PDB-6rfg: Structure of the Vaccinia core protein E11

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6rfg

タイトル

Structure of the Vaccinia core protein E11

要素

15 kDa core protein

キーワード

VIRAL PROTEIN (ウイルスタンパク質) / E11 / E11L /

Vaccinia (ワクシニアウイルス) /

core protein (カプシド) /

RNA Polymerase complex (RNAポリメラーゼ)

機能・相同性

Virion core protein, vaccinia E11L type / Chordopoxvirus E11 protein /

virion component => GO:0044423 / 15 kDa core protein

機能・相同性情報

生物種

Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 1.897 Å

データ登録者

Grimm, C. / Fischer, U.

資金援助

ドイツ, 2件

引用

ジャーナル: Cell / 年: 2019
タイトル: Structural Basis of Poxvirus Transcription: Vaccinia RNA Polymerase Complexes.
著者: Clemens Grimm / Hauke S Hillen / Kristina Bedenk / Julia Bartuli / Simon Neyer / Qian Zhang / Alexander Hüttenhofer / Matthias Erlacher / Christian Dienemann / Andreas Schlosser / Henning ...
要旨: Poxviruses encode a multisubunit DNA-dependent RNA polymerase (vRNAP) that carries out viral gene expression in the host cytoplasm. We report cryo-EM structures of core and complete vRNAP enzymes ...

履歴

登録	2019年4月15日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年12月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月25日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年5月15日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6rfg.cif.gz	323.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6rfg.ent.gz	271.4 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/6rfg ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/rf/6rfg	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4868C 6rflC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6sub-d 1n6a-d 1jsa-d 2f93-d 2af2-d 4yge-1 3a78-d 4o7m-3 3a2i-d 3f0w-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: 15 kDa core protein

B: 15 kDa core protein

C: 15 kDa core protein

D: 15 kDa core protein

68.3 kDa, 4 ポリマー
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1

A: 15 kDa core protein

D: 15 kDa core protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
34.2 kDa, 2 ポリマー
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2

B: 15 kDa core protein

C: 15 kDa core protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
34.2 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	75.560, 59.780, 138.430
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	15 kDa core protein / Putative virion core protein / VACV-DUKE-075 / VACV063 / Virion core protein / Virion core protein E11L 分子量: 17078.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Vaccinia virus (ワクチニアウイルス) 遺伝子: E11L, VACV_BRZ_SERRO2_065, 51.1rMVA_076, List063, LIVPclone14_074, m8081L, mO081L, VAC_DPP10_078, VAC_DPP11_078, VAC_DPP12_078, VAC_DPP13_078, VAC_DPP15_078, VAC_DPP16_078, VAC_DPP17_078, ...遺伝子: E11L, VACV_BRZ_SERRO2_065, 51.1rMVA_076, List063, LIVPclone14_074, m8081L, mO081L, VAC_DPP10_078, VAC_DPP11_078, VAC_DPP12_078, VAC_DPP13_078, VAC_DPP15_078, VAC_DPP16_078, VAC_DPP17_078, VAC_DPP19_078, VAC_DPP20_078, VAC_DPP21_078, VAC_DPP25_078, VAC_DPP9_078, VAC_IHDW1_068, VAC_TKT3_056, VAC_TKT4_056, VAC_TP3_071, VAC_TP5_071, VACAC2_078, VACCL3_078, VACV-DUKE-075, VACV_063, VACV_CTGV_CM01_066, VACV_IOC_B141_092, VACV_IOC_B388_092, VACV_TT10_083, VACV_TT11_083, VACV_TT12_083, VACV_TT8_083, VACV_TT9_083 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49PR7
#2: 水	ChemComp-HOH / water / 水分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

15 kDa core protein / Putative virion core protein / VACV-DUKE-075 / VACV063 / Virion core protein / Virion core protein E11L

分子量: 17078.436 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Vaccinia virus (ワクチニアウイルス)
遺伝子: E11L, VACV_BRZ_SERRO2_065, 51.1rMVA_076, List063, LIVPclone14_074, m8081L, mO081L, VAC_DPP10_078, VAC_DPP11_078, VAC_DPP12_078, VAC_DPP13_078, VAC_DPP15_078, VAC_DPP16_078, VAC_DPP17_078, ...
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q49PR7

#2: 水

ChemComp-HOH / water /

水

分子量: 18.015 Da / 分子数: 333 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.25 %
結晶化	温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 30% PEG4000 150 mM NaCl 5mM DTT

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 1.0072 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月28日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.0072 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.897→40 Å / Num. obs: 48724 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 6.4 % / Net I/σ(I): 11.1
反射シェル	解像度: 1.897→2 Å / 冗長度: 6.1 % / Num. unique obs: 4328 / CC_1/2: 0.349 / % possible all: 87.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.14_3247: ???)	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.897→39.381 Å / SU ML: 0.23 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.64

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2288	1935	3.97 %
R_work	0.2064	-	-
obs	0.2073	48721	96.61 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.897→39.381 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4220	0	0	333	4553

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	4345
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.632	5895
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.16	2591
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	687
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	749

