PDB-6r2j: Crystal Structure of Pseudomonas stutzeri endoglucanase Cel5A in ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6r2j

タイトル

Crystal Structure of Pseudomonas stutzeri endoglucanase Cel5A in complex with cellobiose

要素

Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

キーワード

HYDROLASE / Cellulase / endoglucanase / GH5 / transglycosylation / cellobiose

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能

生物種

Pseudomonas stutzeri (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.44 Å

データ登録者

Dutoit, R. / Delsaute, M. / Berlemont, R. / Van Elder, D. / Galleni, M. / Bauvois, C.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr D Struct Biol / 年: 2019
タイトル: Crystal structure determination of Pseudomonas stutzeri A1501 endoglucanase Cel5A: the search for a molecular basis for glycosynthesis in GH5_5 enzymes.
著者: Dutoit, R. / Delsaute, M. / Collet, L. / Vander Wauven, C. / Van Elder, D. / Berlemont, R. / Richel, A. / Galleni, M. / Bauvois, C.

履歴

登録	2019年3月18日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2020年1月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.0	2020年7月29日	Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_validate_close_contact / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.src_method / _entity.type / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_validate_close_contact.auth_asym_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_comp_id_2 / _pdbx_validate_close_contact.auth_seq_id_2 / _struct_asym.entity_id 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.1	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6r2j.cif.gz	790.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6r2j.ent.gz	666.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6r2j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/r2/6r2j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4lx4S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	1bt1-1 1bug-1 1ndz-d 3ays-d 5d9p-1 5d9n-2 6wqv-1 1bt1-2 1hdt-d 3azt-4 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

B: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

C: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

D: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

ヘテロ分子

150 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration, Ps_Cel5A is eluted as a monomer on Superdex75 (GE Healthcare)
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

4

D: Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.250, 82.820, 104.680
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 91.970, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質

Endoglucanase(Endo-1,4-beta-glucanase)protein

分子量: 37216.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Pseudomonas stutzeri (strain A1501) (バクテリア)
遺伝子: PST_2494 / プラスミド: pET22b-Cel5 / 詳細 (発現宿主): pET22b / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A4VME5

#2: 多糖

beta-D-glucopyranose-(1-4)-beta-D-glucopyranose / beta-cellobiose

タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 代謝 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: beta-cellobiose

#3: 化合物

ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム

分子量: 122.143 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₂NO₃ / コメント: pH緩衝剤*YM

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 1940 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.04 Å³/Da / 溶媒含有率: 39.83 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 詳細: Ps_Cel5A (27 microM) in 50 mM sodium phosphate pH 7.0, was mixed 1:1 with 100 mM tris pH 5.9 22.5 % PEG600 0.1 % cellobiose. The crystal was soaked 1 hour in 100 mM Tris pH 5.9 30% PEG600.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM30A / 波長: 0.9796 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年5月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
Reflection twin	Operator: h,-k,-l / Fraction: 0.14
反射	解像度: 1.44→48.19 Å / Num. obs: 216633 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 6.753 % / B_iso Wilson estimate: 18.89 Å² / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.065 / R_rim(I) all: 0.07 / Χ²: 0.981 / Net I/σ(I): 19.06 / Num. measured all: 1462858 / Scaling rejects: 224
反射シェル	解像度: 1.44→48.19 Å / 冗長度: 5.97 % / R_merge(I) obs: 0.352 / Mean I/σ(I) obs: 5.11 / Num. measured obs: 16755 / Num. possible: 2543 / Num. unique obs: 2482 / CC_1/2: 0.998 / R_rim(I) all: 0.04 / % possible all: 96.4

-
位相決定

位相決定

手法:

分子置換

Phasing MR

	最高解像度	最低解像度
Rotation	1.89 Å	48.19 Å
Translation	1.89 Å	48.19 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	V.1.14-3260	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定
PDB_EXTRACT	3.24	データ抽出

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4LX4

4lx4

解像度: 1.44→48.19 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.42 / 位相誤差: 24.94 / 立体化学のターゲット値: TWIN_LSQ_F

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.224	11122	5.13 %
R_work	0.179	205789	-
obs	0.181	216633	99.2 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 94.32 Å² / B_iso mean: 15.92 Å² / B_iso min: 3.27 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.44→48.19 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	10432	0	145	1940	12517
B_iso mean	-	-	31.14	26.49	-
残基数	-	-	-	-	1310

