[日本語] English
万見
- PDB-6rau: PostS3_Pmar_lig4_WT -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rau
タイトルPostS3_Pmar_lig4_WT
要素
  • ATP-dependent DNA ligase
  • DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA ligase / ATP-dependent / ligase-DNA co-crystal structure / determinants in DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / : / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorococcus marinus (バクテリア)
DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.99 Å
データ登録者Leiros, H.K.S. / Williamson, A.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway0000 ノルウェー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural intermediates of a DNA-ligase complex illuminate the role of the catalytic metal ion and mechanism of phosphodiester bond formation.
著者: Williamson, A. / Leiros, H.S.
履歴
登録2019年4月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
I: ATP-dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,4807
ポリマ－63,8443
非ポリマー6354
水6,738374
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8020 Å2
ΔGint-93 kcal/mol
Surface area25980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.725, 102.497, 68.356
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.44, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

-
要素

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 BC

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6479.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*CP*CP*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 6392.151 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 I

#3: タンパク質 ATP-dependent DNA ligase


分子量: 50972.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus (バクテリア)
遺伝子: EU96_0746 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A2ACP7

-
非ポリマー , 3種, 378分子

#4: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#5: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 374 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.66 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.39 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG BUFFER

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-3 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年2月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.99→25 Å / Num. obs: 62306 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.5 % / Biso Wilson estimate: 36.8 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.081 / Rpim(I) all: 0.039 / Rsym value: 0.099 / Net I/σ(I): 9.3
反射 シェル解像度: 1.99→2.04 Å / Rmerge(I) obs: 1.154 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 4599 / CC1/2: 0.64 / Rpim(I) all: 0.565 / % possible all: 99.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHENIXモデル構築
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Home-made

解像度: 1.99→24.173 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23 3014 4.84 %
Rwork0.1933 --
obs0.1951 62231 98.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.99→24.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3467 854 37 374 4732
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0174588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3646351
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.6411805
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.087686
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008664
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.99-2.02110.34531570.30452693X-RAY DIFFRACTION99
2.0211-2.05420.32121280.29452699X-RAY DIFFRACTION99
2.0542-2.08960.3571190.28262701X-RAY DIFFRACTION99
2.0896-2.12760.30991250.27152679X-RAY DIFFRACTION99
2.1276-2.16850.30261570.25752668X-RAY DIFFRACTION99
2.1685-2.21270.31771470.24662692X-RAY DIFFRACTION99
2.2127-2.26080.28571560.24592632X-RAY DIFFRACTION99
2.2608-2.31330.24021280.24142700X-RAY DIFFRACTION98
2.3133-2.37120.29271330.23332701X-RAY DIFFRACTION100
2.3712-2.43520.27781120.23842706X-RAY DIFFRACTION99
2.4352-2.50680.33411220.23362700X-RAY DIFFRACTION99
2.5068-2.58760.31241390.2362676X-RAY DIFFRACTION99
2.5876-2.680.27251620.23372698X-RAY DIFFRACTION99
2.68-2.78710.27071440.22912640X-RAY DIFFRACTION97
2.7871-2.91380.29531330.23472713X-RAY DIFFRACTION99
2.9138-3.06710.26581100.2252724X-RAY DIFFRACTION99
3.0671-3.25890.25431510.20142676X-RAY DIFFRACTION98
3.2589-3.50980.21751520.18682672X-RAY DIFFRACTION98
3.5098-3.86170.21941310.17212665X-RAY DIFFRACTION98
3.8617-4.41750.1791480.14442719X-RAY DIFFRACTION99
4.4175-5.55450.16161380.1412695X-RAY DIFFRACTION98
5.5545-24.17440.18491220.1692768X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.07580.1119-0.6941.4988-0.30651.0511-0.582-0.12750.808-0.05250.2939-0.1506-0.03120.05840.27360.31120.02840.00370.45530.06140.5179104.0073104.514431.057
22.22690.60140.94111.57810.42461.3467-0.1491-0.1227-0.29070.04450.17430.5513-0.0701-0.4528-0.02320.26110.0326-0.00850.40730.02520.443770.4812107.004730.1852
37.5833-1.203-1.67274.12391.97986.1692-0.7311-0.19441.140.59710.030.8438-0.04290.33390.69340.28770.00430.02230.658-0.04890.676460.254106.077633.2347
41.2944-0.66410.38211.9209-0.2450.7973-0.10260.2544-0.0370.0095-0.0148-0.289-0.01430.18390.09990.2787-0.02780.03230.36020.01520.377893.4078105.891529.8031
52.7765-0.2510.52561.5198-0.45832.45960.09880.1514-0.6062-0.2363-0.05280.12440.4194-0.0631-0.03760.4086-0.0069-0.03230.2715-0.06770.449283.881187.347223.2385
62.19650.31071.17631.65390.82433.20780.00510.08590.0448-0.2083-0.05620.1108-0.1469-0.23250.0480.461-0.0010.02440.32060.02960.259187.9461121.685613.3223
71.78020.167-0.59452.7089-0.46062.4668-0.0032-0.21350.07450.45760.01260.1226-0.1991-0.09260.00160.4269-0.0087-0.00620.3241-0.02570.235384.0064114.380843.7044
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 9 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 10 through 21 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 22 through 26 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 27 through 42 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'I' and (resid 5 through 146 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'I' and (resid 147 through 333 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'I' and (resid 334 through 436 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る