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- PDB-6r62: Crystal structure of a class II pyruvate aldolase from Sphingomon... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r62
タイトルCrystal structure of a class II pyruvate aldolase from Sphingomonas wittichii RW1 in complex with hydroxypyruvate
要素HpcH/HpaI aldolase
キーワードLYASE / Class II Pyruvate Aldolase
機能・相同性
機能・相同性情報


catalytic activity
類似検索 - 分子機能
HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase domain / HpcH/HpaI aldolase/citrate lyase family / Phosphoenolpyruvate-binding domains / Pyruvate kinase-like domain superfamily / Pyruvate/Phosphoenolpyruvate kinase-like domain superfamily / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
3-HYDROXYPYRUVIC ACID / ACETATE ION / BROMIDE ION / : / HpcH/HpaI aldolase
類似検索 - 構成要素
生物種Sphingomonas wittichii RW1 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Marsden, S.R. / Mestrom, L. / Hagedoorn, P.L. / Bento, I. / McMillan, D.G.G. / Hanefeld, U.
引用ジャーナル: Adv.Synth.Catal. / 年: 2019
タイトル: CH-Pi Interactions Promote the Conversion of Hydroxypyruvate in a Class II Pyruvate Aldolase
著者: Marsden, S.R. / Mestrom, L. / Bento, I. / Hagedoorn, P.L. / McMillan, D.G.G. / Hanefeld, U.
履歴
登録2019年3月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年5月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_source / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,33710
ポリマ－26,7851
非ポリマー5529
水6,575365
1
A: HpcH/HpaI aldolase
ヘテロ分子
x 6


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)164,02260
ポリマ－160,7076
非ポリマー3,31554
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_555z,x,y1
crystal symmetry operation9_555y,z,x1
crystal symmetry operation14_555-y+1/2,-x+1/2,-z+1/21
crystal symmetry operation19_555-x+1/2,-z+1/2,-y+1/21
crystal symmetry operation24_555-z+1/2,-y+1/2,-x+1/21
Buried area31270 Å2
ΔGint-191 kcal/mol
Surface area44970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.569, 116.569, 116.569
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number208
Space group name H-MP4232
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-309-

NA

21A-633-

HOH

31A-637-

HOH

41A-698-

HOH

51A-700-

HOH

61A-709-

HOH

71A-721-

HOH

81A-724-

HOH

91A-742-

HOH

101A-750-

HOH

111A-752-

HOH

121A-782-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 HpcH/HpaI aldolase


分子量: 26784.525 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: the first two histidine residues are from the his-tag
由来: (組換発現) Sphingomonas wittichii RW1 (バクテリア)
遺伝子: Swit_5035 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A5VH82

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非ポリマー , 7種, 374分子

#2: 化合物 ChemComp-3PY / 3-HYDROXYPYRUVIC ACID / ヒドロキシピルビン酸


分子量: 104.061 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H4O4
#3: 化合物 ChemComp-ACT / ACETATE ION / 酢酸イオン


分子量: 59.044 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3O2
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#6: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 365 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.08 %
結晶化温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: Sodium Citrate, Hepes

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月10日
放射モノクロメーター: FMB-OXFORD DCM / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→116.57 Å / Num. obs: 39857 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 36.4 % / Biso Wilson estimate: 19.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.122 / Rpim(I) all: 0.021 / Rrim(I) all: 0.124 / Net I/σ(I): 17
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.55-1.5838.51.51119560.9080.2471.531100
8.49-116.57300.0683210.9970.0120.06999.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.387
最高解像度最低解像度
Rotation67.3 Å1.92 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimless0.7.3データスケーリング
MOLREP位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.55→67.301 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 19.41
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1855 1861 4.81 %
Rwork0.1639 --
obs0.165 38726 97.25 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.55→67.301 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1883 0 24 365 2272
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0061974
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8362689
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.7721188
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053304
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007362
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5503-1.59220.23321370.20142862X-RAY DIFFRACTION99
1.5922-1.6390.27931570.19252834X-RAY DIFFRACTION100
1.639-1.69190.20591400.18832858X-RAY DIFFRACTION100
1.6919-1.75240.22991370.19132867X-RAY DIFFRACTION100
1.7524-1.82260.18081410.17742867X-RAY DIFFRACTION100
1.8226-1.90550.24161430.23692601X-RAY DIFFRACTION91
1.9055-2.0060.27511510.25172618X-RAY DIFFRACTION91
2.006-2.13170.20741330.17442792X-RAY DIFFRACTION97
2.1317-2.29630.20261310.19422721X-RAY DIFFRACTION93
2.2963-2.52740.17631390.14262860X-RAY DIFFRACTION98
2.5274-2.89310.1771610.14462880X-RAY DIFFRACTION98
2.8931-3.6450.13311290.13972952X-RAY DIFFRACTION98
3.645-67.36460.17221620.14993153X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.7299-0.05110.25180.7662-0.13680.68620.0361-0.01820.0673-0.02980.02020.23230.0743-0.1-0.05040.1481-0.0486-0.03160.1533-0.01570.24532.151426.250826.4244
21.06121.5919-0.13915.42040.03150.8857-0.10870.11310.3391-0.2140.0630.3557-0.212-0.01090.0280.2154-0.0244-0.09130.1727-0.02170.36312.53254.059524.2971
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 232 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 233 through 251 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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