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- PDB-6riv: Crystal structure of Alopecurus myosuroides GSTF -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6riv
タイトルCrystal structure of Alopecurus myosuroides GSTF
要素Glutathione transferase
キーワードTRANSFERASE / Glutathione / detoxification / xenobiotics
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione binding / glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process / response to toxic substance / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferases Phi, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Thioredoxin-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
S-Hydroxy-Glutathione / SUCCINIC ACID / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Alopecurus myosuroides (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.33 Å
データ登録者Papageorgiou, A.C. / Poudel, N.
引用ジャーナル: Plant Physiol Biochem. / 年: 2020
タイトル: Comparative structural and functional analysis of phi class glutathione transferases involved in multiple-herbicide resistance of grass weeds and crops.
著者: Georgakis, N. / Poudel, N. / Papageorgiou, A.C. / Labrou, N.E.
履歴
登録2019年4月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / refine / refine_hist / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine.pdbx_diffrn_id / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_conn_type.id
改定 1.22024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Glutathione transferase
A: Glutathione transferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,09913
ポリマ－51,9862
非ポリマー1,11311
水7,891438
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4440 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area18920 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.289, 50.708, 51.603
Angle α, β, γ (deg.)97.740, 110.240, 110.960
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 BA

#1: タンパク質 Glutathione transferase


分子量: 25992.832 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Cys122 was found oxidised and modelled as CSO / 由来: (組換発現) Alopecurus myosuroides (植物) / 遺伝子: GST2c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9ZS17, glutathione transferase

-
非ポリマー , 5種, 449分子

#2: 化合物 ChemComp-GS8 / S-Hydroxy-Glutathione


分子量: 323.323 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O7S
#3: 化合物 ChemComp-SIN / SUCCINIC ACID / コハク酸


分子量: 118.088 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H6O4
#4: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 438 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.73 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1M SPG, pH 5; 25% w/v PEG 1500

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.33→46.2 Å / Num. obs: 93011 / % possible obs: 94.9 % / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 12.9 Å2 / CC1/2: 1 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル解像度: 1.33→1.35 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.7 / Num. unique obs: 1536 / CC1/2: 0.7 / Rrim(I) all: 0.693 / % possible all: 32

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MrBUMP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1AW9

1aw9


解像度: 1.33→46.2 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.972 / SU B: 1.707 / SU ML: 0.031 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.05 / ESU R Free: 0.048 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1634 4463 4.8 %RANDOM
Rwork0.1309 ---
obs0.1325 88547 94.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 133.67 Å2 / Biso mean: 21.201 Å2 / Biso min: 10.37 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.07 Å20.23 Å20.19 Å2
2---0.53 Å20.35 Å2
3---0 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.33→46.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3486 0 70 438 3994
Biso mean--25.07 33.54 -
残基数----434
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0193663
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023375
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5411.974982
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0973.0037839
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4715440
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.17123.827162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.60215591
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.1321518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.2546
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0214014
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02748
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr3.29337038
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free24.7085287
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded9.69457096
LS精密化 シェル解像度: 1.33→1.365 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.269 161 -
Rwork0.236 3170 -
all-3331 -
obs--45.82 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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