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- PDB-6r99: Crystal Structure of Human CLN protein 5 (Ceroid Lipofuscinosis N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r99
タイトルCrystal Structure of Human CLN protein 5 (Ceroid Lipofuscinosis Neuronal Protein 5)
要素Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 5
キーワードUNKNOWN FUNCTION / neuronal ceroid lipofiscinosis / CLN5 / circularly-permuted papain-like fold / glycoprotein
機能・相同性Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 5 / Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 5 / lysosome / Ceroid-lipofuscinosis, neuronal 5, isoform CRA_a
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Luebben, A.V. / Sheldrick, G.M.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Cln5 represents a new type of cysteine-based S -depalmitoylase linked to neurodegeneration.
著者: Luebben, A.V. / Bender, D. / Becker, S. / Crowther, L.M. / Erven, I. / Hofmann, K. / Soding, J. / Klemp, H. / Bellotti, C. / Stauble, A. / Qiu, T. / Kathayat, R.S. / Dickinson, B.C. / ...著者: Luebben, A.V. / Bender, D. / Becker, S. / Crowther, L.M. / Erven, I. / Hofmann, K. / Soding, J. / Klemp, H. / Bellotti, C. / Stauble, A. / Qiu, T. / Kathayat, R.S. / Dickinson, B.C. / Gartner, J. / Sheldrick, G.M. / Kratzner, R. / Steinfeld, R.
履歴
登録2019年4月3日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_special_symmetry / refine / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _refine.pdbx_diffrn_id / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12022年9月28日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / citation ...chem_comp / citation / citation_author / database_2
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 5
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3595
ポリマ－46,9061
非ポリマー1,4534
水63135
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint32 kcal/mol
Surface area14650 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.420, 58.420, 179.050
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-634-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Ceroid-lipofuscinosis neuronal protein 5 / Ceroid-lipofuscinosis / neuronal 5 / isoform CRA_a


分子量: 46905.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: protein contains selenomethionine and is glycosylated
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CLN5, hCG_28176 / プラスミド: pcDNA3 / 細胞株 (発現宿主): HEK293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: A0A024R644
#2: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖 beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta- ...beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 586.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5]/1-1-2/a4-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 35 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, magnesium nitrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年7月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→44.046 Å / Num. obs: 19772 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 27.822 % / Biso Wilson estimate: 63.12 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.229 / Rrim(I) all: 0.233 / Χ2: 1.034 / Net I/σ(I): 13.53 / Num. measured all: 550105 / Scaling rejects: 1064
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.65-2.7210.1761.2941.5514369141014120.7591.362100
2.72-2.810.0671.181.7514487144014390.7131.24499.9
2.8-2.8814.6770.9382.7620343138613860.8820.972100
2.88-2.9716.4860.7223.8822256135013500.910.745100
2.97-3.0616.3480.5525.0122102135213520.9560.57100
3.06-3.1729.9720.9636.4736746122612260.9670.979100
3.17-3.2935.0940.8377.4843727124612460.9790.849100
3.29-3.4334.8890.6069.7141448118811880.9850.615100
3.43-3.5834.9060.47911.938432110111010.990.486100
3.58-3.7537.8510.38914.5741030108410840.9930.395100
3.75-3.9537.1590.30817.4437419100710070.9960.312100
3.95-4.1937.0270.25620.71365469879870.9960.259100
4.19-4.4834.9750.19124.67316179049040.9970.194100
4.48-4.8435.8680.16427.01303448468460.9980.166100
4.84-5.3138.2310.1529.35301267887880.9990.152100
5.31-5.9337.5830.14329.06259326906900.9990.145100
5.93-6.8534.4450.13428.72208396056050.9980.136100
6.85-8.3937.6610.10833.2203375405400.9990.109100
8.39-11.8636.5270.0843.611475740440410.081100
11.86-44.04633.4010.07846.16724821921710.07999.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
SHELXDE位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.7→44.046 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.93 / 位相誤差: 28.58 / 立体化学のターゲット値: MLHL
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2471 533 5.15 %
Rwork0.2206 9821 -
obs0.222 10354 100 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 113.8 Å2 / Biso mean: 57.0408 Å2 / Biso min: 29.11 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→44.046 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2311 0 95 35 2441
Biso mean--61.21 53.54 -
残基数----285
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0042494
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7273406
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044369
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005429
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.2431427
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 4 / % reflection obs: 100 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.7002-2.97180.37581160.272224222538
2.9718-3.40170.3021350.239523882523
3.4017-4.28520.23171410.204424332574
4.2852-44.05210.21831410.214325782719

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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