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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r7g | ||||||
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タイトル | Atomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / Coat Protein / RNA | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Potato virus X (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Grinzato, A. / Kandiah, E. / Lico, C. / Betti, C. / Baschieri, S. / Zanotti, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Chem Biol / 年: 2020 タイトル: Atomic structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family. 著者: Alessandro Grinzato / Eaazhisai Kandiah / Chiara Lico / Camilla Betti / Selene Baschieri / Giuseppe Zanotti / 要旨: Potato virus X (PVX) is a positive-sense single-stranded RNA (ssRNA) filamentous plant virus belonging to the Alphaflexiviridae family, considered in recent years as a tool for nanotechnology ...Potato virus X (PVX) is a positive-sense single-stranded RNA (ssRNA) filamentous plant virus belonging to the Alphaflexiviridae family, considered in recent years as a tool for nanotechnology applications. We present the cryo-electron microscopy structure of the PVX particle at a resolution of 2.2 Å. The well-defined density of the coat proteins and of the genomic RNA allowed a detailed analysis of protein-RNA interactions, including those mediated by solvent molecules. The particle is formed by repeated segments made of 8.8 coat proteins, forming a left-handed helical structure. The RNA runs in an internal crevice along the virion, packaged in 5-nucleotide repeats in which the first four bases are stacked in the classical way, while the fifth is rotated and nearly perpendicular. The resolution of the structure described here suggests a mechanism for the virion assembly and potentially provides a platform for the rational design of antiviral compounds and for the use of PVX in nanotechnology. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6r7g.cif.gz | 461.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6r7g.ent.gz | 389.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6r7g.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6r7g_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6r7g_full_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6r7g_validation.xml.gz | 65.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6r7g_validation.cif.gz | 93.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/6r7g ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r7/6r7g | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 4740MC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | |
電子顕微鏡画像生データ | EMPIAR-10705 (タイトル: structure of potato virus X, the prototype of the Alphaflexiviridae family Data size: 6.6 TB Data #1: Unaligned multi frame micographs of Potato Virus X dataset [micrographs - multiframe]) |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22519.514 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Potato virus X (ウイルス) / 参照: UniProt: Q71E38, UniProt: P17782*PLUS #2: RNA鎖 | | 分子量: 21080.488 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Potato virus X (ウイルス) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Potato virus X / タイプ: VIRUS / Entity ID: #1-#2 / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Potato virus X (ウイルス) |
ウイルスについての詳細 | 中空か: YES / エンベロープを持つか: NO / 単離: OTHER / タイプ: VIRION |
緩衝液 | pH: 7 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 36 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.14_3260: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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EMソフトウェア | 名称: RELION / バージョン: 3 / カテゴリ: 分類 | ||||||||||||||||||||||||
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 40.5 ° / 軸方向距離/サブユニット: 3.96 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 2.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 331130 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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