PDB-6rhq: Crystal Structure of Two-Domain Laccase mutant I170A from Strepto...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rhq

タイトル

Crystal Structure of Two-Domain Laccase mutant I170A from Streptomyces griseoflavus

要素

Two-domain laccase

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Two-Domain Laccase / laccase / Streptomyces griseoflavus

機能・相同性

機能・相同性情報

hydroquinone:oxygen oxidoreductase activity / laccase / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Streptomyces griseoflavus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.98 Å

データ登録者

Gabdulkhakov, A.G. / Tishchenko, T.V. / Kolyadenko, I.A.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Investigations of Accessibility of T2/T3 Copper Center of Two-Domain Laccase fromStreptomyces griseoflavusAc-993.
著者: Gabdulkhakov, A. / Kolyadenko, I. / Kostareva, O. / Mikhaylina, A. / Oliveira, P. / Tamagnini, P. / Lisov, A. / Tishchenko, S.

履歴

登録	2019年4月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年7月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rhq.cif.gz	337.5 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rhq.ent.gz	271.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6rhq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6rhq_validation.pdf.gz	482.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6rhq_full_validation.pdf.gz	487.8 KB	表示
XML形式データ	6rhq_validation.xml.gz	61 KB	表示
CIF形式データ	6rhq_validation.cif.gz	86.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/6rhq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rh/6rhq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5mkmC 6fc7C 6fdjC 6rh9C 6s0oC 5o4qS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6s0o-2 5o4q-4 5mkm-2 6zip-4 6zip-2 5o3k-3 5lhl-1 6zij-1 4n8u-d 6zij-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (2) #111 - 2009年3月ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Two-domain laccase

B: Two-domain laccase

C: Two-domain laccase

D: Two-domain laccase

E: Two-domain laccase

F: Two-domain laccase

ヘテロ分子

210 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Two-domain laccase

B: Two-domain laccase

C: Two-domain laccase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
105 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

D: Two-domain laccase

E: Two-domain laccase

F: Two-domain laccase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
105 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	74.790, 94.690, 116.490
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.87, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Two-domain laccase 分子量: 34709.559 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Streptomyces griseoflavus (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0M4FJ81, laccase
#2: 化合物	... ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 24 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 589 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.98 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.89 %
結晶化	温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9 / 詳細: 25% Smear medium PEG, 0.1 M Bicine

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.00318 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.00318 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.98→50 Å / Num. obs: 112783 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.72 % / R_rim(I) all: 0.135 / Net I/σ(I): 10.13
反射シェル	解像度: 1.98→2.03 Å / Num. unique obs: 8272 / CC_1/2: 0.73 / R_rim(I) all: 0.952

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3260: ???)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5O4Q

5o4q

解像度: 1.98→49.607 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.31 / 位相誤差: 22.87

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2148	5674	5.03 %
R_work	0.174	-	-
obs	0.1761	112768	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.98→49.607 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12793	0	46	589	13428

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	13229
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.854	17976
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.653	9439
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.062	1833
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2407

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.98-2.0025	0.2957	173	0.2436	3514	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0025-2.0261	0.3067	187	0.2443	3571	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0261-2.0508	0.2724	181	0.229	3567	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0508-2.0767	0.284	219	0.2239	3543	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0767-2.1041	0.2807	168	0.2139	3544	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1041-2.1329	0.2632	193	0.2073	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1329-2.1634	0.2619	212	0.2051	3510	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1634-2.1957	0.2697	185	0.2036	3620	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1957-2.23	0.2821	183	0.2	3503	X-RAY DIFFRACTION	100
2.23-2.2665	0.2507	193	0.1973	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2665-2.3056	0.2506	204	0.1878	3534	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3056-2.3475	0.2493	191	0.1886	3548	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3475-2.3927	0.2423	185	0.1817	3581	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3927-2.4415	0.2386	153	0.1926	3596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4415-2.4946	0.2429	184	0.1947	3598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4946-2.5526	0.2568	223	0.1852	3496	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5526-2.6165	0.2135	202	0.1812	3560	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6165-2.6872	0.2369	178	0.1845	3589	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6872-2.7663	0.2557	211	0.1926	3561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7663-2.8555	0.2587	195	0.1857	3554	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8555-2.9576	0.2147	156	0.1852	3585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9576-3.076	0.2288	168	0.1787	3584	X-RAY DIFFRACTION	100
3.076-3.216	0.2127	175	0.1845	3568	X-RAY DIFFRACTION	100
3.216-3.3855	0.2125	214	0.1793	3577	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3855-3.5975	0.2028	195	0.1671	3553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5975-3.8752	0.1841	185	0.1586	3590	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8752-4.265	0.1707	186	0.1391	3599	X-RAY DIFFRACTION	100
4.265-4.8817	0.1474	181	0.1263	3595	X-RAY DIFFRACTION	100
4.8817-6.1486	0.1668	180	0.1437	3623	X-RAY DIFFRACTION	100
6.1486-49.6223	0.2016	214	0.1744	3665	X-RAY DIFFRACTION	100

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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