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
1.44-1.4599	0.257	521	0.2255	9882	10403	91
1.4599-1.4864	0.2733	535	0.2405	10174	10709	93
1.4864-1.515	0.2664	533	0.2249	10117	10650	94
1.515-1.5459	0.2532	536	0.2173	10194	10730	94
1.5459-1.5796	0.2604	540	0.2141	10262	10802	94
1.5796-1.6163	0.2417	537	0.2112	10200	10737	94
1.6163-1.6567	0.2546	540	0.2089	10261	10801	94
1.6567-1.7015	0.2427	539	0.2094	10232	10771	94
1.7015-1.7516	0.2445	544	0.2039	10342	10886	94
1.7516-1.8081	0.2333	540	0.2044	10259	10799	94
1.8081-1.8728	0.2276	544	0.2006	10329	10873	95
1.8728-1.9477	0.2707	540	0.2265	10262	10802	94
1.9477-2.0364	0.2262	544	0.1894	10347	10891	95
2.0364-2.1438	0.2237	546	0.1804	10380	10926	95
2.1438-2.2781	0.2472	546	0.1968	10369	10915	95
2.2781-2.4539	0.21	546	0.1701	10364	10910	95
2.4539-2.7009	0.2051	548	0.169	10427	10975	95
2.7009-3.0916	0.2063	548	0.1545	10400	10948	95
3.0916-3.8948	0.1986	551	0.1396	10464	11015	95
3.8948-47.198	0.1938	554	0.1446	10524	11078	94

