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万見
- PDB-6r8h: Triosephosphate isomerase from liver fluke (Fasciola hepatica). -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r8h
タイトルTriosephosphate isomerase from liver fluke (Fasciola hepatica).
要素Triosephosphate isomerase
キーワードISOMERASE / Triose Phosphate Isomerase / Fasciola Hepatica / TIM
機能・相同性
機能・相同性情報


triose-phosphate isomerase / triose-phosphate isomerase activity / glyceraldehyde-3-phosphate biosynthetic process / glycerol catabolic process / gluconeogenesis / glycolytic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel ...Triosephosphate isomerase, bacterial/eukaryotic / Triosephosphate isomerase, active site / Triosephosphate isomerase active site. / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase superfamily / Triosephosphate isomerase / Triosephosphate isomerase (TIM) family profile. / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Triosephosphate isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Fasciola hepatica (かんてつ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Ferraro, F. / Corvo, I. / Bergalli, L. / Ilarraz, A. / Cabrera, M. / Gil, J. / Susuki, B. / Caffrey, C. / Timson, D.J. / Robert, X. ...Ferraro, F. / Corvo, I. / Bergalli, L. / Ilarraz, A. / Cabrera, M. / Gil, J. / Susuki, B. / Caffrey, C. / Timson, D.J. / Robert, X. / Guillon, C. / Alvarez, G.
資金援助ウルグアイ, 1件
組織認可番号国
Agencia Nacional de Investigacion e InnovacionANII-PR-UK-ID-2015-1-6ウルグアイ
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2020
タイトル: Novel and selective inactivators of Triosephosphate isomerase with anti-trematode activity.
著者: Ferraro, F. / Corvo, I. / Bergalli, L. / Ilarraz, A. / Cabrera, M. / Gil, J. / Susuki, B.M. / Caffrey, C.R. / Timson, D.J. / Robert, X. / Guillon, C. / Freire, T. / Alvarez, G.
履歴
登録2019年4月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Triosephosphate isomerase
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
E: Triosephosphate isomerase
F: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)165,44712
ポリマ－164,8706
非ポリマー5766
水20,1051116
1
A: Triosephosphate isomerase
D: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1494
ポリマ－54,9572
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3820 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19730 Å2
手法PISA
2
B: Triosephosphate isomerase
C: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1494
ポリマ－54,9572
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3760 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area19770 Å2
手法PISA
3
E: Triosephosphate isomerase
F: Triosephosphate isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,1494
ポリマ－54,9572
非ポリマー1922
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3790 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area19700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)87.420, 87.420, 186.600
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31

-
要素

#1: タンパク質
Triosephosphate isomerase


分子量: 27478.363 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Fasciola hepatica (かんてつ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: S4UI50, triose-phosphate isomerase
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1116 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 33.3 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ZnSO4 0.01mM, MES 0.1M pH 6.5, PEG 550mme 25%w:v

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-1 / 波長: 0.97242 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97242 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→20 Å / Num. obs: 107970 / % possible obs: 90.34 % / 冗長度: 5.15 % / Rrim(I) all: 0.144 / Net I/σ(I): 5.11
反射 シェル解像度: 1.9→1.95 Å / Num. unique obs: 3604 / CC1/2: 0.729

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4P61

4p61


解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 1.81 / SU ML: 0.058 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.039 / ESU R Free: 0.033
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2239 5584 4.9 %RANDOM
Rwork0.1941 ---
obs0.1956 107970 90.34 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.39 Å2 / Biso mean: 18.12 Å2 / Biso min: 0.9 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.02 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.02 Å2-0 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11568 0 30 1116 12714
Biso mean--23.28 21.76 -
残基数----1500
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.01211854
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.911.62716015
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.20951500
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.75422.884593
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.156152084
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.2241568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1270.21515
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.028974
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.234 168 -
Rwork0.201 3604 -
all-3772 -
obs--40.66 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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