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- PDB-6r39: T. brucei FPPS in complex with 1-(carboxymethyl)-1H-benzo[g]indol... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r39
タイトルT. brucei FPPS in complex with 1-(carboxymethyl)-1H-benzo[g]indole-2-carboxylic acid
要素Farnesyl pyrophosphate synthase
キーワードTRANSFERASE / sterol biosynthesis / farnesyl diphosphate synthase / Trypanosoma brucei / homodimer
機能・相同性
機能・相同性情報


farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BFH / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Muenzker, L. / Petrick, J.K. / Schleberger, C. / Jahnke, W.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Marie Sklodowska-Curie Actions, FragNET ITN675899 スイス
引用ジャーナル: Thesis / 年: 2019
タイトル: Targeting farnesyl pyrophosphate synthase of Trypanosoma cruzi by fragment-based lead discovery
著者: Petrick, J.K. / Jahnke, W.
履歴
登録2019年3月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_id_CSD / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title
改定 1.32024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,4382
ポリマ－42,1691
非ポリマー2691
水362
1
A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子

A: Farnesyl pyrophosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)84,8774
ポリマ－84,3382
非ポリマー5392
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555x-y,-y,-z1
Buried area4480 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area27890 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.336, 61.336, 340.077
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Farnesyl pyrophosphate synthase


分子量: 42169.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: GP is an expression tag
由来: (組換発現) Trypanosoma brucei (トリパノソーマ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: Q86C09
#2: 化合物 ChemComp-BFH / 1-(carboxymethyl)-1H-benzo[g]indole-2-carboxylic acid


分子量: 269.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H11NO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.83 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.12 M Cesium chloride, 12 %w/v PEG 3350, 12 % v/v DMSO

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 1.00001 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.00001 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.552→53.119 Å / Num. obs: 13351 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.3 % / Biso Wilson estimate: 74.43 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.148 / Rpim(I) all: 0.036 / Rrim(I) all: 0.152 / Rsym value: 0.148 / Net I/σ(I): 14.4
反射 シェル解像度: 2.552→2.596 Å / 冗長度: 19.6 % / Rmerge(I) obs: 7.207 / Mean I/σ(I) obs: 0.5 / Num. unique obs: 629 / CC1/2: 0.539 / Rpim(I) all: 1.658 / Rrim(I) all: 7.399 / Rsym value: 7.207 / % possible all: 100

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_TRA
最高解像度最低解像度
Translation3 Å53.12 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDS20180126データ削減
Aimless0.7.2データスケーリング
PHASER2.8.2位相決定
BUSTER2.11.7精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ryp

4ryp


解像度: 2.6→14.96 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU R Cruickshank DPI: 0.688 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.892 / SU Rfree Blow DPI: 0.31 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.304
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2571 630 5.01 %RANDOM
Rwork0.2343 ---
obs0.235 12572 100 %-
原子変位パラメータBiso max: 228.05 Å2 / Biso mean: 127.85 Å2 / Biso min: 70.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.8291 Å20 Å20 Å2
2---6.8291 Å20 Å2
3---13.6581 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.52 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→14.96 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2612 0 20 2 2634
Biso mean--133.38 70.57 -
残基数----327
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d938SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes449HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it2684HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion338SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact3153SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d2684HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg3627HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.44
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.42
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.63 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 31
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1966 23 5.67 %
Rwork0.2179 383 -
all0.2165 406 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 3.4802 Å / Origin y: 12.5257 Å / Origin z: -11.4152 Å
111213212223313233
T0.5864 Å20.0915 Å20.062 Å2--0.0734 Å20.1246 Å2---0.4297 Å2
L0.2359 °20.6539 °20.6879 °2-2.886 °21.3622 °2--8.2528 °2
S-0.4893 Å °0.0347 Å °-0.0262 Å °-0.5248 Å °0.5573 Å °0.1068 Å °-1.1941 Å °-0.1088 Å °-0.068 Å °
精密化 TLSグループSelection details: { A|* }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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