[日本語] English
万見
- PDB-6r2s: The structure of Plasmodium vivax Duffy binding protein (PvDBP) b... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2s
タイトルThe structure of Plasmodium vivax Duffy binding protein (PvDBP) bound to human antibody DB9
要素
  • Antibody DB9 heavy chain
  • Antibody DB9 light chain
  • Duffy receptor
キーワードIMMUNE SYSTEM / Plasmodium vivax / Invasion / Broadly-neutralising human monoclonal antibody
機能・相同性
機能・相同性情報


host cell surface receptor binding / identical protein binding / membrane
類似検索 - 分子機能
Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / 5 helical Cullin repeat like ...Duffy-antigen binding, C-terminal / Duffy-antigen binding, N-terminal / Duffy-antigen binding protein / Duffy binding protein N terminal / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 - #830 / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal / Erythrocyte binding antigen 175, C-terminal domain superfamily / Erythrocyte binding antigen 175 / Duffy-antigen binding domain / 5 helical Cullin repeat like / Duffy-antigen binding / Duffy-antigen binding superfamily / Duffy binding domain / Methane Monooxygenase Hydroxylase; Chain G, domain 1 / Immunoglobulins / Up-down Bundle / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Homo sapiens (ヒト)
Plasmodium vivax (マラリア 病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.04 Å
データ登録者Barber, N.M. / Higgins, M.K.
資金援助1件
組織認可番号国
Wellcome Trust101020/Z/13/Z
引用ジャーナル: Nat Microbiol / 年: 2019
タイトル: Structural basis for inhibition of Plasmodium vivax invasion by a broadly neutralizing vaccine-induced human antibody.
著者: Rawlinson, T.A. / Barber, N.M. / Mohring, F. / Cho, J.S. / Kosaisavee, V. / Gerard, S.F. / Alanine, D.G.W. / Labbe, G.M. / Elias, S.C. / Silk, S.E. / Quinkert, D. / Jin, J. / Marshall, J.M. / ...著者: Rawlinson, T.A. / Barber, N.M. / Mohring, F. / Cho, J.S. / Kosaisavee, V. / Gerard, S.F. / Alanine, D.G.W. / Labbe, G.M. / Elias, S.C. / Silk, S.E. / Quinkert, D. / Jin, J. / Marshall, J.M. / Payne, R.O. / Minassian, A.M. / Russell, B. / Renia, L. / Nosten, F.H. / Moon, R.W. / Higgins, M.K. / Draper, S.J.
履歴
登録2019年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年3月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22019年8月21日Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.32019年9月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.42024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.52024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Antibody DB9 light chain
B: Antibody DB9 heavy chain
C: Duffy receptor


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)90,5643
ポリマ－90,5643
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5240 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area33560 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)173.560, 173.560, 169.730
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number180
Space group name H-MP6222

-
要素

#1: 抗体 Antibody DB9 light chain


分子量: 25440.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#2: 抗体 Antibody DB9 heavy chain


分子量: 29428.176 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Duffy receptor / Erythrocyte-binding protein


分子量: 35695.004 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium vivax (strain Salvador I) (マラリア 病原虫)
株: Salvador I / 遺伝子: PVDR / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P22290
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 4.07 Å3/Da / 溶媒含有率: 69.81 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 45 % v/v polypropylene glycol 400, 10% v/v ethanol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→42.04 Å / Num. obs: 30707 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 19.6 % / Biso Wilson estimate: 109.78 Å2 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル解像度: 3→3.09 Å / Num. unique obs: 1442

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NUV and 3DIF

4nuv

3dif


解像度: 3.04→42.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.928 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU R Cruickshank DPI: 0.523 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.516 / SU Rfree Blow DPI: 0.303 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.308
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.238 1550 5.05 %RANDOM
Rwork0.202 ---
obs0.204 30707 99.9 %-
原子変位パラメータBiso mean: 115.38 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-16.9122 Å20 Å20 Å2
2--16.9122 Å20 Å2
3----33.8244 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.04→42.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5752 0 0 0 5752
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0155890HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.367993HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2035SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes980HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it5890HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.89
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion770SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact6482SEMIHARMONIC0
LS精密化 シェル解像度: 3→3.02 Å / Total num. of bins used: 50
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3246 -4.39 %
Rwork0.2725 588 -
all0.2747 615 -
obs--99.84 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1125-0.70470.26870.9988-0.38950.1150.0653-0.28050.2479-0.0951-0.157-0.13360.0164-0.22120.09160.1220.0072-0.10740.2292-0.10930.014120.2963-81.3279-16.305
21.1419-0.51680.54951.1574-0.62680.74780.2097-0.0258-0.315-0.1926-0.33930.00870.0046-0.05720.12960.0465-0.0051-0.0120.1944-0.13250.097519.5987-98.7124-20.3072
32.2910.27060.01130.2263-0.41280.35310.22240.0108-0.2408-0.03440.0567-0.10750.0233-0.0634-0.27910.0757-0.007-0.09840.08190.02710.19766.0176-104.9066-9.3304
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る