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- PDB-6rnl: L-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to the G-quadruplex forming sequence d... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rnl
タイトルL-[Ru(TAP)2(dppz)]2+ bound to the G-quadruplex forming sequence d(TAGGGTT)
要素DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')
キーワードDNA / Ruthenium / intercalation / asymmetric
機能・相同性: / Ru(tap)2(dppz) complex / DNA
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.88 Å
データ登録者McQuaid, K.T. / Hall, J.P. / Cardin, C.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/K019279/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/M004635/1 英国
引用ジャーナル: Chem.Commun.(Camb.) / 年: 2019
タイトル: Three thymine/adenine binding modes of the ruthenium complex Lambda-[Ru(TAP)2(dppz)]2+to the G-quadruplex forming sequence d(TAGGGTT) shown by X-ray crystallography.
著者: McQuaid, K. / Hall, J.P. / Baumgaertner, L. / Cardin, D.J. / Cardin, C.J.
履歴
登録2019年5月9日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年9月11日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)11,76611
ポリマ－8,6744
非ポリマー3,0927
水1,35175
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4610 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area5620 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.514, 38.514, 128.804
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number170
Space group name H-MP65

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要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*AP*GP*GP*GP*TP*T)-3')


分子量: 2168.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#3: 化合物
ChemComp-RKL / Ru(tap)2(dppz) complex


分子量: 747.732 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C38H22N12Ru / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 75 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.18 Å3/Da / 溶媒含有率: 40 % / 解説: Red Rods
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M potassium chloride, 0.025 sodium cacodylate, 17.5% Tacsimate pH 6.0, and 0.0005 M spermine.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.557 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.557 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.88→32.289 Å / Num. obs: 17170 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 19.9 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.1202 / Net I/σ(I): 14.36
反射 シェル解像度: 1.88→1.947 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 884 / CC1/2: 0.737 / % possible all: 90.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.15rc2_3433: ???)精密化
DIALSデータ削減
DIALSデータスケーリング
SHELXDE位相決定
xia2データスケーリング
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.88→32.289 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 34.26
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2145 830 4.83 %
Rwork0.1872 --
obs0.1885 17170 98.69 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.88→32.289 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数0 576 207 75 858
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012900
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.2871428
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d34.296264
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.052108
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.01540
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8803-1.99810.39051410.41182561X-RAY DIFFRACTION93
1.9981-2.15230.33991540.31432774X-RAY DIFFRACTION100
2.1523-2.36880.35131120.30562754X-RAY DIFFRACTION100
2.3688-2.71150.2771490.24612718X-RAY DIFFRACTION100
2.7115-3.41560.22141280.17632785X-RAY DIFFRACTION100
3.4156-32.29410.14751460.12422748X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8673-0.0107-1.17271.50212.15153.8548-0.38760.37030.18120.24460.08710.0369-0.72580.04880.11150.47040.1018-0.10770.3449-0.03260.3925-9.301711.4391-2.3338
25.2080.35011.40773.36681.41945.8628-0.0007-0.14040.035-0.1085-0.1535-0.1155-0.3611-0.64180.20030.30960.0497-0.04890.3886-0.04540.3428-10.24413.6921-0.2447
34.1631.75334.14481.69790.90254.83830.2925-0.4246-0.75690.2117-0.0840.32860.3051-1.0382-0.19680.30570.069-0.01570.6128-0.06620.4266-17.03950.31571.0612
41.6657-0.29492.78284.7907-0.82216.4524-0.1966-0.50710.32810.00310.30090.0499-0.8191-1.0749-0.0370.42610.1654-0.02890.6655-0.11290.4676-17.57778.2858-1.4727
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 1 through 7)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 7)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'C' and resid 1 through 7)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'D' and resid 1 through 7)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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