PDB-6rng: Dipeptide Gly-Pro binds to a glycolytic enzyme fructose bisphosph...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rng

タイトル

Dipeptide Gly-Pro binds to a glycolytic enzyme fructose bisphosphate aldolase

要素

Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

キーワード

PEPTIDE BINDING PROTEIN / ----

機能・相同性

機能・相同性情報

mitochondria-nucleus signaling pathway / salicylic acid binding / fructose-bisphosphate aldolase / plasmodesma / fructose-bisphosphate aldolase activity / gluconeogenesis / glycolytic process / cellular response to hypoxia / copper ion binding / mRNA binding ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Shahar, A. / Zarivach, R. / Skirycz, A. / Wojciechowska, I.

引用

ジャーナル: Not Published
タイトル: Dipeptide Gly-Pro binds to a glycolytic enzyme fructose bisphosphate aldolase
著者: Wojciechowska, I. / Vogeli, B. / Shahar, A. / Szlachetko, J. / Gorka, M. / Sokolowska, E.M. / Veyel, D. / Silva, D.V. / Erb, T. / Zarivach, R. / Skirycz, A.

履歴

登録	2019年5月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年10月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_abbrev
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rng.cif.gz	509.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rng.ent.gz	421.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rng.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rng_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rng_full_validation.pdf.gz	4.2 MB	表示
XML形式データ	6rng_validation.xml.gz	52.7 KB	表示
CIF形式データ	6rng_validation.cif.gz	74.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/6rng ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rn/6rng	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5ky6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2qdh-d 2qap-d 4d2j-1 3dfn-d 1epx-d 1qo5-3 3mmt-d 2qdg-d 5tlw-d 6v20-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (5) #205 - 2017年1月核膜孔複合体 (Nuclear Pore Complex) 類似性 (1) #235 - 2019年7月 AMPA受容体 (AMPA Receptor) 類似性 (1) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

B: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

F: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

G: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

B: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

A: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
155 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

F: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

F: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

G: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

G: Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
156 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	113.399, 73.164, 176.225
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 106.52, 90.00
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-599- HOH
2	1	F-614- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	F
1	3	A
2	3	G
1	4	B
2	4	F
1	5	B
2	5	G
1	6	F
2	6	G

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	SER	SER	LYS	LYS	A	A	6 - 338	6 - 338
2	1	SER	SER	LYS	LYS	B	B	6 - 338	6 - 338
1	2	PHE	PHE	ASP	ASP	A	A	4 - 340	4 - 340
2	2	PHE	PHE	ASP	ASP	F	C	4 - 340	4 - 340
1	3	SER	SER	LYS	LYS	A	A	6 - 338	6 - 338
2	3	SER	SER	LYS	LYS	G	D	6 - 338	6 - 338
1	4	SER	SER	LYS	LYS	B	B	6 - 338	6 - 338
2	4	SER	SER	LYS	LYS	F	C	6 - 338	6 - 338
1	5	SER	SER	GLY	GLY	B	B	6 - 339	6 - 339
2	5	SER	SER	GLY	GLY	G	D	6 - 339	6 - 339
1	6	SER	SER	LYS	LYS	F	C	6 - 338	6 - 338
2	6	SER	SER	LYS	LYS	G	D	6 - 338	6 - 338

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Fructose-bisphosphate aldolase 6, cytosolic / AtFBA6 / Cytosolic aldolase 2 / cAld2 分子量: 38433.766 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: FBA6, At2g36460 / 発現宿主: Escherichia phage EcSzw-2 (ファージ) / 参照: UniProt: Q9SJQ9, fructose-bisphosphate aldolase
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-GLY / GLYCINE / グリシンタイプ: peptide linking / 分子量: 75.067 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅NO₂
#4: 化合物	ChemComp-PRO / PROLINE / プロリンタイプ: L-peptide linking / 分子量: 115.130 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₅H₉NO₂
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 419 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.27 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.86 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.2 M Lithium Sulfate, 0.1 M Bis-Tris pH 6.4, 30% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID29 / 波長: 1.07227 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.07227 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→46.23 Å / Num. obs: 69691 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 3.6 % / R_pim(I) all: 0.088 / Net I/σ(I): 5
反射シェル	解像度: 2.15→2.23 Å / Num. unique obs: 3615

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0230	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5KY6

5ky6

解像度: 2.15→46.23 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.916 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.866 / SU B: 19.687 / SU ML: 0.245 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.471 / ESU R Free: 0.297 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.29646	3110	5.1 %	RANDOM
R_work	0.24323	-	-	-
obs	0.24596	58283	81.79 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.164 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.24 Å²	0 Å²	-0.15 Å²
2-	-	0.55 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.59 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.15→46.23 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10140	0	65	419	10624

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.014	10409
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	9677
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.477	1.663	14104
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	1.636	22680
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.703	5	1353
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.062	22.77	473
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	18.667	15	1801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.845	15	60
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1395
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	11677
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1779
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.825	1.532	5400
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.817	1.531	5399
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.429	2.287	6742
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.429	2.288	6743
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.769	1.668	5009
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.769	1.668	5009
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	1.259	2.454	7357
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	4.042	18.814	11722
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	4.042	18.82	11723
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	10404	0.11
1	2	B	10404	0.11
2	1	A	10702	0.09
2	2	F	10702	0.09
3	1	A	10394	0.11
3	2	G	10394	0.11
4	1	B	10508	0.1
4	2	F	10508	0.1
5	1	B	10752	0.09
5	2	G	10752	0.09
6	1	F	10498	0.11
6	2	G	10498	0.11

LS精密化シェル

解像度: 2.154→2.21 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.247	15	-
R_work	0.338	350	-
obs	-	-	6.62 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.8208	-0.0582	0.4235	0.86	-0.0116	1.0005	-0.0209	0.1015	0.0195	-0.169	0.0111	-0.1069	0.0579	0.1248	0.0098	0.0592	-0.0031	0.0455	0.0741	0.0069	0.0494	11.6613	10.1897	-17.0269
2	1.1462	0.2672	-0.0206	1.1509	0.0727	0.6466	0.0074	-0.166	0.0384	0.2405	0.0164	-0.0913	-0.0112	0.0498	-0.0238	0.0542	0.011	-0.0192	0.0485	-0.0141	0.0208	4.6788	-22.9931	20.3631
3	1.3869	0.0072	0.3268	1.0728	-0.0328	0.8362	-0.043	-0.192	-0.0421	0.1669	0.0179	0.1467	0.0235	-0.117	0.025	0.0372	0.0074	0.0365	0.0342	0.0081	0.0416	13.5782	19.8867	-67.3258
4	1.2406	0.1214	-0.1797	0.9757	-0.0879	0.5952	-0.0537	0.1467	0.0451	-0.2072	0.0919	0.0825	-0.0287	-0.0393	-0.0382	0.0538	-0.0207	-0.0301	0.0239	0.0097	0.056	20.1798	-13.2955	-104.7967
5	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	0	-0	0.0402	0	0	0.0402	0	0.0402	0	0	0

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	4 - 340
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	6 - 339
3	X-RAY DIFFRACTION	3	F	4 - 340
4	X-RAY DIFFRACTION	4	G	6 - 339

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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