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.9484	-0.9274	-1.3312	1.4776	0.4937	1.7037	-0.005	-0.0124	-0.1282	0.021	-0.052	0.1685	0.008	-0.0834	0.0464	0.0473	-0.0229	-0.0169	0.0465	-0.0159	0.0702	-4.5235	-5.3036	-47.0747
2	1.4114	0.3052	-0.2126	1.1212	0.3444	0.7657	0.0102	0.0853	-0.1154	-0.054	-0.0518	0.0959	0.0612	-0.06	0.0249	0.0657	0.0006	-0.0185	0.0565	-0.0032	0.0774	-1.7303	-9.9235	-54.4741
3	0.9958	0.2373	-0.0529	1.218	0.1294	0.7135	0.0118	0.0715	0.0785	-0.1038	-0.0143	0.0246	-0.0569	-0.0044	-0.0069	0.0634	0.0026	0.0025	0.0554	0.0066	0.0698	4.7953	5.105	-52.3822
4	0.6614	-0.3066	0.7238	3.2249	-2.6722	3.037	-0.0111	-0.1054	0.0801	0.1126	-0.0064	-0.0311	-0.1405	-0.0833	0.039	0.0722	0.0017	0.0187	0.0733	-0.0189	0.0796	3.0932	6.2782	-40.2251
5	1.0375	-0.6056	0.1984	2.4248	-0.6009	1.2897	0.0226	-0.2097	0.1095	0.2927	-0.0283	0.0447	-0.1245	0.0424	0.0285	0.099	-0.0311	0.0354	0.1207	-0.027	0.0958	-1.9146	2.8198	-30.7055
6	1.2873	-0.4481	-0.026	1.0323	-0.0452	1.235	0.0102	-0.1298	-0.034	0.0266	-0.0129	0.1858	0.101	-0.0797	-0.0012	0.0651	-0.0277	0.0203	0.0836	0.0013	0.1094	-7.4877	-7.3397	-36.7616
7	2.6313	-1.0793	-0.9308	1.6245	0.5455	1.3892	-0.0122	0.0446	-0.0845	-0.0263	-0.0047	0.0804	0.0367	-0.1066	0.0158	0.054	-0.0312	-0.0021	0.0466	-0.0058	0.0615	-2.1694	-10.0998	-98.7223
8	3.2196	-0.7444	-1.9371	0.9183	0.4475	1.5803	-0.0969	0.0683	-0.3524	0.0523	-0.0019	0.0175	0.1378	-0.132	0.0724	0.0812	-0.0253	-0.0015	0.0498	-0.0022	0.1143	-1.6509	-20.4882	-100.4332
9	2.1467	0.1238	-1.1931	1.1484	-0.0437	1.8242	-0.0295	0.2619	-0.0005	-0.0996	0.0357	-0.0853	0.0191	-0.1065	-0.0153	0.0556	-0.009	0.0025	0.0551	-0.0088	0.0606	6.1227	-9.046	-107.8023
10	6.0237	-0.4167	-3.5979	1.0887	0.5577	3.0721	-0.0608	0.1899	-0.1133	-0.0856	0.0199	0.0058	0.1499	-0.1232	0.0647	0.0802	-0.018	-0.0176	0.0685	-0.0111	0.0693	-2.8182	-15.2564	-110.4233
11	1.4183	0.314	-0.1495	1.221	-0.1901	0.8155	-0.0295	0.154	-0.0181	-0.1438	0.0261	-0.0915	-0.0447	0.0675	0.0086	0.063	-0.006	0.0147	0.0566	-0.0096	0.0658	7.5088	-1.5065	-106.7833
12	0.5377	0.0727	-0.106	1.0387	-0.7283	1.8533	-0.0014	-0.0839	0.0682	0.1013	-0.0416	-0.0555	-0.1131	0.0982	0.0267	0.0544	-0.0087	-0.0012	0.0678	-0.0201	0.0879	4.2304	3.7552	-92.3584
13	1.1097	0.0273	-0.2616	1.7551	0.2924	1.2084	-0.0091	-0.162	-0.047	0.1788	0.0157	0.0152	0.058	0.0495	-0.0241	0.0532	-0.0016	0.0065	0.0737	0.005	0.0549	-1.1675	-7.4579	-85.7999
14	1.3098	0.0317	-0.2094	2.3204	0.7153	1.54	0.0031	-0.3165	-0.3405	0.1245	-0.0062	0.0454	0.2944	-0.0131	0.0438	0.1086	-0.0071	0.0245	0.101	0.0367	0.1103	-4.0084	-18.252	-85.5909
15	0.7033	-0.3721	0.0674	1.2609	0.5218	1.0292	0.0829	-0.0187	0.3773	-0.1464	0.0244	0.42	-0.2292	-0.0621	0.0132	0.1066	0.0257	0.041	0.1079	-0.0084	0.2261	-12.2151	9.1105	-89.9406
16	1.5901	-0.271	0.4928	0.8874	-0.1764	1.468	0.1056	0.1117	0.1772	-0.1001	-0.0621	-0.0603	-0.1722	0.0371	-0.0154	0.1166	0.0077	0.0522	0.0512	0.0109	0.1012	-28.2441	-11.5841	-77.4675
17	0.8237	-0.3293	-0.0181	1.0656	0.3671	1.3845	0.025	0.1259	-0.0756	-0.1206	-0.0307	0.0731	-0.0101	-0.138	-0.0019	0.0707	-0.0041	0.0025	0.0669	-0.007	0.0725	-34.3761	-26.0104	-78.8933
18	0.379	-0.281	-0.7267	0.8736	0.8565	1.9326	-0.0158	0.0265	-0.1075	0.0241	-0.022	0.0746	0.0883	-0.1077	0.0708	0.077	-0.0021	-0.0024	0.0594	0.0062	0.0855	-34.5634	-27.0799	-66.4297
19	1.204	-1.3456	-0.7673	2.8935	1.7786	2.6412	-0.1075	-0.1569	-0.2297	0.2194	0.0166	0.1703	0.1988	-0.0493	0.0637	0.087	-0.0024	0.0278	0.0735	0.0341	0.1221	-34.9789	-25.7383	-54.3754
20	1.1038	-0.3947	-0.1323	2.5704	0.5309	1.356	0.0166	-0.1391	-0.0399	0.0461	0.0575	-0.0194	0.0113	-0.0591	-0.0229	0.0619	-0.0103	0.0136	0.0412	0.0081	0.056	-31.0137	-20.7502	-61.8215
21	1.3475	-0.327	-0.0221	0.4903	-0.1364	1.1551	0.0571	-0.1776	0.1432	-0.0177	0.0483	-0.076	-0.2219	0.0867	-0.0456	0.1013	-0.0279	0.0257	0.0843	-0.0354	0.079	-26.4011	-13.9914	-59.3562
22	3.1275	0.8554	1.7702	0.9039	0.3876	1.7757	0.0121	-0.153	-0.007	-0.0499	-0.0225	0.1198	-0.0332	-0.176	-0.0306	0.0511	0.0332	0.0074	0.0701	0.0061	0.1061	-37.8963	26.4191	-83.2056
23	1.3476	0.0267	0.3247	0.919	0.4826	0.9161	0.0011	-0.0963	0.1022	0.0055	-0.0487	0.1165	-0.1063	-0.1371	0.033	0.0684	0.0138	0.0171	0.0656	-0.0056	0.0726	-33.0683	30.5849	-77.0977
24	6.3697	-0.4024	2.8979	0.7546	-0.6851	1.6675	0.0245	-0.2853	0.2504	0.1281	-0.1351	0.2449	-0.2828	-0.2873	0.0798	0.1013	0.0404	0.037	0.1453	-0.0387	0.1149	-38.5114	30.9405	-70.9963
25	1.9021	-0.2061	0.2819	1.4757	-0.0908	1.551	0.0197	-0.1143	-0.0807	0.1969	-0.0303	-0.0572	0.1322	-0.0108	0.0167	0.0978	0.0074	-0.0014	0.0626	0.0035	0.0564	-28.2836	17.8966	-75.4441
26	0.6817	0.0287	0.1983	1.7881	-0.1793	1.6304	0.0454	0.064	-0.0798	-0.0981	-0.0195	-0.0014	0.1136	0.0362	-0.0148	0.0701	0.0103	-0.0026	0.0534	-0.0102	0.0911	-30.8513	13.3329	-90.5231
27	1.1299	-0.1794	0.3669	1.2732	0.0226	1.4059	-0.0119	0.1213	0.0582	-0.2954	-0.0056	0.1406	-0.0978	-0.019	-0.0136	0.1034	0.0153	-0.0236	0.062	0.0054	0.0677	-36.3671	24.6949	-96.0634
28	1.3115	0.2588	-0.0246	2.0479	0.3346	1.0118	-0.0523	0.2167	0.3202	-0.067	0.0167	0.1761	-0.3204	-0.1429	0.0333	0.1827	0.0382	-0.0502	0.1009	0.0225	0.1498	-39.6178	35.712	-95.9346
29	1.294	0.2835	-0.2248	0.5095	0.8871	1.9984	0.0257	0.0567	-0.3333	-0.0133	0.055	0.5433	0.3966	-0.182	-0.0165	0.1362	-0.0531	-0.0896	0.1171	0.0133	0.2674	-47.7136	9.363	-93.2505

