PDB-6r8g: Crystal structure of malate dehydrogenase from Plasmodium Falcipa...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r8g

タイトル

Crystal structure of malate dehydrogenase from Plasmodium Falciparum in complex with 4-(3,4-difluorophenyl)thiazol-2-amine

要素

Malate dehydrogenase

キーワード

OXIDOREDUCTASE

機能・相同性

機能・相同性情報

L-lactate dehydrogenase (NAD+) activity / lactate metabolic process / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Romero, A.R. / Calderone, V. / Gentili, M. / Lunev, S. / Groves, M. / Popowicz, G. / Domling, A. / Sattler, M.

資金援助

オランダ, 1件

引用

ジャーナル: Commun Biol / 年: 2021
タイトル: A Fragment-Based Approach Identifies an Allosteric Pocket that Impacts Malate Dehydrogenase Activity
著者: Romero, A.R. / Lunev, S. / Popowicz, G. / Calderone, V. / Gentili, M. / Sattler, M. / Plewka, J. / Taube, M. / Kozak, M. / Holak, T.A. / Domling, A. / Groves, M.

履歴

登録	2019年4月1日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年4月15日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2021年8月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r8g.cif.gz	480.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r8g.ent.gz	398 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r8g.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6r8g_validation.pdf.gz	767.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6r8g_full_validation.pdf.gz	792.4 KB	表示
XML形式データ	6r8g_validation.xml.gz	49.2 KB	表示
CIF形式データ	6r8g_validation.cif.gz	67.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r8g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r8/6r8g	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5nfrS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4plh-d 6vdi-1 6vdh-1 6vdj-1 4nd1-1 4plw-d 2zqz-2 2hjr-7 4ror-2 6j9t-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#102 - 2008年6月乳酸脱水素酵素 (Lactate Dehydrogenase) 類似性 (7) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (6) #142 - 2011年10月 PDBの先駆者たち (PDB Pioneers) 類似性 (6)

登録構造単位

A: Malate dehydrogenase

B: Malate dehydrogenase

C: Malate dehydrogenase

D: Malate dehydrogenase

ヘテロ分子

143 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	84.760, 106.890, 145.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
1	2	A
2	2	C
1	3	A
2	3	D
1	4	B
2	4	C
1	5	B
2	5	D
1	6	C
2	6	D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: THR / Beg label comp-ID: THR / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	LEU	LEU	A	A	2 - 311	2 - 311
2	1	LEU	LEU	B	B	2 - 311	2 - 311
1	2	LEU	LEU	A	A	2 - 311	2 - 311
2	2	LEU	LEU	C	C	2 - 311	2 - 311
1	3	ILE	ILE	A	A	2 - 312	2 - 312
2	3	ILE	ILE	D	D	2 - 312	2 - 312
1	4	LYS	LYS	B	B	2 - 313	2 - 313
2	4	LYS	LYS	C	C	2 - 313	2 - 313
1	5	LEU	LEU	B	B	2 - 311	2 - 311
2	5	LEU	LEU	D	D	2 - 311	2 - 311
1	6	LEU	LEU	C	C	2 - 311	2 - 311
2	6	LEU	LEU	D	D	2 - 311	2 - 311

NCSアンサンブル:

ID
1
2
3
4
5
6

#1: タンパク質	Malate dehydrogenase 分子量: 35362.922 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Four molecules of 4-(3,4-difluorophenyl)thiazol-2-amine were modeled at the oligomeric interface 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) プラスミド: pETM-13 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VVP7, malate dehydrogenase
#2: 化合物	ChemComp-JUT / 4-[3,4-bis(fluoranyl)phenyl]-1,3-thiazol-2-amine / 2-アミノ-4-(3,4-ジフルオロフェニル)チアゾ-ル分子量: 212.219 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₆F₂N₂S
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物	ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE 分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₇N₇O₁₄P₂ / コメント: NAD*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 265 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.32 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.03 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 1.4 M trisodium citrate, 0.1 M Hepes

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: Bruker PHOTON II / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月15日
放射	モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→50 Å / Num. obs: 89246 / % possible obs: 99.9 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 14.1 % / R_sym value: 0.2 / Net I/σ(I): 21.1
反射シェル	解像度: 2→2.12 Å / Num. unique obs: 14220

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0238	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5nfr

5nfr

解像度: 2→48.97 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.936 / SU B: 11.621 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.199 / ESU R Free: 0.166 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23846	4463	5 %	RANDOM
R_work	0.21025	-	-	-
obs	0.21167	84786	99.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 33.266 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.06 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0.31 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.25 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2→48.97 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9482	0	101	265	9848

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	9722
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.036	0.017	9337
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.885	1.635	13147
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.358	1.576	21742
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.516	5	1242
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	40.417	25.149	404
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.059	15	1784
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	12.512	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.09	0.2	1348
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	10707
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.014	0.02	1733
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.95	2.514	4980
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.95	2.514	4979
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.05	3.765	6218
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.05	3.765	6219
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.396	2.834	4742
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.396	2.835	4743
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.782	4.12	6930
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	11.371	30.73	10647
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	11.364	30.657	10611
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	A	9612	0.1
1	2	B	9612	0.1
2	1	A	9447	0.12
2	2	C	9447	0.12
3	1	A	9502	0.12
3	2	D	9502	0.12
4	1	B	9513	0.11
4	2	C	9513	0.11
5	1	B	9470	0.11
5	2	D	9470	0.11
6	1	C	9713	0.09
6	2	D	9713	0.09

LS精密化シェル

解像度: 2.001→2.053 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.332	323	-
R_work	0.327	6140	-
obs	-	-	99.14 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.1783	0.0731	0.5326	0.8106	0.1296	1.0482	-0.0581	0.2639	-0.0566	-0.1194	0.0599	-0.1074	-0.0953	0.2762	-0.0019	0.0775	-0.0261	0.0427	0.1509	-0.0066	0.0318	39.7853	45.6237	-34.6882
2	1.057	-0.2059	0.1724	0.6761	-0.0234	0.8605	-0.0892	-0.1025	0.1696	0.0348	0.0308	0.0053	-0.2179	-0.115	0.0584	0.1172	0.0663	-0.0217	0.0409	-0.0208	0.0321	6.6906	64.0151	-12.8557
3	0.7286	-0.0935	0.1556	0.5359	-0.2211	0.6962	-0.0862	-0.0916	0.0663	0.0712	0.0039	-0.0926	-0.1609	0.0389	0.0823	0.0462	0.0043	-0.0306	0.0322	-0.0172	0.034	35.5285	51.7156	2.1841
4	0.4651	0.0895	-0.0232	0.6953	-0.234	0.6006	-0.0226	0.0174	-0.0592	-0.0964	0.0544	0.0189	0.0389	-0.0558	-0.0318	0.0255	-0.0161	0.0011	0.0308	-0.0083	0.0145	10.773	28.8607	-25.0564

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 400
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	2 - 400
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	2 - 401
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	2 - 400

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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