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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6rgm | ||||||
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タイトル | urate oxidase under 130 bar of krypton | ||||||
要素 | Uricase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / aspergillus flavus / homotetramer / purine metabolism / krypton / high pressure | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 purine nucleobase catabolic process / factor-independent urate hydroxylase / urate oxidase activity / urate catabolic process / peroxisome 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Aspergillus flavus (カビ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.5 Å | ||||||
データ登録者 | Prange, T. / Colloc'h, N. / Carpentier, P. | ||||||
引用 | ジャーナル: Acta Cryst. D / 年: 2022 タイトル: Comparative study of the effects of high hydrostatic pressure per se and high argon pressure on urate oxidase ligand stabilization 著者: Prange, T. / Carpentier, P. / Dhaussy, A.C. / Girard, E. / Colloc'h, N. #1: ジャーナル: Current trends in X-ray crystallography / 年: 2011 タイトル: Current trends in X-ray Crystallography. Intech Open books 著者: Colloc'h, N. / Marassio, G. / Prange, T. #2: ジャーナル: Journal of Applied Crystallography / 年: 2016 タイトル: Gas-sensitive biological crystals processed in pressurized oxygen and krypton atmospheres: deciphering gas channels in proteins using a novel soak-and-freeze methodology 著者: Lafumat, B. / Mueller-Dieckmann, C. / Leonard, G. / Colloc'h, N. / Prange, T. / Giraud, T. / Dobias, F. / Royant, A. / van der Linden, P. / Carpentier, P. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6rgm.cif.gz | 92.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6rgm.ent.gz | 67.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6rgm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rgm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rg/6rgm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6i9xC 6i9zC 6ia1C 6ia3C 6ia9C 6ic1SC 7p0cC 7p0dC 7p0gC 7pufC 7pwnC 7q09C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 34183.590 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: The last five residues not observed / 由来: (組換発現) Aspergillus flavus (カビ) / 遺伝子: uaZ, uox / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) 参照: UniProt: Q00511, factor-independent urate hydroxylase |
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-非ポリマー , 6種, 522分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-AZA / | #5: 化合物 | #6: 化合物 | ChemComp-NA / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.5 % / 解説: Diamond shape crystals |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: batch mode / pH: 8 詳細: 20 microliters of protein+azaxanthin, pH 8 TRIS 0.05M mixed with 20 microliters TRIS 0.05M + 10 % (v:v) PEG 8000. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.861 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.861 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.5→70.14 Å / Num. obs: 62225 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 15.8 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rpim(I) all: 0.017 / Net I/σ(I): 21.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.5→1.58 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.58 / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / Num. unique obs: 8901 / Rpim(I) all: 0.21 / % possible all: 98.4 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 6IC1 解像度: 1.5→70.14 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.98 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.973 / SU B: 1.113 / SU ML: 0.04 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.055 / ESU R Free: 0.059 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 22.257 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.5→70.14 Å
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拘束条件 |
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