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- PDB-6rs8: X-ray crystal structure of LsAA9B (transition metals soak) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rs8
タイトルX-ray crystal structure of LsAA9B (transition metals soak)
要素AA9
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Fungal / family AA9
機能・相同性Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 - #70 / Coagulation Factor XIII; Chain A, domain 1 / Distorted Sandwich / Mainly Beta / ACETATE ION / alpha-D-mannopyranose
機能・相同性情報
生物種Lentinus similis (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.58 Å
データ登録者Frandsen, K.E.H. / Tovborg, M. / Poulsen, J.C.N. / Johansen, K.S. / Lo Leggio, L.
資金援助 デンマーク, フランス, 7件
組織認可番号国
Danish Agency for Science Technology and Innovation12-134922 デンマーク
Danish Agency for Science Technology and Innovation12-134923 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF17SA0027704 デンマーク
European Communitys Seventh Framework ProgrammeBioStruct-X (grant agreement N283570) デンマーク
European CommissionCF16-0673 - The Carlsberg Foundation デンマーク
European CommissionCF17-0533 - The Carlsberg Foundation デンマーク
European CommissionAgreenSkills+ (Marie-Curie FP7 COFUND People Programme under grant agreement 609398) フランス
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Insights into an unusual Auxiliary Activity 9 family member lacking the histidine brace motif of lytic polysaccharide monooxygenases.
著者: Frandsen, K.E.H. / Tovborg, M. / Jorgensen, C.I. / Spodsberg, N. / Rosso, M.N. / Hemsworth, G.R. / Garman, E.F. / Grime, G.W. / Poulsen, J.N. / Batth, T.S. / Miyauchi, S. / Lipzen, A. / Daum, ...著者: Frandsen, K.E.H. / Tovborg, M. / Jorgensen, C.I. / Spodsberg, N. / Rosso, M.N. / Hemsworth, G.R. / Garman, E.F. / Grime, G.W. / Poulsen, J.N. / Batth, T.S. / Miyauchi, S. / Lipzen, A. / Daum, C. / Grigoriev, I.V. / Johansen, K.S. / Henrissat, B. / Berrin, J.G. / Lo Leggio, L.
履歴
登録2019年5月21日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _atom_site_anisotrop.U[1][1] / _atom_site_anisotrop.U[1][2] / _atom_site_anisotrop.U[1][3] / _atom_site_anisotrop.U[2][2] / _atom_site_anisotrop.U[2][3] / _atom_site_anisotrop.U[3][3] / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_comp_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_seq_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_asym_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_comp_id / _atom_site_anisotrop.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 3.02021年11月10日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity_src_gen / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_solvent_atom_site_mapping
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_alt_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.pdbx_auth_seq_id / _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num
改定 3.12024年1月24日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 3.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: AA9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,3557
ポリマ－23,3191
非ポリマー1,0366
水4,342241
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1600 Å2
ΔGint11 kcal/mol
Surface area9890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.160, 72.580, 78.680
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 AA9


分子量: 23318.902 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lentinus similis (菌類) / 発現宿主: Aspergillus oryzae (米麹菌)

-
糖 , 2種, 2分子

#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 糖 ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 245分子

#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 241 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 42.86 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES/MOPS pH 7.5 12.5 %(v/v) MPD (racemic) 12.5 %(w/v) PEG 1000 12.5 %(w/v) PEG 3350 0.02M of each of Na-formate, NH4-acetate, Na-citrate, Na/K-tartrate, Na-oxamate.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX II / ビームライン: I911-3 / 波長: 1.3499 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3499 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.58→40 Å / Num. obs: 27805 / % possible obs: 92.4 % / 冗長度: 8.6 % / CC1/2: 0.999 / Rrim(I) all: 0.055 / Net I/σ(I): 28.46
反射 シェル解像度: 1.58→1.62 Å / 冗長度: 2.84 % / Num. unique obs: 1501 / CC1/2: 0.826 / Rrim(I) all: 0.391 / % possible all: 72.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0230精密化
MxCuBEデータ収集
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3EJA

3eja


解像度: 1.58→39.37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.957 / SU B: 2.644 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.083 / ESU R Free: 0.077 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17312 1413 5.1 %RANDOM
Rwork0.11267 ---
obs0.11573 26400 97.45 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 13.534 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.2 Å20 Å20 Å2
2--0.21 Å2-0 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.58→39.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1645 0 67 241 1953
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0150.0141825
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171588
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8281.7152523
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0571.6933737
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1065238
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.78624.45974
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.46415239
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.79154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0950.2257
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.022062
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02333
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.6981.002918
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.698915
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0931.5141154
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.1081155
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.1121.683907
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.1111.685908
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.49537.3151366
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.6671976
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.6671977
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr4.13431799
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.06951739
LS精密化 シェル解像度: 1.577→1.618 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.244 66 -
Rwork0.222 1441 -
obs--72.7 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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