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- PDB-6rtt: Piperideine-6-carboxylate dehydrogenase from Streptomyces clavuli... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rtt
タイトルPiperideine-6-carboxylate dehydrogenase from Streptomyces clavuligerus complexed with picolinic acid
要素Semialdehyde dehydrogenase Pcd
キーワードOXIDOREDUCTASE / antibiotic biosynthesis / Streptomyces clavuligerus
機能・相同性
機能・相同性情報


aldehyde dehydrogenase (NAD+) / aldehyde dehydrogenase (NAD+) activity / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1-like / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal ...Aldehyde dehydrogenase family 7 member A1-like / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase, glutamic acid active site / Aldehyde dehydrogenases glutamic acid active site. / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / aldehyde dehydrogenase (NAD(+))
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces clavuligerus ATCC 27064 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Hasse, D. / Huelsemann, J. / Carlsson, G. / Andersson, I.
資金援助 スウェーデン, 1件
組織認可番号国
Swedish Research Council スウェーデン
引用ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Structure and mechanism of piperideine-6-carboxylate dehydrogenase from Streptomyces clavuligerus.
著者: Hasse, D. / Hulsemann, J. / Carlsson, G.H. / Valegard, K. / Andersson, I.
履歴
登録2019年5月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Semialdehyde dehydrogenase Pcd
B: Semialdehyde dehydrogenase Pcd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,65016
ポリマ－108,1782
非ポリマー1,47214
水13,259736
1
A: Semialdehyde dehydrogenase Pcd
B: Semialdehyde dehydrogenase Pcd
ヘテロ分子

A: Semialdehyde dehydrogenase Pcd
B: Semialdehyde dehydrogenase Pcd
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)219,30032
ポリマ－216,3564
非ポリマー2,94428
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_454-x-1,y,-z-1/21
Buried area27530 Å2
ΔGint-152 kcal/mol
Surface area58990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.820, 130.060, 157.650
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-906-

HOH

21A-1025-

HOH

31B-1002-

HOH

41B-1054-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Semialdehyde dehydrogenase Pcd


分子量: 54088.996 Da / 分子数: 2 / 変異: S140T, A503T / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces clavuligerus ATCC 27064 (バクテリア)
遺伝子: pcd / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / Variant (発現宿主): AI / 参照: UniProt: O85725
#2: 化合物
ChemComp-6PC / PYRIDINE-2-CARBOXYLIC ACID / PICOLINIC ACID / ピコリン酸


分子量: 123.109 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5NO2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 736 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.39 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.1 M sodium acetate pH 5, 2.2 M ammonium sulphate, 0.2 M lithium acetate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→45.33 Å / Num. obs: 128777 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 17.3 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 18.65
反射 シェル解像度: 1.65→1.69 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 3.29 / Num. unique obs: 5590 / CC1/2: 0.816 / Rrim(I) all: 0.706 / % possible all: 92

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RTR

6rtr


解像度: 1.65→45.33 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.184 6439 5 %
Rwork0.162 122338 -
obs0.163 128777 94.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 86.06 Å2 / Biso mean: 21.0336 Å2 / Biso min: 6.25 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→45.33 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7474 0 92 736 8302
Biso mean--28.12 27.71 -
残基数----1007
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.65-1.66870.29461420.2656269263
1.6687-1.68830.28761520.2481289568
1.6883-1.70890.30551600.2364302871
1.7089-1.73060.27121700.2154323876
1.7306-1.75330.20961860.2123352282
1.7533-1.77740.24882030.2121385890
1.7774-1.80280.22482160.1905411797
1.8028-1.82970.21852240.1854425699
1.8297-1.85830.22042260.1814427899
1.8583-1.88870.20622220.1787422099
1.8887-1.92130.2112220.1762422999
1.9213-1.95620.20132240.1683425699
1.9562-1.99390.20262250.1562426799
1.9939-2.03460.19782260.1571428899
2.0346-2.07880.17912230.1511424099
2.0788-2.12720.1812260.148429399
2.1272-2.18030.16832240.15434267100
2.1803-2.23930.17522250.15054266100
2.2393-2.30520.17652260.15374290100
2.3052-2.37960.18372260.15424307100
2.3796-2.46460.19252250.16274273100
2.4646-2.56330.18692260.16094300100
2.5633-2.67990.19772280.16454320100
2.6799-2.82120.17472260.16794307100
2.8212-2.99790.18432280.16524329100
2.9979-3.22940.19692280.16514335100
3.2294-3.55420.17942300.1594354100
3.5542-4.06830.15272300.14334384100
4.0683-5.12440.14672310.13824378100
5.1244-45.330.16832390.16214551100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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