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基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 6r3z
タイトル
Structure of the SBP FpvC in complex with Ni2+ ion from P. aeruginosa in P212121 space group
要素
Probable adhesion protein
キーワード
TRANSPORT PROTEIN / solute binding protein (transport system)
機能・相同性
Adhesin B / metal ion transport / Adhesion lipoprotein / Periplasmic solute binding protein, ZnuA-like / Zinc-uptake complex component A periplasmic / cell adhesion / metal ion binding / NICKEL (II) ION / Probable adhesion protein
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.65→39.26 Å / Num. obs: 30063 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 10 % / Biso Wilson estimate: 27.93 Å2 / Rpim(I) all: 0.051 / Rsym value: 0.11 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル
解像度: 1.65→1.75 Å / Num. unique obs: 4251
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
BUSTER
2.10.3
精密化
XDS
データ削減
XSCALE
データスケーリング
FFT
位相決定
精密化
構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: model soved by SAD 解像度: 1.65→39.26 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.941 / SU R Cruickshank DPI: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.111 / SU Rfree Blow DPI: 0.106 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.102
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.219
1504
5 %
RANDOM
Rwork
0.184
-
-
-
obs
0.186
30063
98 %
-
原子変位パラメータ
Biso mean: 32 Å2
Baniso -1
Baniso -2
Baniso -3
1-
9.1488 Å2
0 Å2
0 Å2
2-
-
-9.192 Å2
0 Å2
3-
-
-
0.0432 Å2
Refine analyze
Luzzati coordinate error obs: 0.23 Å
精密化ステップ
サイクル: 1 / 解像度: 1.65→39.26 Å
タンパク質
核酸
リガンド
溶媒
全体
原子数
2065
0
29
255
2349
拘束条件
Refine-ID
タイプ
Dev ideal
数
Restraint function
Weight
X-RAY DIFFRACTION
t_bond_d
0.01
2138
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_angle_deg
0.97
2888
HARMONIC
2
X-RAY DIFFRACTION
t_dihedral_angle_d
742
SINUSOIDAL
2
X-RAY DIFFRACTION
t_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTION
t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTION
t_gen_planes
358
HARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_it
2138
HARMONIC
20
X-RAY DIFFRACTION
t_nbd
0
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_omega_torsion
3.23
X-RAY DIFFRACTION
t_other_torsion
15.94
X-RAY DIFFRACTION
t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_chiral_improper_torsion
284
SEMIHARMONIC
5
X-RAY DIFFRACTION
t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION
t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION
t_ideal_dist_contact
2669
SEMIHARMONIC
4
LS精密化 シェル
解像度: 1.65→1.66 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor
反射数
%反射
Rfree
0.4255
-
4.98 %
Rwork
0.3199
572
-
all
0.3244
602
-
obs
-
-
76.43 %
精密化 TLS
手法: refined / Origin x: -17.5627 Å / Origin y: -2.3093 Å / Origin z: 11.0395 Å