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万見
- PDB-6rpt: Structure of tick complement inhibitor CirpT1 complexed with macr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rpt
タイトルStructure of tick complement inhibitor CirpT1 complexed with macroglobubulin domain 4 of human complement C5
要素
  • Complement C5
  • Putative 8.9 kDa family member
キーワードIMMUNOSUPPRESSANT / complement / inhibitor / innate immunity / inflammation / C5 / terminal pathway inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors ...Terminal pathway of complement / membrane attack complex / Activation of C3 and C5 / negative regulation of macrophage chemotaxis / complement activation, alternative pathway / chemokine activity / endopeptidase inhibitor activity / positive regulation of vascular endothelial growth factor production / positive regulation of chemokine production / Peptide ligand-binding receptors / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / chemotaxis / G alpha (i) signalling events / killing of cells of another organism / cell surface receptor signaling pathway / inflammatory response / G protein-coupled receptor signaling pathway / signaling receptor binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Single domain Von Willebrand factor type C domain / Single domain von Willebrand factor type C / Single domain von Willebrand factor type C / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system ...Single domain Von Willebrand factor type C domain / Single domain von Willebrand factor type C / Single domain von Willebrand factor type C / : / Complement component 5, CUB domain / Complement C3/4/5, macroglobulin domain MG1 / Macroglobulin domain MG1 / Anaphylatoxin, complement system domain / Anaphylatoxin domain signature. / Anaphylatoxin, complement system / Anaphylatoxin/fibulin / Anaphylotoxin-like domain / Anaphylatoxin domain profile. / Anaphylatoxin homologous domain / Netrin C-terminal Domain / Netrin module, non-TIMP type / UNC-6/NTR/C345C module / Alpha-macroglobulin, receptor-binding / Alpha-macroglobulin, receptor-binding domain superfamily / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor binding domain / Macroglobulin domain MG4 / Macroglobulin domain MG3 / A-macroglobulin receptor / Netrin domain / NTR domain profile. / Tissue inhibitor of metalloproteinases-like, OB-fold / Alpha-2-macroglobulin / Macroglobulin domain / Alpha-2-macroglobulin, bait region domain / Alpha-macroglobulin-like, TED domain / Alpha-2-macroglobulin family / MG2 domain / A-macroglobulin TED domain / Alpha-2-macroglobulin bait region domain / Alpha-2-Macroglobulin / Alpha-2-macroglobulin family / Terpenoid cyclases/protein prenyltransferase alpha-alpha toroid / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement inhibitor CirpT1 / Complement C5
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Rhipicephalus pulchellus (ダニ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Reichhardt, M.P. / Lea, S.M. / Johnson, S.
資金援助 フィンランド, 英国, 2件
組織認可番号国
Finnish Cultural Foundation フィンランド
Wellcome Trust100298 英国
引用ジャーナル: Proc Natl Acad Sci U S A / 年: 2020
タイトル: An inhibitor of complement C5 provides structural insights into activation.
著者: Martin P Reichhardt / Steven Johnson / Terence Tang / Thomas Morgan / Nchimunya Tebeka / Niko Popitsch / Justin C Deme / Matthijs M Jore / Susan M Lea /
要旨: The complement system is a crucial part of innate immune defenses against invading pathogens. The blood-meal of the tick lasts for days, and the tick must therefore rely on inhibitors to counter ...The complement system is a crucial part of innate immune defenses against invading pathogens. The blood-meal of the tick lasts for days, and the tick must therefore rely on inhibitors to counter complement activation. We have identified a class of inhibitors from tick saliva, the CirpT family, and generated detailed structural data revealing their mechanism of action. We show direct binding of a CirpT to complement C5 and have determined the structure of the C5-CirpT complex by cryoelectron microscopy. This reveals an interaction with the peripheral macro globulin domain 4 (C5_MG4) of C5. To achieve higher resolution detail, the structure of the C5_MG4-CirpT complex was solved by X-ray crystallography (at 2.7 Å). We thus present the fold of the CirpT protein family, and provide detailed mechanistic insights into its inhibitory function. Analysis of the binding interface reveals a mechanism of C5 inhibition, and provides information to expand our biological understanding of the activation of C5, and thus the terminal complement pathway.
履歴
登録2019年5月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年1月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月15日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
E: Complement C5
F: Putative 8.9 kDa family member
A: Complement C5
B: Putative 8.9 kDa family member
C: Complement C5
D: Putative 8.9 kDa family member
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)80,84911
ポリマ－80,3896
非ポリマー4605
水1,982110
1
E: Complement C5
F: Putative 8.9 kDa family member
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9804
ポリマ－26,7962
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2140 Å2
ΔGint-5 kcal/mol
Surface area11050 Å2
手法PISA
2
A: Complement C5
B: Putative 8.9 kDa family member
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,9804
ポリマ－26,7962
非ポリマー1842
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2150 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area11180 Å2
手法PISA
3
C: Complement C5
D: Putative 8.9 kDa family member
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,8883
ポリマ－26,7962
非ポリマー921
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11150 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)86.830, 56.948, 90.072
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.020, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Complement C5 / C3 and PZP-like alpha-2-macroglobulin domain-containing protein 4


分子量: 14511.433 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: C5, CPAMD4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01031
#2: タンパク質 Putative 8.9 kDa family member


分子量: 12284.823 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Rhipicephalus pulchellus (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: L7MB58
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.55 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.76 %
結晶化温度: 284.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.02 M Na2PO4/K2PO4, 20 % w/v PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.52→82.9 Å / Num. obs: 22552 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.5 % / Rmerge(I) obs: 0.266 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル解像度: 2.52→2.56 Å / Num. unique obs: 2243

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXdev_3126精密化
DIALSxia2 Dialsデータ削減
DIALSxia2 Dialsデータスケーリング
MOLREPCCP4Interface 7.0.056位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5HCC

5hcc


解像度: 2.7→82.9 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.272 --
Rwork0.226 --
obs-22549 99.8 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.7→82.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4518 0 30 110 4658

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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