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- PDB-6qx6: Structure of gtPebB-dihydrobiliverdin complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qx6
タイトルStructure of gtPebB-dihydrobiliverdin complex
要素Ferredoxin bilin reductase plastid
キーワードOXIDOREDUCTASE / PHYCOBILIN SYNTHESIS / DIHYDROBILIVERDIN / PHYCOERYTHROBILIN / FERREDOXIN DEPENDENT BILIN REDUCTASE
機能・相同性oxidoreductase activity, acting on the CH-CH group of donors, iron-sulfur protein as acceptor / Ferredoxin-dependent bilin reductase / Ferredoxin-dependent bilin reductase / phytochromobilin biosynthetic process / cobalt ion binding / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN / Ferredoxin bilin reductase plastid
機能・相同性情報
生物種Guillardia theta CCMP2712 (真核生物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Sommerkamp, J.A. / Hofmann, E.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research FoundationHO2600-3 ドイツ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2019
タイトル: Crystal structure of the first eukaryotic bilin reductaseGtPEBB reveals a flipped binding mode of dihydrobiliverdin.
著者: Sommerkamp, J.A. / Frankenberg-Dinkel, N. / Hofmann, E.
履歴
登録2019年3月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02019年8月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年10月2日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年5月15日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ferredoxin bilin reductase plastid
B: Ferredoxin bilin reductase plastid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)66,08110
ポリマ－64,1932
非ポリマー1,8888
水10,989610
1
A: Ferredoxin bilin reductase plastid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,8734
ポリマ－32,0961
非ポリマー7773
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ferredoxin bilin reductase plastid
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,2086
ポリマ－32,0961
非ポリマー1,1115
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)47.690, 77.690, 80.940
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.99, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Ferredoxin bilin reductase plastid


分子量: 32096.496 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Guillardia theta CCMP2712 (真核生物)
遺伝子: GUITHDRAFT_96430 / プラスミド: pGEX-4T1-TEV-gtPebB_cut70 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: L1IWQ9
#2: 化合物 ChemComp-DBV / 15,16-DIHYDROBILIVERDIN


分子量: 584.662 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C33H36N4O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 610 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.31 %
結晶化温度: 279 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.1 M Tris pH 8.5, 32.5 % PEG 3350, 0.23 M ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X10SA / 波長: 0.97898 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月22日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97898 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→47.661 Å / Num. obs: 477875 / % possible obs: 98.12 % / 冗長度: 6.9 % / CC1/2: 0.998 / Net I/σ(I): 9.71
反射 シェル解像度: 1.65→1.71 Å / CC1/2: 0.445

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_3126: ???)精密化
XDSBUILT=20180126データ削減
XSCALEBUILT=20180126データスケーリング
PHASER2.8.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.65→47.661 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 24.52
Rfactor反射数%反射
Rfree0.211 3477 4.99 %
Rwork0.1823 --
obs0.1837 69622 98.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.65→47.661 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4364 0 127 610 5101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034699
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7096385
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.3332768
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043622
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004822
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.65-1.67260.37341360.32442592X-RAY DIFFRACTION97
1.6726-1.69650.39061350.31782560X-RAY DIFFRACTION96
1.6965-1.72180.33991360.30292645X-RAY DIFFRACTION98
1.7218-1.74870.33351370.29692597X-RAY DIFFRACTION97
1.7487-1.77740.31941360.28272598X-RAY DIFFRACTION97
1.7774-1.8080.30561390.26812643X-RAY DIFFRACTION98
1.808-1.84090.28311370.27422590X-RAY DIFFRACTION96
1.8409-1.87630.30111370.26822605X-RAY DIFFRACTION99
1.8763-1.91460.30811380.24342615X-RAY DIFFRACTION96
1.9146-1.95630.27351380.2312630X-RAY DIFFRACTION99
1.9563-2.00180.26711380.21922625X-RAY DIFFRACTION97
2.0018-2.05180.25331400.21352654X-RAY DIFFRACTION99
2.0518-2.10730.22131380.20642628X-RAY DIFFRACTION98
2.1073-2.16930.25731400.19812657X-RAY DIFFRACTION97
2.1693-2.23930.21021400.1832666X-RAY DIFFRACTION99
2.2393-2.31940.20361390.1792626X-RAY DIFFRACTION98
2.3194-2.41220.2241400.172654X-RAY DIFFRACTION98
2.4122-2.5220.20121390.16742652X-RAY DIFFRACTION99
2.522-2.6550.22841410.1742674X-RAY DIFFRACTION99
2.655-2.82130.17141400.16542667X-RAY DIFFRACTION99
2.8213-3.03910.16851420.16272696X-RAY DIFFRACTION99
3.0391-3.34490.15151410.15612685X-RAY DIFFRACTION99
3.3449-3.82870.18551420.14152693X-RAY DIFFRACTION99
3.8287-4.8230.1461440.13162723X-RAY DIFFRACTION100
4.823-47.68120.21151440.17892770X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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