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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r9d | ||||||
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タイトル | Crystal structure of an asymmetric dimer of the N-terminal domain of Euprosthenops australis Major Ampullate Spidroin 1 (dragline silk) | ||||||
要素 | Major ampullate spidroin 1 | ||||||
キーワード | PROTEIN FIBRIL / Spider silk Spidroin N-terminal domain pH relay Assembly | ||||||
機能・相同性 | Spidroin, N-terminal domain / Spidroin, N-terminal / Major ampullate spidroin 1, spider silk protein 1, N-term / Spidroin, N-terminal domain superfamily / Enzyme I; Chain A, domain 2 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / identical protein binding / Major ampullate spidroin 1 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Euprosthenops australis (クモ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Knight, S.D. / Jiang, W. / Askarieh, G. | ||||||
資金援助 | スウェーデン, 1件
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引用 | ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019 タイトル: Structure of the N-terminal domain of Euprosthenops australis dragline silk suggests that conversion of spidroin dope to spider silk involves a conserved asymmetric dimer intermediate. 著者: Jiang, W. / Askarieh, G. / Shkumatov, A. / Hedhammar, M. / Knight, S.D. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r9d.cif.gz | 399.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r9d.ent.gz | 340.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r9d.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r9d_validation.pdf.gz | 475.1 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6r9d_full_validation.pdf.gz | 478.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6r9d_validation.xml.gz | 27.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r9d_validation.cif.gz | 38.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/6r9d ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r9/6r9d | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 3lr2S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 14153.687 Da / 分子数: 6 / 変異: T61A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Euprosthenops australis (クモ) / 遺伝子: MaSp1 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q05H60 #2: 化合物 | ChemComp-SO4 / | #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.17 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 詳細: 15% PEG 3350 1 M Ammonium sulphate 0.1 M Tris-HCl buffer pH 8.5 15% PEG 400 PH範囲: 8.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-1 / 波長: 0.9334 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2008年9月11日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9334 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→57.9 Å / Num. obs: 45467 / % possible obs: 99.27 % / 冗長度: 4.8 % / Biso Wilson estimate: 31.79 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.195 / Rpim(I) all: 0.085 / Rrim(I) all: 0.213 / Net I/σ(I): 10.16 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.175 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 0.422 / Mean I/σ(I) obs: 2.39 / Num. unique obs: 4464 / CC1/2: 0.795 / Rpim(I) all: 0.364 / Rrim(I) all: 0.559 / % possible all: 98.13 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LR2 解像度: 2.1→57.9 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.33
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→57.9 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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