PDB-6qw0: Structure and function of toscana virus cap snatching endonucleases

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6qw0

タイトル

Structure and function of toscana virus cap snatching endonucleases

要素

RNA-dependent RNA polymerase

キーワード

HYDROLASE / Cap snatching endonuclease / Toscana virus / L protein

機能・相同性

機能・相同性情報

RNA-templated viral transcription / nucleoside binding / negative stranded viral RNA replication / host cell endoplasmic reticulum / virion component / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment / host cell Golgi apparatus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / hydrolase activity / RNA-directed RNA polymerase ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Toscana virus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.5 Å

データ登録者

Reguera, J. / Jones, R. / Bragagniolo, G. / Lessoued, S. / Mate, M.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2019
タイトル: Structure and function of the Toscana virus cap-snatching endonuclease.
著者: Jones, R. / Lessoued, S. / Meier, K. / Devignot, S. / Barata-Garcia, S. / Mate, M. / Bragagnolo, G. / Weber, F. / Rosenthal, M. / Reguera, J.

履歴

登録	2019年3月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2019年9月25日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年10月16日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2019年11月20日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2024年1月24日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_conn_type Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id
改定 1.4	2024年11月20日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6qw0.cif.gz	101.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6qw0.ent.gz	76.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6qw0.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/6qw0 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/qw/6qw0	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6qvvC 6qw5SC C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6cp9-2 4g54-d 4cs5-1 6cp9-1 6qw5-2 3w18-2 4cl7-2 6we1-d 4cs5-3 3efw-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#57 - 2004年9月カタラーゼ (Catalase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: RNA-dependent RNA polymerase

B: RNA-dependent RNA polymerase

ヘテロ分子

48.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: RNA-dependent RNA polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.4 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: RNA-dependent RNA polymerase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
24.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.847, 107.848, 58.200
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	RNA-dependent RNA polymerase 分子量: 23892.383 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Toscana virus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌) 参照: UniProt: S4ZA26, UniProt: P37800*PLUS
#2: 化合物	ChemComp-MN3 / MANGANESE (III) ION 分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 364 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.35 Å³/Da / 溶媒含有率: 63.28 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: counter-diffusion / 詳細: 0.1 M Hepes pH 7.5 0.75 M LiSO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年10月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.5→47.553 Å / Num. obs: 99878 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.6 % / R_merge(I) obs: 0.07 / R_pim(I) all: 0.042 / Net I/σ(I): 11.6
反射シェル	解像度: 1.5→1.53 Å / 冗長度: 5.4 % / R_merge(I) obs: 2.497 / Mean I/σ(I) obs: 0.6 / Num. unique obs: 4745 / CC_1/2: 0.318 / % possible all: 94.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6QW5

6qw5

解像度: 1.5→47.553 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.35

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2356	4959	4.97 %
R_work	0.2085	-	-
obs	0.2098	99758	97.62 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.5→47.553 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2985	0	36	365	3386

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3148
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.739	4285
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	2.538	2547
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	499
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	552

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5-1.517	0.4409	137	0.4046	2989	X-RAY DIFFRACTION	93
1.517-1.5349	0.4196	149	0.4087	3053	X-RAY DIFFRACTION	95
1.5349-1.5536	0.3888	161	0.3786	3127	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5536-1.5733	0.4022	158	0.3852	3106	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5733-1.594	0.4117	151	0.4069	3077	X-RAY DIFFRACTION	97
1.594-1.6158	0.411	187	0.3725	3079	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6158-1.6389	0.3091	156	0.3505	3076	X-RAY DIFFRACTION	96
1.6389-1.6634	0.3415	167	0.3176	3096	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6634-1.6894	0.3383	162	0.294	3109	X-RAY DIFFRACTION	98
1.6894-1.7171	0.2892	163	0.2651	3120	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7171-1.7467	0.256	163	0.2578	3115	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7467-1.7784	0.2705	164	0.2272	3114	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7784-1.8126	0.2749	165	0.2278	3121	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8126-1.8496	0.2528	167	0.2235	3144	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8496-1.8899	0.2726	165	0.222	3172	X-RAY DIFFRACTION	97
1.8899-1.9338	0.2298	164	0.2172	3101	X-RAY DIFFRACTION	97
1.9338-1.9822	0.2238	170	0.2164	3166	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9822-2.0358	0.231	165	0.2056	3176	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0358-2.0957	0.208	163	0.1981	3132	X-RAY DIFFRACTION	97
2.0957-2.1633	0.2347	167	0.1908	3170	X-RAY DIFFRACTION	98
2.1633-2.2406	0.2408	168	0.1978	3194	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2406-2.3304	0.2195	168	0.1932	3192	X-RAY DIFFRACTION	98
2.3304-2.4364	0.2288	168	0.198	3182	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4364-2.5649	0.2282	169	0.2065	3214	X-RAY DIFFRACTION	99
2.5649-2.7255	0.2159	172	0.1994	3245	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7255-2.936	0.2145	169	0.2006	3211	X-RAY DIFFRACTION	99
2.936-3.2313	0.2274	172	0.1934	3275	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2313-3.6988	0.2254	173	0.1807	3252	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6988-4.6594	0.2029	173	0.1778	3331	X-RAY DIFFRACTION	99
4.6594-47.5767	0.2343	183	0.2113	3460	X-RAY DIFFRACTION	99

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)