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8973-1.9447	0.3672	90	0.3453	2933	X-RAY DIFFRACTION	85
1.9447-1.9973	0.3293	182	0.313	3100	X-RAY DIFFRACTION	92
1.9973-2.0561	0.3145	94	0.286	3271	X-RAY DIFFRACTION	94
2.0561-2.1225	0.3487	185	0.2868	3178	X-RAY DIFFRACTION	95
2.1225-2.1983	0.2969	96	0.2787	3337	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1983-2.2863	0.264	99	0.2566	3373	X-RAY DIFFRACTION	97
2.2863-2.3904	0.2681	197	0.2547	3289	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3904-2.5164	0.2498	98	0.2422	3400	X-RAY DIFFRACTION	98
2.5164-2.674	0.2492	196	0.2383	3321	X-RAY DIFFRACTION	98
2.674-2.8804	0.262	98	0.1979	3450	X-RAY DIFFRACTION	99
2.8804-3.1701	0.1985	200	0.1737	3403	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1701-3.6286	0.1682	100	0.1643	3524	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6286-4.5706	0.2071	100	0.1571	3586	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5706-39.3892	0.1823	200	0.1858	3621	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.3338	1.2043	1.5337	4.2209	-1.6262	2.3914	-0.0388	-0.8979	-0.3731	0.9443	-0.2857	-0.4013	0.1397	0.2762	0.3821	0.4256	0.056	-0.0305	0.3526	0.0561	0.2425	-20.1643	-1.0838	33.1045
2	3.7903	-1.5991	0.3765	5.6556	-0.1568	1.5443	-0.2795	-0.4663	-0.3682	0.5712	0.3883	0.255	0.3343	-0.1931	-0.1018	0.2953	-0.0265	0.0574	0.2402	0.067	0.2107	-29.2809	-2.9954	27.1861
3	7.2029	1.9935	2.055	4.3009	3.4677	3.8089	-0.2166	-0.1425	-0.0726	-0.0204	-0.1155	0.0942	0.3468	0.1639	0.3697	0.3015	-0.0045	0.0366	0.1251	0.0683	0.2243	-20.5028	-3.3055	23.2945
4	5.9388	2.3954	-0.6506	7.6348	-1.9907	2.8381	-0.0254	-0.1729	-0.3829	-0.0811	-0.0219	-0.6295	0.2501	0.2007	0.0179	0.1816	0.0319	0.0029	0.1592	0.0414	0.2129	-15.9275	-3.6576	22.989
5	2.4246	-1.3634	-1.0594	3.199	0.8647	2.5613	0.0642	0.0882	0.0288	-0.1542	-0.0565	0.1981	0.1946	-0.198	-0.0127	0.1759	-0.0428	-0.0227	0.156	0.0294	0.1576	-29.7393	2.6756	17.5725
6	4.5779	-1.859	5.5943	2.7605	-0.3541	9.7356	-0.3414	-0.7513	0.8289	-0.1315	-0.1892	-1.1353	-1.2117	1.4352	0.3124	0.344	-0.0709	-0.0192	0.5686	0.0794	0.5412	-9.3664	8.6477	18.9042
7	6.9079	1.4156	0.0693	6.7135	0.0383	4.7897	-0.1877	0.3569	0.4444	-0.5456	0.0894	0.1209	-0.2397	0.0972	0.0977	0.2577	0.0011	0.0109	0.1294	0.0624	0.1835	-18.0123	-25.2597	25.3921
8	5.9653	0.4255	0.9595	6.2094	-0.0769	5.5641	-0.2408	1.6255	-0.2913	-1.1437	0.3894	0.5074	-0.2203	-0.0444	-0.1567	0.4205	-0.069	-0.0635	0.4604	-0.035	0.2229	-24.2063	-35.434	18.283
9	8.8272	5.2785	-4.862	3.4242	-2.9207	6.1178	-0.1173	0.1192	-0.6729	-0.2006	0.1932	-0.3507	0.2649	0.5992	0.0295	0.1952	0.0011	0.0557	0.2319	-0.0566	0.2557	-12.5766	-40.674	29.0003
10	5.8937	-2.3404	2.7799	2.1603	-1.4583	7.268	-0.169	0.0406	0.0058	0.184	0.1252	0.4192	-0.2461	-0.1497	-0.0286	0.1952	-0.0111	-0.0115	0.1356	-0.0283	0.257	-24.3408	-35.3413	31.0051
11	9.2646	-3.7509	-2.0918	6.2613	1.7985	5.2623	-0.0276	0.3173	0.2102	-0.1742	-0.1492	0.2348	-0.163	-0.4518	0.1506	0.1558	-0.0169	-0.0317	0.1785	-0.0385	0.3469	-28.595	-37.3549	28.3614
12	6.4858	-2.5868	-2.0451	2.2948	0.059	2.9638	0.5443	0.1199	-0.0471	0.1479	-0.3692	1.2854	-0.265	-0.597	-0.1258	0.2117	0.005	0.0376	0.3418	-0.0144	0.4676	-32.1445	-28.8768	34.9585
13	5.5349	-4.6623	-1.3435	8.4732	2.0528	3.9064	0.462	1.2262	0.67	-1.0455	-0.6168	-0.3368	-0.2459	-0.0451	0.0977	0.4646	-0.0053	0.0564	0.3438	0.1668	0.3094	-14.0276	-19.6333	22.8721
14	7.9102	1.6489	-1.5273	5.9121	0.0056	6.6899	0.0771	0.1448	-0.249	-0.2193	-0.0659	-0.0742	-0.0478	0.1848	-0.0264	0.1296	-0.0069	-0.0209	0.102	-0.0098	0.1048	-15.2361	-32.7734	33.9269
15	4.4933	-3.1022	-0.2388	3.7318	0.8893	3.3673	-0.0159	-0.5187	0.4217	0.0457	0.0789	0.2049	-0.3001	-0.3658	-0.0061	0.1589	0.0357	0.0292	0.1274	0.0376	0.2704	-26.9828	-25.4265	37.6149