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 1 through 31 )	A	1 - 31
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 32 through 90 )	A	32 - 90
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 91 through 188 )	A	91 - 188
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 189 through 218 )	A	189 - 218
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 219 through 276 )	A	219 - 276
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 277 through 326 )	A	277 - 326
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 31 )	B	1 - 31
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 32 through 50 )	B	32 - 50
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 51 through 73 )	B	51 - 73
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 74 through 90 )	B	74 - 90
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 91 through 151 )	B	91 - 151
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 152 through 244 )	B	152 - 244
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 245 through 292 )	B	245 - 292
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 293 through 313 )	B	293 - 313
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 314 through 330 )	B	314 - 330
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 1 through 90 )	C	1 - 90
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'C' and (resid 91 through 188 )	C	91 - 188
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'C' and (resid 189 through 218 )	C	189 - 218
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'C' and (resid 219 through 243 )	C	219 - 243
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'C' and (resid 244 through 259 )	C	244 - 259
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'C' and (resid 260 through 325 )	C	260 - 325
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'D' and (resid 1 through 31 )	D	1 - 31
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'D' and (resid 32 through 73 )	D	32 - 73
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'D' and (resid 74 through 90 )	D	74 - 90
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'D' and (resid 91 through 151 )	D	91 - 151
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'D' and (resid 152 through 244 )	D	152 - 244
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'D' and (resid 245 through 292 )	D	245 - 292
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'D' and (resid 293 through 313 )	D	293 - 313
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'D' and (resid 314 through 329 )	D	314 - 329

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-位相決定

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
位相決定

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)