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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6r2j | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Pseudomonas stutzeri endoglucanase Cel5A in complex with cellobiose | |||||||||
![]() | Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein | |||||||||
![]() | HYDROLASE / Cellulase / endoglucanase / GH5 / transglycosylation / cellobiose | |||||||||
機能・相同性 | ![]() | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Dutoit, R. / Delsaute, M. / Berlemont, R. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal structure determination of Pseudomonas stutzeri A1501 endoglucanase Cel5A: the search for a molecular basis for glycosynthesis in GH5_5 enzymes. 著者: Dutoit, R. / Delsaute, M. / Collet, L. / Vander Wauven, C. / Van Elder, D. / Berlemont, R. / Richel, A. / Galleni, M. / Bauvois, C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 790.2 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 666.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4lx4S S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 37216.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: PST_2494 / プラスミド: pET22b-Cel5 / 詳細 (発現宿主): pET22b / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 多糖 | #3: 化合物 | ChemComp-TRS / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.04 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.83 % |
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結晶化 | 温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ps_Cel5A (27 microM) in 50 mM sodium phosphate pH 7.0, was mixed 1:1 with 100 mM tris pH 5.9 22.5 % PEG600 0.1 % cellobiose. The crystal was soaked 1 hour in 100 mM Tris pH 5.9 30% PEG600. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9796 Å / 相対比: 1 |
Reflection twin | Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.14 |
反射 | 解像度: 1.44→48.19 Å / Num. obs: 216633 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.753 % / Biso Wilson estimate: 18.89 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.065 / Rrim(I) all: 0.07 / Χ2: 0.981 / Net I/σ(I): 19.06 / Num. measured all: 1462858 / Scaling rejects: 224 |
反射 シェル | 解像度: 1.44→48.19 Å / 冗長度: 5.97 % / Rmerge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 5.11 / Num. measured obs: 16755 / Num. possible: 2543 / Num. unique obs: 2482 / CC1/2: 0.998 / Rrim(I) all: 0.04 / % possible all: 96.4 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() | |||||||||
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Phasing MR |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4LX4 解像度: 1.44→48.19 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.42 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 94.32 Å2 / Biso mean: 15.92 Å2 / Biso min: 3.27 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.44→48.19 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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