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- PDB-4q5n: Crystal structure of the gluthatione S-transferase Blo t 8 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 4q5n
タイトルCrystal structure of the gluthatione S-transferase Blo t 8
要素Gluthatione S-transferase Blo t 8 isoform
キーワードTRANSFERASE
機能・相同性
機能・相同性情報


glutathione transferase / glutathione transferase activity / glutathione metabolic process
類似検索 - 分子機能
Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. ...Glutathione S-transferase, C-terminal domain / : / Glutathione S-transferase, N-terminal domain / Glutathione transferase family / Glutathione S-transferase, C-terminal / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 - #10 / Glutathione S-transferase Yfyf (Class Pi); Chain A, domain 2 / Glutathione S-transferase, C-terminal-like / Soluble glutathione S-transferase C-terminal domain profile. / Soluble glutathione S-transferase N-terminal domain profile. / Glutathione S-transferase, N-terminal / Glutathione S-transferase, C-terminal domain superfamily / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / Up-down Bundle / 3-Layer(aba) Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
GLUTATHIONE / glutathione transferase
類似検索 - 構成要素
生物種Blomia tropicalis (ダニ)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.55 Å
データ登録者Pedersen, L.C. / Mueller, G.A.
引用ジャーナル: To be Published
タイトル: Crystal structure of the gluthatione S-transferase Blo t 8
著者: Pedersen, L.C. / Mueller, G.A.
履歴
登録2014年4月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02015年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年2月28日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_site
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_asym_id / _struct_site.pdbx_auth_comp_id / _struct_site.pdbx_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Gluthatione S-transferase Blo t 8 isoform
B: Gluthatione S-transferase Blo t 8 isoform
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4626
ポリマ－55,2332
非ポリマー1,2294
水2,702150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4710 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area18430 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)50.550, 80.272, 126.189
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Gluthatione S-transferase Blo t 8 isoform


分子量: 27616.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Blomia tropicalis (ダニ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C8CGT7
#2: 化合物
ChemComp-GSH / GLUTATHIONE / グルタチオン


分子量: 307.323 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N3O6S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.93 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7
詳細: Bis-Tris Propane pH 7.0, Ammonium citrate,Yttrium chloride, glutathione, VAPOR DIFFUSION, SITTING DROP, temperature 293K

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2014年1月3日 / 詳細: VariMaxHF
放射モノクロメーター: VariMax mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.55→50 Å / Num. all: 17116 / Num. obs: 17116 / % possible obs: 98.2 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.8 % / Biso Wilson estimate: 29.34 Å2 / Rsym value: 0.114 / Net I/σ(I): 7.5
反射 シェル解像度: 2.55→2.59 Å / 冗長度: 3.8 % / Num. unique all: 740 / Rsym value: 0.392 / % possible all: 84.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
StructureStudioデータ収集
MLPHARE位相決定
PHENIX(phenix.refine: 1.8.2_1309)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.55→31.547 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 28.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2831 845 4.97 %random
Rwork0.2239 ---
all0.23 17075 --
obs0.2269 16996 97.75 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.55→31.547 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3560 0 50 150 3760
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043710
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7345010
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.591351
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042534
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003639
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.5497-2.70940.33441250.27462469X-RAY DIFFRACTION91
2.7094-2.91840.30991410.26122676X-RAY DIFFRACTION99
2.9184-3.21180.32241410.24562700X-RAY DIFFRACTION99
3.2118-3.6760.28511440.22982704X-RAY DIFFRACTION99
3.676-4.6290.26531430.19652719X-RAY DIFFRACTION99
4.629-31.54960.24971510.20372883X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.19030.0727-0.82871.2531-0.44491.68250.0894-0.11120.10420.15380.1059-0.13760.01460.1576-0.16590.16860.0241-0.01970.14390.00710.205725.349335.450973.6211
21.6484-0.3006-0.00431.960.02130.4102-0.0261-0.1726-0.03650.07070.07220.1153-0.0018-0.003-0.04170.16360.0117-0.00330.18510.01590.16933.846339.865971.8725
31.49820.9439-0.58214.0082-0.95471.63850.1769-0.3312-0.10350.52920.0764-0.1205-0.05420.3872-0.22850.21260.0145-0.03480.3238-0.00190.167814.813640.817883.8954
41.885-0.33310.06470.4507-0.0111.31720.02540.1880.1051-0.1252-0.04170.085-0.0578-0.02150.020.1739-0.0158-0.00860.12470.01080.17655.134835.730751.0431
51.6538-0.4285-0.2222.33860.23480.678-0.1233-0.23430.1953-0.18630.1753-0.0109-0.0269-0.0154-0.06660.17030.0089-0.02340.17920.00560.128219.433654.491455.1562
61.8235-0.94730.12781.2257-1.15731.79210.21030.1506-0.3308-0.214-0.2898-0.49280.3173-0.03990.06570.18730.00720.01510.211-0.04930.34130.443333.143951.8806
70.8180.9080.36711.09960.16130.8836-0.20780.4041-0.1539-0.15350.1333-0.3482-0.04360.14650.06140.20750.00450.0210.1283-0.01280.257123.228840.633745.8901
82.0075-2.139-0.41414.99830.96080.34230.16370.6073-0.0214-0.6067-0.35360.3197-0.0505-0.1138-0.01510.3035-0.1085-0.00160.2650.05680.151112.272643.418139.7267
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 89 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 90 through 203 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 204 through 232 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 4 through 109 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 110 through 143 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 144 through 163 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 164 through 203 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 204 through 231 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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