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- PDB-6rbi: Crystal structure of KDM5B in complex with 5-(1H-tetrazol-5-yl)qu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rbi
タイトルCrystal structure of KDM5B in complex with 5-(1H-tetrazol-5-yl)quinolin-8-ol
要素Lysine-specific demethylase 5B,Lysine-specific demethylase 5B
キーワードOXIDOREDUCTASE / Epigenetics / KDM / Lysine Demethylase / chromatin / 2-oxoglutarate-dependent oxygenase / tetrazole
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of estradiol secretion / mammary duct terminal end bud growth / uterus morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / lens fiber cell differentiation / histone H3K4 demethylase activity / branching involved in mammary gland duct morphogenesis ...regulation of estradiol secretion / mammary duct terminal end bud growth / uterus morphogenesis / TFAP2 (AP-2) family regulates transcription of cell cycle factors / positive regulation of mammary gland epithelial cell proliferation / [histone H3]-trimethyl-L-lysine4 demethylase / histone H3K4me/H3K4me2/H3K4me3 demethylase activity / lens fiber cell differentiation / histone H3K4 demethylase activity / branching involved in mammary gland duct morphogenesis / histone demethylase activity / single fertilization / response to fungicide / cellular response to fibroblast growth factor stimulus / cellular response to leukemia inhibitory factor / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / post-embryonic development / HDMs demethylate histones / sequence-specific double-stranded DNA binding / rhythmic process / transcription corepressor activity / histone binding / nucleic acid binding / chromatin remodeling / negative regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
: / : / : / Lysine-specific demethylase-like domain / : / PLU-1-like protein / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain ...: / : / : / Lysine-specific demethylase-like domain / : / PLU-1-like protein / Lysine-specific demethylase 5, C-terminal helical domain / Zinc finger, C5HC2-type / C5HC2 zinc finger / ARID DNA-binding domain / ARID DNA-binding domain superfamily / ARID/BRIGHT DNA binding domain / ARID domain profile. / BRIGHT, ARID (A/T-rich interaction domain) domain / ARID/BRIGHT DNA binding domain / JmjN domain / JmjN domain profile. / Small domain found in the jumonji family of transcription factors / A domain family that is part of the cupin metalloenzyme superfamily. / JmjC domain / JmjC domain profile. / jmjN domain / Cupin / JmjC domain, hydroxylase / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Jelly Rolls / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
5-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)quinolin-8-ol / : / PHOSPHATE ION / Lysine-specific demethylase 5B
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Johansson, C. / Newman, J.A. / Kawamura, A. / Schofield, C.J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of KDM5B in complex with 5-(1H-tetrazol-5-yl)quinolin-8-ol
著者: Johansson, C. / Newman, J.A. / Kawamura, A. / Schofield, C.J. / Arrowsmith, C.H. / Bountra, C. / Edwards, A. / Oppermann, U.C.T.
履歴
登録2019年4月10日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月24日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine-specific demethylase 5B,Lysine-specific demethylase 5B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,24612
ポリマ－55,4581
非ポリマー78811
水2,270126
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1490 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area20120 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)142.150, 142.150, 151.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number179
Space group name H-MP6522
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-912-

HOH

21A-1013-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Lysine-specific demethylase 5B,Lysine-specific demethylase 5B / Cancer/testis antigen 31 / CT31 / Histone demethylase JARID1B / Jumonji/ARID domain-containing ...Cancer/testis antigen 31 / CT31 / Histone demethylase JARID1B / Jumonji/ARID domain-containing protein 1B / PLU-1 / Retinoblastoma-binding protein 2 homolog 1 / RBP2-H1


分子量: 55457.578 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: KDM5B, JARID1B, PLU1, RBBP2H1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9UGL1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2- ...参照: UniProt: Q9UGL1, 酸化還元酵素; 電子対供与作用を持つ; 分子酸素を取り込むないしは分子酸素を還元する; 2-オキソグルタル酸類を片方の電子供与体とする; 酸素分をそれぞれの電子供与体に取り込む

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非ポリマー , 7種, 137分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#6: 化合物 ChemComp-JX8 / 5-(1~{H}-1,2,3,4-tetrazol-5-yl)quinolin-8-ol


分子量: 213.195 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H7N5O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 126 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.13 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1M HEPES pH 7.5, 0.8 M Potassium Phosphate-dibasic, 0.8 M Sodium Phosphate monobasic

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97628 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97628 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.21→47.78 Å / Num. obs: 45740 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.4 % / Biso Wilson estimate: 48.02 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.149 / Rpim(I) all: 0.035 / Rrim(I) all: 0.153 / Net I/σ(I): 15.1 / Num. measured all: 887820 / Scaling rejects: 14
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.21-2.2720.22.4956685733090.5850.5662.5591.5100
9.88-47.7815.10.0593406200.9990.0120.05144.399.3

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation6.97 Å47.78 Å
Translation6.97 Å47.78 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5fun

5fun


解像度: 2.21→46.732 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.06
Rfactor反射数%反射
Rfree0.201 2230 4.88 %
Rwork0.1842 --
obs0.185 45679 99.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.84 Å2 / Biso mean: 56.0494 Å2 / Biso min: 28.43 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→46.732 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3622 0 42 126 3790
Biso mean--59.57 58.41 -
残基数----454
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0043823
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6685205
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.045555
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005688
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.7472280
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.2101-2.25810.30341310.2926792810
2.2581-2.31060.32231300.273926532783
2.3106-2.36840.28391480.247126762824
2.3684-2.43250.25441470.246826402787
2.4325-2.5040.24591330.223726942827
2.504-2.58480.24321310.220726742805
2.5848-2.67720.23291500.218426622812
2.6772-2.78440.24641370.218626952832
2.7844-2.91110.26371430.20426882831
2.9111-3.06460.24291480.207926782826
3.0646-3.25650.21311390.198927182857
3.2565-3.50790.2281260.192327232849
3.5079-3.86070.17261280.165627592887
3.8607-4.4190.14581490.14127512900
4.419-5.5660.15621530.142127852938
5.566-46.74260.1951370.186229743111
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.1918-0.33470.40441.9841-0.38832.914-0.0273-0.07350.0364-0.00330.02180.08530.2434-0.1462-0.00030.2421-0.0850.03030.4473-0.06260.329387.489867.001914.9879
22.03050.88320.43573.66651.75673.8933-0.13720.02580.0887-0.03250.17050.1734-0.00010.2793-0.02140.17620.0126-0.01640.39440.03660.35555.497864.26065.4105
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 25 through 604 )A25 - 604
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 605 through 754 )A605 - 754

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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