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万見
- PDB-6qwr: Solid-state NMR structure of outer membrane protein AlkL in DMPC ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6qwr
タイトルSolid-state NMR structure of outer membrane protein AlkL in DMPC lipid bilayers
要素Outer membrane protein AlkL
キーワードMEMBRANE PROTEIN / Outer membrane protein / Beta Barrel / Porin / Transporter
機能・相同性Outer membrane protein, OmpW / OmpW family / Outer membrane protein/outer membrane enzyme PagP, beta-barrel / cell outer membrane / transmembrane transport / Outer membrane protein AlkL
機能・相同性情報
生物種Pseudomonas oleovorans (バクテリア)
手法個体NMR / simulated annealing
データ登録者Schubeis, T. / Andreas, L.B. / Pintacuda, G.
資金援助 フランス, ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council648974 フランス
German Research FoundationAN1316/1-1 ドイツ
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: A beta-barrel for oil transport through lipid membranes: Dynamic NMR structures of AlkL.
著者: Schubeis, T. / Le Marchand, T. / Daday, C. / Kopec, W. / Tekwani Movellan, K. / Stanek, J. / Schwarzer, T.S. / Castiglione, K. / de Groot, B.L. / Pintacuda, G. / Andreas, L.B.
履歴
登録2019年3月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年8月26日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data
改定 1.52024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Outer membrane protein AlkL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)24,0881
ポリマ－24,0881
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area14760 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Outer membrane protein AlkL


分子量: 24087.912 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas oleovorans (バクテリア)
遺伝子: alkL / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00595

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実験情報

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実験

実験手法: 個体NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic23D hCANH
121isotropic23D hCONH
131isotropic23D hcoCAcoNH
141isotropic23D hcaCBcaNH
151isotropic23D hcaCBcacoNH
161isotropic23D hNCAHa
171isotropic23D hNcoCAHa
181isotropic23D hCOCAHa
191isotropic23D hCOnCAHa
1101isotropic23D (H)CCH-TOCSY
1151isotropic23D hNHH BASS-SD
1161isotropic23D hNNH BASS-SD
1171isotropic23D (H)CCH BASS-SD
1181isotropic23D hNHH RFDR
1191isotropic23D hCHH RFDR
1112isotropic33D hCANH
1122isotropic33D hCONH
1132isotropic33D hcoCAcoNH
1142isotropic33D hCOcaNH
1202isotropic34D HNNH RFDR

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
liposome10.5 w/w [U-13C; U-15N] Outer membrane protein AlkL, WaterDMPC L/P ratio 0.5 (w/w)CNWater
liposome20.5 w/w [U-13C; U-15N; U-2H] Outer membrane protein AlkL, WaterDMPC L/P ratio 0.5 (w/w)DCNWater
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 w/wOuter membrane protein AlkL[U-13C; U-15N]1
0.5 w/wOuter membrane protein AlkL[U-13C; U-15N; U-2H]2
試料状態イオン強度: 20 mM / Label: 1 / pH: 7 / 圧: 1 atm / 温度: 303 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID詳細
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III100020.7 mm Rotor 111 kHz MAS
Bruker AVANCE IIIBrukerAVANCE III80031.3 mm Rotor 60 kHz MAS

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解析

NMR software
名称開発者分類
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
TALOSCornilescu, Delaglio and Baxデータ解析
CYANAGuntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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