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- PDB-6rqr: Extended NHERF1 PDZ2 domain in complex with the PDZ-binding motif... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rqr
タイトルExtended NHERF1 PDZ2 domain in complex with the PDZ-binding motif of CFTR
要素Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1,Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
キーワードPROTEIN BINDING / Complex / PDZ / PDZ-binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


renal phosphate ion absorption / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / positive regulation of voltage-gated chloride channel activity ...renal phosphate ion absorption / regulation of renal phosphate excretion / renal sodium ion transport / type 2 metabotropic glutamate receptor binding / glutathione transport / dopamine receptor binding / cerebrospinal fluid circulation / negative regulation of sodium ion transport / microvillus assembly / positive regulation of voltage-gated chloride channel activity / maintenance of epithelial cell apical/basal polarity / bile acid secretion / regulation of protein kinase activity / : / import across plasma membrane / Sec61 translocon complex binding / stereocilium tip / channel-conductance-controlling ATPase / intracellularly ATP-gated chloride channel activity / gamma-aminobutyric acid import / positive regulation of enamel mineralization / transepithelial water transport / RHO GTPases regulate CFTR trafficking / plasma membrane organization / phospholipase C-activating dopamine receptor signaling pathway / cilium organization / channel activator activity / gland morphogenesis / amelogenesis / intracellular pH elevation / chloride channel inhibitor activity / : / establishment of Golgi localization / fibroblast migration / intracellular phosphate ion homeostasis / multicellular organismal-level water homeostasis / Golgi-associated vesicle membrane / plasma membrane protein complex / establishment of epithelial cell apical/basal polarity / cholesterol transport / type 3 metabotropic glutamate receptor binding / negative regulation of fibroblast migration / bicarbonate transport / bicarbonate transmembrane transporter activity / auditory receptor cell stereocilium organization / negative regulation of mitotic cell cycle / chloride channel regulator activity / membrane hyperpolarization / vesicle docking involved in exocytosis / beta-2 adrenergic receptor binding / chloride transmembrane transporter activity / growth factor receptor binding / negative regulation of platelet-derived growth factor receptor signaling pathway / nuclear migration / sperm capacitation / cholesterol biosynthetic process / microvillus membrane / regulation of cell size / renal absorption / RHOQ GTPase cycle / chloride channel activity / microvillus / positive regulation of exocytosis / ATPase-coupled transmembrane transporter activity / chloride channel complex / positive regulation of insulin secretion involved in cellular response to glucose stimulus / ABC-type transporter activity / phosphatase binding / transport across blood-brain barrier / positive regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway / ruffle / protein-membrane adaptor activity / 14-3-3 protein binding / sperm midpiece / endomembrane system / negative regulation of phosphatidylinositol 3-kinase/protein kinase B signal transduction / cellular response to forskolin / chloride transmembrane transport / response to endoplasmic reticulum stress / cellular response to cAMP / morphogenesis of an epithelium / cell periphery / protein localization to plasma membrane / filopodium / PDZ domain binding / brush border membrane / establishment of localization in cell / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / sensory perception of sound / Defective CFTR causes cystic fibrosis / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / Late endosomal microautophagy / recycling endosome / beta-catenin binding / negative regulation of ERK1 and ERK2 cascade / ABC-family proteins mediated transport / transmembrane transport / Wnt signaling pathway / recycling endosome membrane / Chaperone Mediated Autophagy
類似検索 - 分子機能
EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / : / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / PDZ domain ...EBP50, C-terminal / Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHERF-1/2 / EBP50, C-terminal / : / : / CFTR regulator domain / Cystic fibrosis TM conductance regulator (CFTR), regulator domain / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / : / PDZ domain / Pdz3 Domain / ABC transporter transmembrane region / ABC transporter type 1, transmembrane domain / ABC transporter integral membrane type-1 fused domain profile. / ABC transporter type 1, transmembrane domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / ABC transporter-like, conserved site / ABC transporters family signature. / ABC transporter / ABC transporter-like, ATP-binding domain / ATP-binding cassette, ABC transporter-type domain profile. / Roll / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1 / Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Martin, E.R. / Ford, R.C. / Robinson, R.C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: In vivocrystals reveal critical features of the interaction between cystic fibrosis transmembrane conductance regulator (CFTR) and the PDZ2 domain of Na+/H+exchange cofactor NHERF1.
著者: Martin, E.R. / Barbieri, A. / Ford, R.C. / Robinson, R.C.
履歴
登録2019年5月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1,Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator
B: Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1,Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,2362
ポリマ－32,2362
非ポリマー00
水3,675204
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area15240 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)84.950, 85.039, 89.580
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-316-

HOH

21A-395-

HOH

31A-399-

HOH

41A-402-

HOH

51A-407-

HOH

61B-330-

HOH

71B-331-

HOH

81B-345-

HOH

91B-353-

HOH

101B-383-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 149 through 246 or resid 248 through 273))
21(chain B and (resid 149 through 246 or resid 248 through 273))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROPROPRO(chain A and (resid 149 through 246 or resid 248 through 273))AA149 - 24620 - 117
12GLNGLNLEULEU(chain A and (resid 149 through 246 or resid 248 through 273))AA248 - 273119 - 144
21PROPROPROPRO(chain B and (resid 149 through 246 or resid 248 through 273))BB149 - 24620 - 117
22GLNGLNLEULEU(chain B and (resid 149 through 246 or resid 248 through 273))BB248 - 273119 - 144

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要素

#1: タンパク質 Na(+)/H(+) exchange regulatory cofactor NHE-RF1,Cystic fibrosis transmembrane conductance regulator / NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) ...NHERF-1 / Ezrin-radixin-moesin-binding phosphoprotein 50 / EBP50 / Regulatory cofactor of Na(+)/H(+) exchanger / Sodium-hydrogen exchanger regulatory factor 1 / Solute carrier family 9 isoform A3 regulatory factor 1 / CFTR / ATP-binding cassette sub-family C member 7 / Channel conductance-controlling ATPase / cAMP-dependent chloride channel


分子量: 16118.141 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SLC9A3R1, NHERF, NHERF1, CFTR, ABCC7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: O14745, UniProt: P13569, channel-conductance-controlling ATPase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 204 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.51 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.98 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 1.65 M ammonium sulphate, 100 mM tri-sodium citrate pH 5.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→30 Å / Num. obs: 16793 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.984 / Net I/σ(I): 4.3
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / Num. unique obs: 1653 / CC1/2: 0.634

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Q3H

4q3h


解像度: 2.2→19.81 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 3.95 / 位相誤差: 21.98 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
Rfactor反射数%反射
Rfree0.233 783 4.68 %
Rwork0.2059 15813 -
obs0.2112 16735 99.55 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 146.34 Å2 / Biso mean: 39.3265 Å2 / Biso min: 7.3 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1928 0 0 204 2132
Biso mean---32.92 -
残基数----250
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1177X-RAY DIFFRACTION10.795TORSIONAL
12B1177X-RAY DIFFRACTION10.795TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.340.32051240.28622566269094
2.34-2.520.32011220.2882597271995
2.52-2.770.34471140.26592627274196
2.77-3.170.25041330.22112636276995
3.17-3.980.20451400.17072655279595
3.99-19.810.2161470.16812732287995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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