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万見
- PDB-6rcn: Crystal structure of REXO2-D199A-dAdA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rcn
タイトルCrystal structure of REXO2-D199A-dAdA
要素
  • DNA (5'-D(P*AP*A)-3')
  • Oligoribonuclease, mitochondrial
キーワードHYDROLASE / Mitochondria / Oligoribonuclease / REXO2
機能・相同性
機能・相同性情報


Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / mitochondrial intermembrane space / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial matrix ...Mitochondrial RNA degradation / Hydrolases; Acting on ester bonds; Exonucleases that are active with either ribo- or deoxyribonucleic acids and produce 5'-phosphomonoesters / 3'-5'-DNA exonuclease activity / nucleotide metabolic process / nucleobase-containing compound metabolic process / 3'-5' exonuclease activity / mitochondrial intermembrane space / 3'-5'-RNA exonuclease activity / nucleic acid binding / mitochondrial matrix / focal adhesion / nucleolus / magnesium ion binding / mitochondrion / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Oligoribonuclease / Exonuclease / Exonuclease, RNase T/DNA polymerase III / EXOIII / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / Oligoribonuclease, mitochondrial
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Spahr, H. / Nicholls, T.J. / Larsson, N.G. / Gustafsson, C.M.
資金援助 ドイツ, スウェーデン, 4件
組織認可番号国
Max Planck Society ドイツ
Swedish Research Council スウェーデン
Knut and Alice Wallenberg Foundation スウェーデン
European Research Council
引用ジャーナル: Mol.Cell / 年: 2019
タイトル: Dinucleotide Degradation by REXO2 Maintains Promoter Specificity in Mammalian Mitochondria.
著者: Nicholls, T.J. / Spahr, H. / Jiang, S. / Siira, S.J. / Koolmeister, C. / Sharma, S. / Kauppila, J.H.K. / Jiang, M. / Kaever, V. / Rackham, O. / Chabes, A. / Falkenberg, M. / Filipovska, A. / ...著者: Nicholls, T.J. / Spahr, H. / Jiang, S. / Siira, S.J. / Koolmeister, C. / Sharma, S. / Kauppila, J.H.K. / Jiang, M. / Kaever, V. / Rackham, O. / Chabes, A. / Falkenberg, M. / Filipovska, A. / Larsson, N.G. / Gustafsson, C.M.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年10月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Oligoribonuclease, mitochondrial
B: Oligoribonuclease, mitochondrial
C: DNA (5'-D(P*AP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,3735
ポリマ－42,2833
非ポリマー902
水1,49583
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4670 Å2
ΔGint-65 kcal/mol
Surface area14610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.840, 126.890, 168.190
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質 Oligoribonuclease, mitochondrial / RNA exonuclease 2 homolog / Small fragment nuclease


分子量: 20850.953 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REXO2, SFN, SMFN, CGI-114 / プラスミド: pETM11 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Rosetta2
参照: UniProt: Q9Y3B8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(P*AP*A)-3')


分子量: 581.456 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 83 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 mM Hepes pH 7.0, 200 mM sodium malonate, and 20 % polyethylene glycol 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 1.2824 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年11月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.2824 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→21.75 Å / Num. obs: 35196 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.859 % / Biso Wilson estimate: 70.77 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.077 / Χ2: 1.189 / Net I/σ(I): 14.15 / Num. measured all: 241414
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.25-2.386.8071.391.1738332570956310.5361.50498.6
2.38-2.556.7150.7852.135972536553570.7770.85299.9
2.55-2.757.0390.4773.7735194500650000.9110.51599.9
2.75-3.016.6620.247.0730357455945570.9760.261100
3.01-3.367.1770.11414.8729585412641220.9950.12399.9
3.36-3.886.7010.06525.4624694368636850.9970.071100
3.88-4.747.1490.04237.4722090309230900.9990.04599.9
4.74-6.676.7080.03939.7216125240624040.9990.04299.9
6.67-21.756.7190.03846.589064135713490.9990.04199.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.25→21.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.946 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.299 / SU Rfree Blow DPI: 0.214
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.247 939 5 %RANDOM
Rwork0.212 ---
obs0.213 18796 99.8 %-
原子変位パラメータBiso max: 172.15 Å2 / Biso mean: 72.69 Å2 / Biso min: 43.26 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--7.2736 Å20 Å20 Å2
2--6.2337 Å20 Å2
3---1.0399 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.32 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.25→21.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2675 42 0 83 2800
Biso mean---69.9 -
残基数----330
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1205SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes858HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5459HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd3SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion361SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5730SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d5459HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg9881HARMONIC21.01
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion3.58
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion15.4
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.27 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 46
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 20 4.89 %
Rwork0.2833 389 -
all0.2825 409 -
obs--93.46 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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