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万見
- PDB-6r2g: Crystal structure of a single-chain protein mimetic of the gp41 N... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r2g
タイトルCrystal structure of a single-chain protein mimetic of the gp41 NHR trimer in complex with the synthetic CHR peptide C34
要素
  • Envelope glycoprotein gp160
  • Single-chain protein mimetics of the N-terminal heptad-repeat region of gp41
キーワードBIOSYNTHETIC PROTEIN / gp41 / HIV / coiled-coil
機能・相同性
機能・相同性情報


Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane ...Dectin-2 family / positive regulation of plasma membrane raft polarization / positive regulation of receptor clustering / positive regulation of establishment of T cell polarity / host cell endosome membrane / clathrin-dependent endocytosis of virus by host cell / viral protein processing / fusion of virus membrane with host plasma membrane / virus-mediated perturbation of host defense response / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / virion attachment to host cell / host cell plasma membrane / virion membrane / structural molecule activity / membrane
類似検索 - 分子機能
Envelope glycoprotein Gp160 / Retroviral envelope protein / Retroviral envelope protein GP41-like / Gp120 core superfamily / Envelope glycoprotein GP120 / Human immunodeficiency virus 1, envelope glycoprotein Gp120
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Envelope glycoprotein gp160
類似検索 - 構成要素
生物種Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (ヒト免疫不全ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Camara-Artigas, A. / Conejero-Lara, F. / Jurado, S. / Cano-Munoz, M. / Morel, B.
資金援助 スペイン, 2件
組織認可番号国
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-76640-R スペイン
Spanish Ministry of Economy and CompetitivenessBIO2016-78020-R スペイン
引用
ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural and Thermodynamic Analysis of HIV-1 Fusion Inhibition Using Small gp41 Mimetic Proteins.
著者: Jurado, S. / Cano-Munoz, M. / Morel, B. / Standoli, S. / Santarossa, E. / Moog, C. / Schmidt, S. / Laumond, G. / Camara-Artigas, A. / Conejero-Lara, F.
#1: ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2014
タイトル: Single-chain protein mimetics of the N-terminal heptad-repeat region of gp41 with potential as anti-HIV-1 drugs.
著者: Crespillo, S. / Camara-Artigas, A. / Casares, S. / Morel, B. / Cobos, E.S. / Mateo, P.L. / Mouz, N. / Martin, C.E. / Roger, M.G. / El Habib, R. / Su, B. / Moog, C. / Conejero-Lara, F.
履歴
登録2019年3月17日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年7月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年1月24日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / refine
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _refine.pdbx_diffrn_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Single-chain protein mimetics of the N-terminal heptad-repeat region of gp41
C: Envelope glycoprotein gp160
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,5473
ポリマ－25,4522
非ポリマー951
水95553
1
A: Single-chain protein mimetics of the N-terminal heptad-repeat region of gp41
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,2712
ポリマ－21,1761
非ポリマー951
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Envelope glycoprotein gp160


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,2761
ポリマ－4,2761
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)27.201, 69.664, 95.836
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Single-chain protein mimetics of the N-terminal heptad-repeat region of gp41


分子量: 21176.070 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Single-chain protein mimetics of the N-terminal heptad-repeat region of gp41
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus 1 (ヒト免疫不全ウイルス)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03377*PLUS
#2: タンパク質・ペプチド Envelope glycoprotein gp160 / Env polyprotein


分子量: 4275.623 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Human immunodeficiency virus type 1 group M subtype B (isolate BRU/LAI) (ヒト免疫不全ウイルス)
株: isolate BRU/LAI / 遺伝子: env / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03377
#3: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 31.04 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 20% PEG 4000, 100 mM MES

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→19.85 Å / Num. obs: 15041 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.059 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 12.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.9-1.945.21.10310140.6840.5281.226100
8.91-19.853.80.02116110.0110.02490.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimless0.6.2データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4R61

4r61


解像度: 1.9→19.852 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.21 / 位相誤差: 26.76 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2308 1408 5.12 %
Rwork0.1902 --
obs0.1923 27509 99.28 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→19.852 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1482 0 5 53 1540
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121516
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1622042
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.562944
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049235
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007267
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9001-1.96790.39761440.33182620X-RAY DIFFRACTION100
1.9679-2.04660.29741610.28252572X-RAY DIFFRACTION99
2.0466-2.13970.26231310.23582648X-RAY DIFFRACTION100
2.1397-2.25230.30371490.21162637X-RAY DIFFRACTION100
2.2523-2.39320.23751520.19912568X-RAY DIFFRACTION99
2.3932-2.57760.23731260.18422636X-RAY DIFFRACTION99
2.5776-2.83640.25231300.19282626X-RAY DIFFRACTION100
2.8364-3.24530.25271150.19272614X-RAY DIFFRACTION99
3.2453-4.08280.20041600.15672597X-RAY DIFFRACTION99
4.0828-19.85270.19311400.17792583X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.50770.0408-0.42110.6559-0.03690.2574-0.0495-0.0029-0.01810.0041-0.11570.0592-0.1948-0.16440.00080.3038-0.0020.00940.3332-0.03160.338427.008246.374650.5071
20.3549-0.3203-0.13250.16850.05390.0668-0.0238-0.05560.0301-0.014-0.01760.04030.0212-0.20120.00330.3211-0.06340.02370.3296-0.02920.308224.40439.723454.1042
30.4823-0.3047-0.01980.7497-0.15420.1772-0.0114-0.0036-0.07890.0796-0.00810.04030.3387-0.11350.00060.2656-0.01610.00530.284-0.01750.302131.638739.352253.0944
40.2395-0.19850.0236-0.1560.13340.1007-0.09210.1079-0.039-0.0447-0.0404-0.0784-0.20210.2488-0.00030.3497-0.0304-0.02730.3620.01650.352434.556146.366541.2664
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 2 through 47 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 48 through 108 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 109 through 161 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 1 through 34 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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