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万見
- PDB-6r14: Structure of kiteplatinated dsDNA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6r14
タイトルStructure of kiteplatinated dsDNA
要素
  • Kiteplatinated DNA oligomer, chain A
  • Kiteplatinated DNA oligomer, chain B
キーワードDNA / kiteplatin
機能・相同性Kiteplatin / DNA / DNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Margiotta, N. / Papadia, P. / Kubicek, K. / Krejcikova, M. / Gkionis, K. / Sponer, J.
資金援助 チェコ, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education (Czech Republic)LQ1601 チェコ
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structural characterization of kiteplatinated DNA
著者: Krejcikova, M. / Papadia, P. / Gkionis, K. / Plats, J. / Petruzzella, E. / Savino, S. / Hoeschelle, J.D. / Natile, G. / Sponer, J. / Kubicek, K. / Margiotta, N.
履歴
登録2019年3月13日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年4月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Kiteplatinated DNA oligomer, chain A
B: Kiteplatinated DNA oligomer, chain B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,7083
ポリマ－7,3282
非ポリマー3801
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: mass spectrometry, besides mass spectrometry, the spectral features in NMR NOESY spectra exhibit characteristic abnormal shifts of crosslinked DNA for some residues
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area1170 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area4510 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 200structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: DNA鎖 Kiteplatinated DNA oligomer, chain A


分子量: 3559.319 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 Kiteplatinated DNA oligomer, chain B


分子量: 3768.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: 化合物 ChemComp-LN8 / Kiteplatin


分子量: 380.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14Cl2N2Pt / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-13C HSQC aliphatic
121isotropic32D 1H-1H NOESY
231isotropic22D DQF-COSY
251isotropic22D 1H-1H TOCSY
241isotropic22D 1H-15N HSQC
261isotropic32D 1H-1H NOESY
171isotropic22D 1H-15N HSQC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1 mM NA- kiteplatin, 90% H2O/10% D2O / Label: sample_1 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1 mM / 構成要素: kiteplatin / Isotopic labeling: NA-
試料状態

イオン強度: 100 mM / pH: 7.0 / 圧: 1 atm

Conditions-IDLabelPH err温度 (K)Temperature err
1condition_10.1273 K0.1
2condition_2298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III6001QCI cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III8502cryoprobe
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III9503cryoprobe

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解析

NMR software
名称開発者分類
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollmanstructure calculation
SparkyGoddardchemical shift assignment
SparkyGoddardpeak picking
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1 / 詳細: novel force-field for kitePt
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 200 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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