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万見
- PDB-6ras: Pmar-Lig_Pre. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ras
タイトルPmar-Lig_Pre.
要素
  • ATP-dependent DNA ligase
  • DNA
  • DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
  • DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA ligase / ATP-dependent / ligase-DNA co-crystal structure / determinants in DNA binding
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA ligase (ATP) activity / DNA recombination / DNA replication / DNA repair / ATP binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA ligase, OB-like domain / DNA ligase OB-like domain / : / ATP-dependent DNA ligase AMP-binding site. / DNA ligase, ATP-dependent, conserved site / DNA ligase, ATP-dependent, central / ATP dependent DNA ligase domain / Nucleic acid-binding, OB-fold
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE MONOPHOSPHATE / TRIETHYLENE GLYCOL / DNA / DNA (> 10) / ATP-dependent DNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Prochlorococcus marinus str. MIT 9302 (バクテリア)
DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Leiros, H.K.S. / Williamson, A.
資金援助 ノルウェー, 1件
組織認可番号国
Research Council of Norway ノルウェー
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structural intermediates of a DNA-ligase complex illuminate the role of the catalytic metal ion and mechanism of phosphodiester bond formation.
著者: Williamson, A. / Leiros, H.S.
履歴
登録2019年4月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')
C: DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')
D: DNA
I: ATP-dependent DNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,5839
ポリマ－63,7434
非ポリマー8405
水3,531196
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9610 Å2
ΔGint-71 kcal/mol
Surface area25930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)67.469, 103.408, 68.906
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.91, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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DNA鎖 , 3種, 3分子 BCD

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*CP*CP*GP*AP*CP*AP*GP*TP*GP*GP*GP*GP*TP*CP*GP*CP*AP*AP*T)-3')


分子量: 6479.183 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
#2: DNA鎖 DNA/RNA (5'-D(*AP*TP*TP*GP*CP*GP*AP*C)-R(P*(OMC))-D(P*CP*CP*AP*CP*TP*AP*TP*CP*GP*GP*AP*A)-3')


分子量: 3035.007 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
詳細: There is a break in the chain between nt31 and nt32.
由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)
#3: DNA鎖 DNA


分子量: 3342.212 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) DNA launch vector pDE-GFP2 (その他)

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タンパク質 , 1種, 1分子 I

#4: タンパク質 ATP-dependent DNA ligase


分子量: 50886.648 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: This is a R120 A mutant
由来: (組換発現) Prochlorococcus marinus str. MIT 9302 (バクテリア)
遺伝子: EU96_0746 / 発現宿主: Prochlorococcus marinus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A0A2ACP7

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非ポリマー , 4種, 201分子

#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP


分子量: 347.221 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H14N5O7P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: AMP*YM
#7: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.54 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.28 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: PEG, buffer

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.69→25 Å / Num. obs: 24531 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 5.6 % / Biso Wilson estimate: 42.2 Å2 / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.129 / Rpim(I) all: 0.089 / Net I/av σ(I): 9.5 / Net I/σ(I): 9.5
反射 シェル解像度: 2.69→2.82 Å / Rmerge(I) obs: 1.16 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 3459 / CC1/2: 0.475 / Rpim(I) all: 0.602 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: Home-made

解像度: 2.75→24.366 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.79 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2419 1227 5.01 %
Rwork0.1876 --
obs0.1904 24493 99.39 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→24.366 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3487 857 52 196 4592
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0174588
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.3296337
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.5232606
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067685
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006658
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.860.35581390.29682553X-RAY DIFFRACTION99
2.86-2.98990.36231590.2762549X-RAY DIFFRACTION100
2.9899-3.14720.3139900.23552637X-RAY DIFFRACTION100
3.1472-3.34390.26021430.21742568X-RAY DIFFRACTION99
3.3439-3.60140.28041170.18882580X-RAY DIFFRACTION99
3.6014-3.96240.22681410.16962595X-RAY DIFFRACTION100
3.9624-4.53260.21671360.15162582X-RAY DIFFRACTION99
4.5326-5.69850.20111420.15252593X-RAY DIFFRACTION99
5.6985-24.36710.20771600.18282609X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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