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万見
- PDB-6rce: Pmar-Lig_PreS3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6rce
タイトルPmar-Lig_PreS3
要素
  • ATP-dependent DNA ligase
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
  • DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA ligase / ATP-dependent / ligase-DNA co-crystal structure / determinants in DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / : / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins ...DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / : / DNA ligase/mRNA capping enzyme / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / D-amino Acid Aminotransferase; Chain A, domain 1 / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorococcus marinus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.946 Å
データ登録者Leiros, H.K.S. / Williamson, A.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway00000 ノルウェー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural intermediates of a DNA-ligase complex illuminate the role of the catalytic metal ion and mechanism of phosphodiester bond formation.
著者: Williamson, A. / Leiros, H.S.
履歴
登録2019年4月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*C)-3')
D: DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
I: ATP-dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,1866
ポリマ－62,7434
非ポリマー4432
水8,863492
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8650 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.137, 103.007, 68.581
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.01, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6479.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: DNA鎖 DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*C)-3')


分子量: 3035.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(P*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3342.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
タンパク質 , 1種, 1分子 I

#4: タンパク質 ATP-dependent DNA ligase


分子量: 49886.480 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus (バクテリア)
遺伝子: EU96_0746 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0A2ACP7

-
非ポリマー , 3種, 494分子

#5: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / コメント: AMP*YM
#6: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 492 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.89 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 17-18% PEG 8K, 100 mM ammonium sulfate, 100 mM Bis-Tris pH 5.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.9919 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年8月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.946→69 Å / Num. obs: 57869 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 32.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.061 / Net I/σ(I): 10.2
反射 シェル解像度: 1.946→2.05 Å / Rmerge(I) obs: 1.946 / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 2893 / CC1/2: 0.502 / Rpim(I) all: 0.622 / % possible all: 39.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6rau

6rau


解像度: 1.946→24.261 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.43
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2715 2694 4.66 %
Rwork0.229 --
obs0.2311 57815 84.66 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.946→24.261 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3453 856 27 492 4828
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0164573
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3676326
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.4943509
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.063685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005661
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9461-1.98150.2529240.3045713X-RAY DIFFRACTION21
1.9815-2.01960.362390.31161147X-RAY DIFFRACTION33
2.0196-2.06080.3436710.30221537X-RAY DIFFRACTION45
2.0608-2.10560.3196970.29432203X-RAY DIFFRACTION64
2.1056-2.15450.33341210.2932942X-RAY DIFFRACTION86
2.1545-2.20840.30891310.27913261X-RAY DIFFRACTION95
2.2084-2.2680.30441590.27913248X-RAY DIFFRACTION95
2.268-2.33470.33311710.26813273X-RAY DIFFRACTION96
2.3347-2.410.30361720.26543331X-RAY DIFFRACTION97
2.41-2.49610.33511960.26093316X-RAY DIFFRACTION98
2.4961-2.59590.31591950.25383326X-RAY DIFFRACTION99
2.5959-2.71390.30721560.25073391X-RAY DIFFRACTION98
2.7139-2.85670.33531590.26233319X-RAY DIFFRACTION97
2.8567-3.03540.28061910.24553314X-RAY DIFFRACTION98
3.0354-3.26930.27511510.22743376X-RAY DIFFRACTION98
3.2693-3.59730.23511890.20583270X-RAY DIFFRACTION96
3.5973-4.11570.25091630.19473370X-RAY DIFFRACTION98
4.1157-5.1770.20721820.18413358X-RAY DIFFRACTION98
5.177-24.2630.28561270.22583426X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.43010.57280.51285.20262.85129.6546-0.9486-1.77120.83040.25350.73080.0441-0.4448-0.24270.23760.30340.06380.00810.4524-0.00770.7017112.0884106.81133.4406
20.19190.81840.24663.1231-0.01232.2956-0.13470.2543-0.0505-0.0957-0.05090.084-0.079-0.01060.16750.1497-0.01340.0120.28560.05170.245778.6405106.494629.9837
34.792.1132-2.64553.53273.28959.0966-0.9246-1.4331.3530.4390.12540.5893-0.28250.4650.76290.22660.01190.01560.7323-0.14280.647260.6602106.346533.7567
44.5239-1.21010.57714.11240.00290.8407-0.21650.62140.1811-0.0057-0.1237-0.67790.10380.18550.15640.18030.0236-0.05060.34110.030.3019104.6369103.621132.6082
55.0304-0.1458-0.04211.8388-0.35042.1511-0.00360.1871-0.5989-0.2248-0.00440.07540.4597-0.12580.04050.316-0.0087-0.03610.1848-0.05770.330284.113886.716224.0563
61.54970.38170.5791.79010.56182.414-0.00750.20970.0048-0.34420.0210.0855-0.1618-0.1161-0.01920.32230.01470.00310.22140.02090.169587.6547121.091413.2166
71.59390.5797-1.32092.3455-1.48113.87260.0899-0.27040.07670.4828-0.03960.0555-0.27980.0478-0.01770.2837-0.0236-0.0580.214-0.02450.174686.2943115.639240.4257
86.9137-7.30415.97937.9365-7.11538.0574-0.6851-1.3816-0.21050.64960.2804-0.99460.41310.50110.33840.30940.24430.17420.77140.1050.756656.042998.959333.6002
93.9576-3.02215.11153.6892-2.16698.805-0.1935-0.39480.10430.5568-0.278-0.8842-0.3281.10760.47290.18560.00140.03730.2334-0.00910.121888.0952113.946930.8753
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'B' and (resid 1 through 5 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 6 through 20 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 22 through 26 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 34 through 42 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'I' and (resid 5 through 138)
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'I' and (resid 139 through 315 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'I' and (resid 316 through 436 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 21 through 21 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 32 through 33 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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