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万見
- PDB-6rio: Imidazole Polyamide-DNA complex NMR structure (5'-CGATGTACATCG-3') -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rio
タイトルImidazole Polyamide-DNA complex NMR structure (5'-CGATGTACATCG-3')
要素DNA (5'-(*(DC5)P*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*(DG3))-3')
キーワードDNA / Polyamide / Minor groove binder
機能・相同性Chem-K4Z / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法溶液NMR / molecular dynamics / matrix relaxation
データ登録者Padroni, G. / Withers, J.M. / Taladriz-Sender, A. / Reichenbach, L.F. / Parkinson, J.A. / Burley, G.A.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Science and Technology Funding CouncilST/M000125/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilBB/R006857/1 英国
Leverhulme TrustRPG-2018-149 英国
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2019
タイトル: Sequence-Selective Minor Groove Recognition of a DNA Duplex Containing Synthetic Genetic Components.
著者: Padroni, G. / Withers, J.M. / Taladriz-Sender, A. / Reichenbach, L.F. / Parkinson, J.A. / Burley, G.A.
履歴
登録2019年4月24日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年6月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月10日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / pdbx_database_proc / pdbx_seq_map_depositor_info
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 1.22020年3月4日Group: Data collection / Source and taxonomy
カテゴリ: chem_comp / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _chem_comp.type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id ..._chem_comp.type / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-(*(DC5)P*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*(DG3))-3')
B: DNA (5'-(*(DC5)P*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*(DG3))-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)8,4043
ポリマ－7,1652
非ポリマー1,2391
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: NMR
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area2500 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area4380 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 2000structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1closest to the average

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-(*(DC5)P*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*(DG3))-3')


分子量: 3582.424 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-K4Z / 3-[3-[[4-[[4-[[4-[[4-[[(2~{R})-2-azaniumyl-4-[[1-methyl-4-[[1-methyl-4-[[1-methyl-4-[(1-methylimidazol-2-yl)carbonylamino]pyrrol-2-yl]carbonylamino]pyrrol-2-yl]carbonylamino]pyrrol-2-yl]carbonylamino]butanoyl]amino]-1-methyl-imidazol-2-yl]carbonylamino]-1-methyl-pyrrol-2-yl]carbonylamino]-1-methyl-pyrrol-2-yl]carbonylamino]-1-methyl-pyrrol-2-yl]carbonylamino]propanoylamino]propyl-dimethyl-azanium


分子量: 1239.350 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C58H74N22O10 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112isotropic12D 1H-13C HSQC
122isotropic12D 1H-1H TOCSY
132isotropic12D DQF-COSY
142isotropic12D 1H-1H NOESY
152isotropic12D 1H-31P COSY
162isotropic11D 31P
171isotropic12D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容Label溶媒系
solution11.3 mM DNA (5'-(*(DC5)P*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*(DG3))-3'), 1.3 mM Polyamide, 100 mM sodium phosphate, 90% H2O/10% D2OH2O90% H2O/10% D2O
solution21.3 mM DNA (5'-(*(DC5)P*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*(DG3))-3'), 1.3 mM Polyamide, 100 mM sodium phosphate, 100% D2OD2O100% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1.3 mMDNA (5'-(*(DC5)P*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*(DG3))-3')natural abundance1
1.3 mMPolyamidenatural abundance1
100 mMsodium phosphatenatural abundance1
1.3 mMDNA (5'-(*(DC5)P*GP*AP*TP*GP*TP*AP*CP*AP*TP*CP*(DG3))-3')natural abundance2
1.3 mMPolyamidenatural abundance2
100 mMsodium phosphatenatural abundance2
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: Conditions 1 / pH: 7.45 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE / 磁場強度: 600 MHz

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
MARDIGRASN. Ulyanovstructure calculation
TopSpinBruker Biospincollection
精密化
手法ソフトェア番号
molecular dynamics1
matrix relaxation2
代表構造選択基準: closest to the average
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 2000 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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