delta / Tumor protein 63
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Chaikuad, A. / Tuppi, M. / Gebel, J. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Bountra, C. / Dotsch, V. / Knapp, S. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: p63 uses a switch-like mechanism to set the threshold for induction of apoptosis.
著者: Gebel, J. / Tuppi, M. / Chaikuad, A. / Hotte, K. / Schroder, M. / Schulz, L. / Lohr, F. / Gutfreund, N. / Finke, F. / Henrich, E. / Mezhyrova, J. / Lehnert, R. / Pampaloni, F. / Hummer, G. / ...著者: Gebel, J. / Tuppi, M. / Chaikuad, A. / Hotte, K. / Schroder, M. / Schulz, L. / Lohr, F. / Gutfreund, N. / Finke, F. / Henrich, E. / Mezhyrova, J. / Lehnert, R. / Pampaloni, F. / Hummer, G. / Stelzer, E.H.K. / Knapp, S. / Dotsch, V.
履歴
登録2019年5月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月12日Group: Database references / Derived calculations
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase I isoform delta
B: Casein kinase I isoform delta
C: Tumor protein 63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,86815
ポリマ－70,2423
非ポリマー1,62612
水2,504139
1
A: Casein kinase I isoform delta
C: Tumor protein 63
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,78011
ポリマ－35,8172
非ポリマー9639
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2990 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area14580 Å2
手法PISA
2
B: Casein kinase I isoform delta
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0884
ポリマ－34,4251
非ポリマー6633
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1220 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area14440 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)171.937, 48.924, 85.199
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 109.720, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: LEU / Beg label comp-ID: LEU / End auth comp-ID: LYS / End label comp-ID: LYS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 294 / Label seq-ID: 5 - 296

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

-
タンパク質 / タンパク質・ペプチド , 2種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Casein kinase I isoform delta / CKId / Tau-protein kinase CSNK1D


分子量: 34424.805 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK1D, HCKID / プラスミド: pNIC28-Bsa4 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): -R3-pRARE2
参照: UniProt: P48730, non-specific serine/threonine protein kinase, tau-protein kinase
#2: タンパク質・ペプチド Tumor protein 63 / p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / ...p63 / Chronic ulcerative stomatitis protein / CUSP / Keratinocyte transcription factor KET / Transformation-related protein 63 / TP63 / Tumor protein p73-like / p73L / p40 / p51


分子量: 1392.387 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9H3D4

-
非ポリマー , 5種, 151分子

#3: 化合物 ChemComp-ACP / PHOSPHOMETHYLPHOSPHONIC ACID ADENYLATE ESTER / ADENOSINE-5'-[BETA, GAMMA-METHYLENE]TRIPHOSPHATE / β,γ-メチレンATP


分子量: 505.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C11H18N5O12P3
コメント: AMP-PCP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 139 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.77 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 10-20% PEG 3350, 0.1-0.2 M sodium sulfate and 0.1 M citrate, pH 4.6-5.9
PH範囲: 4.6-5.9

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.05→49.26 Å / Num. obs: 42000 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5 % / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.057 / Rrim(I) all: 0.131 / Net I/σ(I): 8.3 / Num. measured all: 208293 / Scaling rejects: 6
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
2.05-2.125.10.784241260.8370.3820.87699.5
7.94-49.264.60.05221.17680.9970.0260.05897.1

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.3データスケーリング
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4HNF

4hnf


解像度: 2.05→49.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.915 / SU B: 15.451 / SU ML: 0.189 / SU R Cruickshank DPI: 0.219 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.219 / ESU R Free: 0.189
詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.257 2074 4.9 %RANDOM
Rwork0.2108 ---
obs0.2131 39925 99.29 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.12 Å2 / Biso mean: 50.924 Å2 / Biso min: 27.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.58 Å20 Å21.77 Å2
2---2.25 Å2-0 Å2
3---3.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.05→49.26 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4697 0 100 139 4936
Biso mean--75 50.12 -
残基数----574
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0134925
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0174627
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2781.6736621
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1661.59110698
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4485575
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.44920.543276
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.31115895
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.6831544
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0580.2603
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.025368
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021134
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 8992 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.1 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.321 142 -
Rwork0.318 2947 -
all-3089 -
obs--99.81 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.7448-0.3619-0.45250.62671.0472.667-0.1672-0.57880.18290.07680.0768-0.1130.3143-0.1030.09040.0564-0.00780.04680.1569-0.06980.13-41.08230.26429.005
21.0461-0.13180.0920.30050.05730.1264-0.0216-0.07290.122-0.0016-0.0165-0.00790.0232-0.0330.0380.02660.00560.03620.1151-0.01950.0782-23.11917.09819.102
30.9664-0.08470.73244.3969-0.26451.1148-0.0001-0.0569-0.09910.3583-0.0663-0.0279-0.0152-0.06630.06650.0432-0.00980.03820.0839-0.04420.178228.514-12.60116.108
41.7832-0.1980.06640.25460.21080.7009-0.0425-0.0596-0.16840.02540.04230.02010.0371-0.06280.00020.0238-0.00070.04280.0922-0.00380.089511.117.11418.412
54.6486-5.9696-4.71027.67566.05434.8554-0.2748-0.075-0.0040.37460.14240.02630.3423-0.03650.13240.0576-0.04150.08580.3732-0.09550.1918-27.98510.09132.266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 62
2X-RAY DIFFRACTION2A63 - 294
3X-RAY DIFFRACTION3B3 - 85
4X-RAY DIFFRACTION4B86 - 294
5X-RAY DIFFRACTION5C579 - 586

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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