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万見
- PDB-6rsg: NMR structure of pleurocidin VA in SDS micelles -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rsg
タイトルNMR structure of pleurocidin VA in SDS micelles
要素Pleurocidin
キーワードANTIMICROBIAL PROTEIN / AMP / pleurocidin analogue / winter flounder / SDS micelles / sequence optimization
機能・相同性Pleurocidin / Pleurocidin family / defense response to bacterium / lipid binding / extracellular region / membrane / Pleurocidin
機能・相同性情報
生物種Pseudopleuronectes americanus (魚類)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Manzo, G. / Mason, A.J.
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: A pleurocidin analogue with greater conformational flexibility, enhanced antimicrobial potency and in vivo therapeutic efficacy.
著者: Manzo, G. / Hind, C.K. / Ferguson, P.M. / Amison, R.T. / Hodgson-Casson, A.C. / Ciazynska, K.A. / Weller, B.J. / Clarke, M. / Lam, C. / Man, R.C.H. / Shaughnessy, B.G.O. / Clifford, M. / Bui, ...著者: Manzo, G. / Hind, C.K. / Ferguson, P.M. / Amison, R.T. / Hodgson-Casson, A.C. / Ciazynska, K.A. / Weller, B.J. / Clarke, M. / Lam, C. / Man, R.C.H. / Shaughnessy, B.G.O. / Clifford, M. / Bui, T.T. / Drake, A.F. / Atkinson, R.A. / Lam, J.K.W. / Pitchford, S.C. / Page, C.P. / Phoenix, D.A. / Lorenz, C.D. / Sutton, J.M. / Mason, A.J.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年12月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.22024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Pleurocidin


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,6621
ポリマ－2,6621
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area2880 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)50 / 500structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Pleurocidin


分子量: 2662.077 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: Analogue of the antimicrobial peptide pleurocidin, originally extracted from Winter Flounder fish, obtained through sequence optimisation.
由来: (合成) Pseudopleuronectes americanus (魚類) / 参照: UniProt: P81941

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-1H TOCSY
121isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: micelle
内容: 0.5 mM NA Pleurocidin VA, 50 mM U-98% 2D deuterated sodium dodecyl sulphate (SDS-d25), 5 mM U-98% 2D Tris(hydroxymethyl-d3)-amino-d2-methane, 0.05 % w/w U-99.9% 2D 3-(trimethylsilyl)propionic- ...内容: 0.5 mM NA Pleurocidin VA, 50 mM U-98% 2D deuterated sodium dodecyl sulphate (SDS-d25), 5 mM U-98% 2D Tris(hydroxymethyl-d3)-amino-d2-methane, 0.05 % w/w U-99.9% 2D 3-(trimethylsilyl)propionic-2,2,3,3-d4 acid, sodium salt, 90% H2O/10% D2O
詳細: Peptide powder was solubilised in SDS-d25 micelles at a L/P ratio of 100.
Label: PleurocidinVA / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMPleurocidin VANA1
50 mMdeuterated sodium dodecyl sulphate (SDS-d25)U-98% 2D1
5 mMTris(hydroxymethyl-d3)-amino-d2-methaneU-98% 2D1
0.05 % w/w3-(trimethylsilyl)propionic-2,2,3,3-d4 acid, sodium saltU-99.9% 2D1
試料状態イオン強度: ND Not defined / Label: VA_conditions / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospin解析
CARAKeller and Wuthrichchemical shift assignment
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Baxpeak picking
DYNAMODelaglio and Kuszewskistructure calculation
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 500 / 登録したコンフォーマーの数: 50

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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