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- PDB-6r2q: Structure of the Mtr complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2q
タイトルStructure of the Mtr complex
要素
  • Cystathionine beta-synthase
  • Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
  • Uncharacterized protein
キーワードELECTRON TRANSPORT / Cytochrome / Membrane protein / greek key / multiheme
機能・相同性
機能・相同性情報


cell outer membrane
類似検索 - 分子機能
Decaheme cytochrome, c-type, DmsE / Decahaem-associated outer membrane protein, MtrB/PioB / Putative outer membrane beta-barrel porin, MtrB/PioB / Doubled CXXCH motif / Doubled CXXCH motif (Paired_CXXCH_1) / Decahaem cytochrome, c-type, OmcA/MtrC / : / Multiheme cytochrome c family profile. / Porin domain superfamily / Multiheme cytochrome superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
HEME C / Cystathionine beta-synthase / Uncharacterized protein / Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family / Outer membrane protein MtrB / Multiheme cytochrome MtrA / Multiheme cytochrome MtrC
類似検索 - 構成要素
生物種Shewanella baltica (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.697 Å
データ登録者Clarke, T.A. / Edwards, M.J.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilP01819X 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research CouncilL023733X 英国
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: The Crystal Structure of a Biological Insulated Transmembrane Molecular Wire.
著者: Edwards, M.J. / White, G.F. / Butt, J.N. / Richardson, D.J. / Clarke, T.A.
履歴
登録2019年3月18日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cystathionine beta-synthase
B: Uncharacterized protein
C: Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)194,12227
ポリマ－181,5913
非ポリマー12,53024
水39622
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS, Edwards MJ, White GF, Lockwood CW, Lawes MC, Martel A, Harris G, Scott DJ, Richardson DJ, Butt JN, Clarke TA. (2018) Structural modeling of an outer membrane electron conduit from a ...根拠: SAXS, Edwards MJ, White GF, Lockwood CW, Lawes MC, Martel A, Harris G, Scott DJ, Richardson DJ, Butt JN, Clarke TA. (2018) Structural modeling of an outer membrane electron conduit from a metal-reducing bacterium suggests electron transfer via periplasmic redox partners. J Biol Chem. 293, 8103-8112, equilibrium centrifugation, Hartshorne RS, Reardon CL, Ross D, Nuester J, Clarke TA, Gates AJ, Mills PC, Fredrickson JK, Zachara JM, Shi L, Beliaev AS, Marshall MA, Tien M, Brantley S, Butt JN, Richardson DJ (2009) Characterization of an electron conduit between bacteria and the extracellullar environment PNAS, 106, 22169-74
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area38670 Å2
ΔGint-503 kcal/mol
Surface area61960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)212.042, 234.165, 99.192
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 3種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Cystathionine beta-synthase / Cytochrome c-type protein NrfB


分子量: 36096.930 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shewanella baltica (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A165K349, UniProt: P0DSN3*PLUS
#2: タンパク質 Uncharacterized protein


分子量: 77362.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shewanella baltica (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A165K351, UniProt: P0DSN2*PLUS
#3: タンパク質 Decaheme c-type cytochrome, OmcA/MtrC family


分子量: 68131.836 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Shewanella baltica (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A379ZX38, UniProt: P0DSN4*PLUS

-
非ポリマー , 3種, 46分子

#4: 化合物
ChemComp-HEC / HEME C


分子量: 618.503 Da / 分子数: 20 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H34FeN4O4
#5: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 22 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.82 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M Bis-Tris, 0.01 M LDAO, 0.4 M Calcium chloride, 40 % MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.97624 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 300K / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97624 Å / 相対比: 1
反射

Entry-ID: 6R2Q / Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)Num. obs% possible obs (%)冗長度 (%)CC1/2Rmerge(I) obsRpim(I) allNet I/σ(I)
2.697-106.0214975894.15.50.9970.0910.04213.3
2.694-106.0216761798.75.89.9
反射 シェル解像度: 2.697→2.814 Å / 冗長度: 4.7 % / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / Num. unique obs: 2489 / CC1/2: 0.908 / % possible all: 97.1

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
SHELXDE位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.697→73.25 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 30.23
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2573 2470 4.97 %
Rwork0.2241 --
obs0.2258 49734 72.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 220.71 Å2 / Biso mean: 62.5529 Å2 / Biso min: 9.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.697→73.25 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11577 0 1496 22 13095
Biso mean--54.52 37.58 -
残基数----1522
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 18

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.6966-2.74840.4528510.33871026107729
2.7484-2.80450.4074490.31191154120332
2.8045-2.86550.3202640.30651269133335
2.8655-2.93220.3423650.30911436150140
2.9322-3.00550.2989700.30591618168845
3.0055-3.08680.3587990.32891743184249
3.0868-3.17760.3144940.29961947204154
3.1776-3.28020.33621220.2842262238463
3.2802-3.39740.34281340.26472671280575
3.3974-3.53340.27041920.26123236342890
3.5334-3.69420.31081630.23683574373799
3.6942-3.8890.26791940.21763568376299
3.889-4.13260.23751910.19343589378099
4.1326-4.45170.20881840.17313579376399
4.4517-4.89960.22582010.16773601380299
4.8996-5.60840.212140.18383589380399
5.6084-7.0650.23881830.22383662384599
7.065-73.27670.24782000.24643740394098

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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