16	3.1787	4.5207	2.6579	7.5222	4.1006	2.6446	0.7812	-1.1909	0.0035	1.1346	-0.4826	-0.6287	-0.0916	0.0096	-0.3401	0.539	-0.1728	0.0132	0.6541	-0.15	0.4105	-4.4367	-22.2398	60.3562
17	4.2109	-0.3881	-0.5581	6.1247	-0.3087	3.0919	0.236	-0.9782	-0.0836	0.9033	-0.0333	-0.6865	0.1884	0.0711	-0.2728	0.3515	0.0136	-0.0626	0.415	0.0365	0.2738	-6.0299	-35.3283	56.1643
18	5.3579	-0.8762	-0.4519	6.2525	1.7448	5.2291	0.0164	-0.4904	0.1236	0.5475	-0.1595	-0.2319	-0.0898	0.1038	0.1002	0.1756	-0.0314	-0.0266	0.2466	-0.0583	0.213	-4.8857	-26.8289	50.6763
19	7.1244	1.6772	-0.6445	8.1891	1.5979	5.7581	0.2365	-1.3654	0.244	0.3768	-0.7849	0.3697	-0.8119	-0.3554	0.4096	0.242	0.1209	-0.0151	0.4291	-0.202	0.4346	-13.5867	-21.7883	51.8177
20	2.3857	2.2891	2.584	4.52	-0.4068	6.1242	-0.3948	-0.849	-0.9904	0.4036	0.0848	0.6812	1.2312	-0.0382	0.2017	0.6046	0.0804	0.0756	0.4609	0.1982	0.3935	-11.3247	-44.8526	53.4348
21	5.9612	-1.2744	0.2369	6.7727	0.9582	5.2862	-0.0112	-0.3161	0.0102	0.21	0.1713	-0.0495	0.0724	-0.0061	-0.0457	0.1116	0.0019	-0.0266	0.1452	0.0045	0.1406	-13.6323	-31.6907	43.2929
22	6.6972	-0.5509	0.3057	7.3066	2.6631	1.1093	0.0389	0.3701	0.0237	0.3718	-0.016	0.2469	0.8626	0.1959	-0.077	0.4386	-0.016	-0.0498	0.3003	-0.0182	0.1299	-24.4284	-2.3927	-3.8477
23	3.7903	-1.5628	-0.1559	4.2918	0.7291	4.7008	0.2204	0.6561	0.1652	-1.3465	-0.1472	0.1775	0.556	-0.325	-0.0533	0.673	-0.0576	-0.0862	0.4816	-0.0085	0.2667	-29.5767	0.7667	-10.4377
24	7.5781	2.8061	-0.8795	6.2867	-1.2867	5.1093	0.1858	0.2064	0.2973	-0.4233	-0.1087	0.099	-0.2224	0.1017	-0.1046	0.3364	0.0196	-0.0641	0.2412	0.0624	0.154	-29.0145	8.171	-2.2932
25	4.2544	4.0301	0.0751	4.2886	-1.0737	3.1518	0.0643	2.2935	-0.2183	-1.2954	-0.5453	-2.599	-0.3444	1.065	0.5102	0.9742	-0.2161	0.0349	0.5878	0.2981	0.7473	-15.1455	8.2285	-0.898
26	2.8952	0.3358	0.4671	4.9446	2.6011	5.1454	-0.0289	0.4319	-0.1665	-0.2868	0.105	-0.0945	0.4224	0.0109	-0.0489	0.3629	-0.0223	-0.0293	0.2188	0.0313	0.1726	-25.3928	-2.5062	3.1876

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -4 through 5 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 6 through 47 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 48 through 55 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 56 through 80 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 81 through 118 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 119 through 129 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 0 through 16 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 17 through 40 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 41 through 47 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 48 through 54 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 55 through 70 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 71 through 80 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 81 through 90 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 91 through 112 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 113 through 125 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid -11 through 5 )
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 6 through 27 )
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 28 through 64 )
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 65 through 80 )
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 81 through 90 )
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 91 through 122 )
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 1 through 10 )
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 11 through 40 )
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 41 through 71 )
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 72 through 81 )
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 82 through 122 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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