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万見
- PDB-6rhg: Structure of Chloroflexus aggregans Cagg_3753 LOV domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rhg
タイトルStructure of Chloroflexus aggregans Cagg_3753 LOV domain
要素Multi-sensor hybrid histidine kinase
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / LOV / FMN / photoreceptor / flavoprotein
機能・相同性
機能・相同性情報


histidine kinase / phosphorelay sensor kinase activity / nucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal ...PAS fold-4 / PAS fold / Hpt domain / Histidine-containing phosphotransfer (HPt) domain profile. / Signal transduction histidine kinase, phosphotransfer (Hpt) domain / PAS fold-3 / HPT domain superfamily / PAS fold / PAS domain / PAS-associated, C-terminal / PAC domain profile. / His Kinase A (phospho-acceptor) domain / His Kinase A (phosphoacceptor) domain / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain / PAC motif / Motif C-terminal to PAS motifs (likely to contribute to PAS structural domain) / Signal transduction histidine kinase-related protein, C-terminal / Signal transduction histidine kinase, dimerisation/phosphoacceptor domain superfamily / PAS domain / Histidine kinase domain / Histidine kinase domain profile. / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily / Beta-Lactamase / PAS domain / PAS repeat profile. / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / PAS domain / PAS domain superfamily / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN MONONUCLEOTIDE / Circadian input-output histidine kinase CikA
類似検索 - 構成要素
生物種Chloroflexus aggregans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.22 Å
データ登録者Nazarenko, V.V. / Remeeva, A. / Yudenko, A. / Kovalev, K. / Gordeliy, V. / Gushchin, I.
資金援助 ロシア, 1件
組織認可番号国
Russian Foundation for Basic Research18-34-00742 ロシア
引用ジャーナル: Photochem. Photobiol. Sci. / 年: 2019
タイトル: A thermostable flavin-based fluorescent protein from Chloroflexus aggregans: a framework for ultra-high resolution structural studies.
著者: Nazarenko, V.V. / Remeeva, A. / Yudenko, A. / Kovalev, K. / Dubenko, A. / Goncharov, I.M. / Kuzmichev, P. / Rogachev, A.V. / Buslaev, P. / Borshchevskiy, V. / Mishin, A. / Dhoke, G.V. / ...著者: Nazarenko, V.V. / Remeeva, A. / Yudenko, A. / Kovalev, K. / Dubenko, A. / Goncharov, I.M. / Kuzmichev, P. / Rogachev, A.V. / Buslaev, P. / Borshchevskiy, V. / Mishin, A. / Dhoke, G.V. / Schwaneberg, U. / Davari, M.D. / Jaeger, K.E. / Krauss, U. / Gordeliy, V. / Gushchin, I.
履歴
登録2019年4月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月5日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22019年7月17日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年1月24日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Multi-sensor hybrid histidine kinase
B: Multi-sensor hybrid histidine kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,0557
ポリマ－24,8662
非ポリマー1,1895
水4,720262
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: homology
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3780 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area9900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.790, 110.226, 39.144
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-421-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Multi-sensor hybrid histidine kinase


分子量: 12432.947 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chloroflexus aggregans (strain MD-66 / DSM 9485) (バクテリア)
株: MD-66 / DSM 9485 / 遺伝子: Cagg_3753 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B8GAY9
#2: 化合物 ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE / FMN


分子量: 456.344 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H21N4O9P
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 262 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.29 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.09 M sodium nitrate, 0.09 M sodium phosphate dibasic, 0.09 M ammonium sulfate, 0.1 M imidazole and MES monohydrate (acid) buffer with pH 6.5, 20% PEG 500 MME and 10% PEG 20000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.22→48.34 Å / Num. obs: 68182 / % possible obs: 97.4 % / 冗長度: 6.4 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.102 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 437195
反射 シェル解像度: 1.22→1.24 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 1.419 / Num. unique obs: 3250 / CC1/2: 0.541 / Rpim(I) all: 0.59 / Rrim(I) all: 1.539 / % possible all: 95.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.3.11データスケーリング
REFMAC5.8.0073精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6RHF

6rhf


解像度: 1.22→48.34 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.978 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 1.536 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.037 / ESU R Free: 0.039
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1746 3341 4.9 %RANDOM
Rwork0.1397 ---
obs0.1414 64766 97.1 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 107.08 Å2 / Biso mean: 19.556 Å2 / Biso min: 10.48 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.29 Å20 Å20 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3----0.32 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.22→48.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1600 0 86 268 1954
Biso mean--16.41 37.69 -
残基数----210
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0210.021878
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021763
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0891.9912600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.45134051
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7255257
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.57324.1392
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg10.40815281
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.5271519
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1350.2297
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0140.0212209
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0070.02442
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr8.03633641
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free37.013565
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded12.08153792
LS精密化 シェル解像度: 1.22→1.252 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.247 211 -
Rwork0.255 4670 -
all-4881 -
obs--95.26 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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