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- PDB-6rjo: Complex structure of virulence factor SghA with its substrate ana... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rjo
タイトルComplex structure of virulence factor SghA with its substrate analog salicin
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / Chemical signaling / Sucrose / Agrobacterium / Host-pathogen interaction / Glucosidase
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / cellulose catabolic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Glycoside hydrolase, family 1, beta-glucosidase / Glycoside hydrolase family 1, active site / Glycosyl hydrolases family 1 active site. / Glycosyl hydrolases family 1, N-terminal conserved site / Glycosyl hydrolases family 1 N-terminal signature. / Glycosyl hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase family 1 / Glycoside hydrolase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside / Beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Agrobacterium tumefaciens A6 (植物への病原性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.804 Å
データ登録者Ye, F.Z. / Wang, C. / Chang, C.Q. / Zhang, L.H. / Gao, Y.G.
資金援助 シンガポール, 中国, 2件
組織認可番号国
National Research Foundation (Singapore)NRF-RF2009-RF001-267 シンガポール
National Basic Research Program of China (973 Program)2015CB150600 中国
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Agrobacteria reprogram virulence gene expression by controlled release of host-conjugated signals.
著者: Wang, C. / Ye, F. / Chang, C. / Liu, X. / Wang, J. / Wang, J. / Yan, X.F. / Fu, Q. / Zhou, J. / Chen, S. / Gao, Y.G. / Zhang, L.H.
履歴
登録2019年4月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月23日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年7月29日Group: Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp / pdbx_audit_support ...chem_comp / pdbx_audit_support / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.type / _pdbx_audit_support.funding_organization
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
B: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,2364
ポリマ－109,6632
非ポリマー5732
水16,466914
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1880 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area31420 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.747, 81.008, 183.749
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase


分子量: 54831.547 Da / 分子数: 2 / 変異: E179S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Agrobacterium tumefaciens A6 (植物への病原性)
遺伝子: sghA / プラスミド: pET14b-SghA-E179S / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2I4PGZ0, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-SA0 / 2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucopyranoside / Salicin / 2-(hydroxymethyl)phenyl beta-D-glucoside / 2-(hydroxymethyl)phenyl D-glucoside / 2-(hydroxymethyl)phenyl glucoside / サリシン


タイプ: D-saccharide / 分子量: 286.278 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C13H18O7
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 914 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.35 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.55 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% (w/v) PEG 3350 and 0.4 M ammonium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 86072 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 3 % / Biso Wilson estimate: 12.1 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.09 / Rsym value: 0.07 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル解像度: 1.8→1.91 Å / 冗長度: 2.9 % / Num. unique obs: 4431 / Rpim(I) all: 0.5 / Rrim(I) all: 0.9 / Rsym value: 0.6 / % possible all: 96.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8_1069精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6SJK

6sjk


解像度: 1.804→48.856 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2 / 位相誤差: 21.83
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2095 7649 5.03 %
Rwork0.1731 --
obs0.1749 152164 89.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.804→48.856 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7133 0 40 914 8087
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0077395
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.08410059
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.8992651
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0741020
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0051313
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8039-1.82440.34452400.29664539X-RAY DIFFRACTION85
1.8244-1.84590.35442590.28544828X-RAY DIFFRACTION89
1.8459-1.86840.29232480.27374683X-RAY DIFFRACTION88
1.8684-1.89210.29812530.26614706X-RAY DIFFRACTION87
1.8921-1.9170.2632470.26084633X-RAY DIFFRACTION87
1.917-1.94320.27872480.25524726X-RAY DIFFRACTION88
1.9432-1.9710.25752530.23774773X-RAY DIFFRACTION90
1.971-2.00040.2752640.24244848X-RAY DIFFRACTION90
2.0004-2.03170.32842550.24094839X-RAY DIFFRACTION90
2.0317-2.0650.2592550.2274880X-RAY DIFFRACTION91
2.065-2.10060.28222530.21634763X-RAY DIFFRACTION90
2.1006-2.13880.24532570.20064873X-RAY DIFFRACTION90
2.1388-2.17990.24952490.19864834X-RAY DIFFRACTION90
2.1799-2.22440.25832480.20024817X-RAY DIFFRACTION90
2.2244-2.27280.24932510.19394770X-RAY DIFFRACTION89
2.2728-2.32570.2532530.18374758X-RAY DIFFRACTION88
2.3257-2.38380.21962650.17984884X-RAY DIFFRACTION91
2.3838-2.44830.22022550.17314974X-RAY DIFFRACTION92
2.4483-2.52030.23012600.16974866X-RAY DIFFRACTION92
2.5203-2.60160.21142520.16754927X-RAY DIFFRACTION92
2.6016-2.69460.21652550.16744946X-RAY DIFFRACTION92
2.6946-2.80250.21672620.1674918X-RAY DIFFRACTION92
2.8025-2.930.2242670.16874844X-RAY DIFFRACTION90
2.93-3.08450.18522510.16874852X-RAY DIFFRACTION90
3.0845-3.27770.20542680.16314898X-RAY DIFFRACTION92
3.2777-3.53070.19752640.15524919X-RAY DIFFRACTION91
3.5307-3.88590.15692470.13954840X-RAY DIFFRACTION91
3.8859-4.44790.16042480.12244742X-RAY DIFFRACTION88
4.4479-5.60250.14172630.12714848X-RAY DIFFRACTION91
5.6025-48.87440.14322590.13924787X-RAY DIFFRACTION89

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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